甲狀腺功能減退者，也可發生性功能障礙，這是病人血清睾酮水平降低，睾酮代謝為苯膽烷醇酮。
由於使甲狀腺素釋放激素（TRH）反饋調節，或對內源性TRH的反應增強，血泌乳素增高的原發性甲狀腺功能減退者，也可發生勃起功能降低。
（一）甲狀腺功能低下男性病人80％性欲減退，40％～50％有不同程度的陽萎。女性病人約80％難以引起性激動。疾病嚴重時，男性精子生成受到抑製，而女性常有月經量以及月經周期的改變，懷孕婦女則容易流產。有資料表明，TRH對泌乳素分泌有刺激作用。
原發性甲狀腺功能低下病人血泌乳素水平明顯升高，可對性欲產生抑製作用。泌乳素的過多分泌，也可對促性腺激素的分泌產生影響，進而造成月經失調。還有人觀察到，甲狀腺功能低下的病人血中性激素結合蛋白減少，血睾酮及雌二醇含量也降低，然而遊離睾酮及雌二醇卻增加，這一變化與性功能的關係尚不清楚。病人常有神經和精神的抑製性變化，有時表現為明顯的抑鬱；疾病狀態的疲勞、易疲倦均可影響性功能。
對於甲狀腺疾患導致的性功能降低，首先要控製原發病，必要時可口服藥物（如西地那非）改善陰莖勃起功能，以達到滿意的性生活。
（二）甲狀腺功能亢進
男性甲狀腺功能亢進病人，10％～20％發生性欲亢進時，特別是在病情較輕的病人。若青春期患本病同時性欲亢進，有可能被誤診為精神疾病。
30％～40％的病人性欲減退，40％的病人陽萎。女性病人5％～10％出現性高潮和性激動反應增強，15％有輕度減弱。本病嚴重時，可引起肝髒、心肌、骨骼肌和神經的損害，有時可引起男性乳房發育，這些合並症有可能對性功能產生影響。甲狀腺功能亢進的一個顯著特征是引起病人精神情緒的明顯變化，這也可能是病人性功能變化的一個原因。本病還可使婦女的月經量和月經周期發生改變。