在本案中，被告主張收貨人在目的港支付的費用應包含在其已向原告確認的費用中，故原告在向其主張確認的貨代費用時，應將收貨人在目的港支付的費用予以扣減。但被告既未能舉證證明其委托原告辦理的貨代事務包括貨到目的港以後的事務，亦未能舉證證明收貨人在目的港支付的費用是在其向原告確認的費用項目範圍內；相反，其向原告確認的那些費用與其提到的收貨人在目的港支付的費用無一重複，且其在貨到目的港前即已向原告確認了費用，依常理，其中不可能包括貨到目的港後方才發生，但在確認費用當時尚未發生的費用。因此，其主張最終未能得到支持。
二、貨代“額外”費用是否因貨代企業的過錯所導致
根據貨代司法解釋第十條之規定，貨代企業承擔損失賠償責任實行過錯推定的歸責原則，即應由貨代企業舉證證明委托人的損失並非由其過錯行為所造成。司法實踐中，委托人在應對貨代企業的費用償付請求時，往往以費用由貨代企業過錯導致為由抗辯。根據上述司法解釋的規定，貨代企業一般難以免除證明自己無過錯的責任。對於“額外”費用，因實踐中當事人普遍不予明確約定，且“額外”費用通常超出委托人的成本預算，故委托人更會以貨代企業過錯造成“額外”費用發生為由進行抗辯。至於委托人已經自行支付的“額外”費用，則委托人將之歸入其損失範疇，請求貨代企業賠償，貨代企業自然需要證明該費用並非自身過錯造成。
本案中，被告即提出收貨人在目的港支出的ISF申報費用及由此引發貨物滯港的額外倉儲費係因原告ISF申報失敗且未與被告、收貨人及時聯係重新申報所致。在此情況下，一般而言，應由原告證明自己並不具有被告主張的上述過錯行為，已妥善處理貨運代理事務。但正如上文所述，被告在本案中根本未舉證證明其委托原告處理的貨代事務包括貨物進口美國的ISF申報，甚至未舉證證明其委托範圍包括貨物在目的港的相關業務。當被告主張的過錯代理行為並不在本案貨運代理事務範圍之內時，貨代企業自然無須證明其沒有該項代理過錯。然而，在非本案之情形下，如委托人主張之代理過錯屬於貨代委托事務範圍，貨代企業具體操辦了貨代業務，其應當掌握並保存處理貨代事務所發生的相關票據、記錄及信息，故由其舉證證明其不具有該項代理過錯並無不當，如證明不能則將承擔貨代損害賠償責任。
三、貨代“額外”費用主張是否與貿易條件、相關國家政策規定吻合
貨代糾紛紛繁複雜，如上文所述，貨代糾紛中的各方當事人一般對“額外”費用負擔鮮有約定，類似於本案中對貨代委托事務範圍亦無事先約定的情況也屢見不鮮。因此，判定貨代“額外”費用的負擔，有時尚需綜合考量與貨代業務相關的貿易情況、政策規定等各方麵因素。例如，相關貿易采用E、F或C組術語的，作為國內賣方的委托人一般沒有必要委托國內貨代企業代理國外目的港的事務；又如，巴西的進口許可證、美國的ISF申報等進口管製政策本身均規定該國國內的進口商係申報主體，故如無特殊約定，一般也不應推定國內貨代企業的代理範圍必然包括上述目的港進口申報。當然，實踐中亦有貨代企業為國內委托人代辦上述本應由目的港進口商申報的事項。但因這些事項本身不屬於通常的出口貨運代理事務範疇，依其性質一般也不屬於國內出口商所應負責的事務，如出口貨代業務確須包含上述目的港進口申報事宜，則應由委托人與貨代企業就此作出明確約定，訂明費用和風險負擔，以免日後糾紛成訟。
本案中，貿易術語為DDU，收貨人在目的港支付了進口關稅、ISF申報費用及申報期間貨物滯港的倉儲費。由收貨人暨貿易買方支付該等費用與DDU貿易條款及ISF政策規定無悖。但被告卻主張將這些本就應由收貨人負擔的稅、費涵蓋在其已向國內貨代企業確認的費用中，並作相應扣減，顯然得不到相關貿易條款及目的港政策規定等事實的支持與佐證。
本案雖已成塵埃落定，但卻再次提醒相關貨代公司和進出口企業完善合同約定和業務流程的重要性。原、被告未對ISF申報等貨物在目的港的事務處理、費用及風險負擔等事項先行作出明確約定，是糾紛成訟的一大誘因。相關企業在訂立貨運代理合同時，應從中汲取經驗教訓，盡可能地明確約定委托事項及相關風險、責任的承擔，進一步完善自身業務流程，以避免不必要的爭議和糾紛。一旦合同履行過程中發生了事先未能預料到的特殊情況，應加強溝通，以謹慎誠信之心處理，並且增強證據意識，以便能在糾紛中更好地維護自身的合法權益。