由於伊犁鼠兔種群數量稀少、結構脆弱、甚至是近親交配等原因，造成其物種機能退化，表現為反應較遲鈍，動作較遲緩，因而易被天敵鷹隼、白鼬、石貂等捕獲的機會大大增加。在首次發現伊犁鼠兔的吉裏馬拉勒山（俗稱平頂山）、精河縣的木孜克大阪、呼圖壁縣等海拔三千米以上的靠近峰頂地區，過去沒有人類活動幹擾，如今卻可以看到牧民放養的成群的羊、牛馬等牲畜及牧羊犬。牲畜啃食踐踏高山植被，而伊犁鼠兔更容易成為牧羊犬口中的美餐。這些都使得伊犁鼠兔的生存狀況更加艱難。
自1983年首次發現伊犁鼠兔之後的二十年間研究工作中，能記錄在冊的伊犁鼠兔的個體數僅有三十九隻，其中還包括三隻屍骸和詢問得知牧民捕獲的六至七隻個體。由於詢訪內容的真實性無法確定，實際能確定的個體隻有二十九隻。這對於小型哺乳動物來說，伊犁鼠兔的現有數量極為稀少。2002年，李維東根據分布區麵積、棲息度和樣方相對密度的最新調查結果分析，推測伊犁鼠兔約減少了百分之五十七的棲息地，並由過去百分之十七點零五的占有麵積降至百分之七點三一。其現存數量也僅有一千三百隻左右，成熟個體少於九百三十隻，種群數量少了百分之五十五以上，而且後來的調查證實，其種群數量在持續下降。近十年間的連續野外定點觀測中，李維東竟然再沒有見到一隻伊犁鼠兔，發現的隻是少量活動蹤跡。
2004年3月12日，美國《科學》雜誌在一篇文章中介紹了李維東在天山調查伊犁鼠兔數量下降的結論；認為其與美國科學家在美洲調查北美鼠兔數量下降的趨勢是一樣，是全球氣候變化導致的結果。2005年，伊犁鼠兔作為我國特有和瀕危物種，被列入《中國物種紅色名錄》。2007年，伊犁鼠兔作為瀕危物種，被列入《世界自然保護聯盟瀕危物種紅色名錄》之中，這些都是李維東作為世界自然保護聯盟物種生存委員會（IUCN／SSC）兔形目專家組成員所做的成果和努力。2010年7月24日，世界自然保護聯盟將該日列為“關注伊犁鼠兔日”；世界自然保護聯盟（IUCN）網站紅色名錄列為當天的“今日動物”作了特別介紹。
為了呼籲保護伊犁鼠兔這一瀕危物種，李維東編寫了漢、哈兩種文字的《伊犁鼠兔保護手冊》，在天山南北的牧區和野外工作人員中廣泛散發，多年來，時有牧民向李維東報告發現伊犁鼠兔行蹤的情況。
2010年8月11日至9月1日，李維東帶領包括筆者在內的媒體記者和誌願者組成考察隊再次赴尼勒克縣等地，騎馬深入山區調查，先後得到當地牧民、疾控中心、林業站等方麵的大力支持。精河縣吉普克村蒙古族牧民齊木達、烏蘇縣哈薩克族牧民哈拉提、疾控中心鼠疫監測站的維族醫師阿布來提、回族醫師趙勇、哈薩克族醫師賽裏克，向李維東報告他們近年在當地山峰岩壁觀察到伊犁鼠兔的情況，並自願擔任向導，克服高山缺氧、氣候寒冷、峰陡無路、雨霧和岩石坍塌等危險和困難，攀爬上陡峭峰巔岩壁尋找伊犁鼠兔的蹤跡。然而李維東等人隻在精河縣吉普克村附近的木孜克達阪山峰岩縫中發現一處伊犁鼠兔的近期排泄的新鮮糞便和尿跡；在天山一號冰川雪地上發現新的足跡和糞便。多年來的連續觀測表明，在尼勒克、呼圖壁等地觀測區中伊犁鼠兔蹤跡全無，說明這一物種很可能在此已經絕跡。李維東發現，由於暴雨頻繁等原因，觀測點所在的山頂發生岩石崩塌形成碎石溝壑的遺跡明顯增加，這對伊犁鼠兔的生境也構成很大的威脅；也大大增加了野外科考的難度。當年他冬季冒雪上山觀測，曾從絕壁上滑墜一米多，全靠手指死死摳在岩石縫上才沒掉下百米深淵，身上的照相機套子墜落到一百多米深的崖穀中。凶猛的動物也構成很大的威脅，他的帳篷曾經被黑熊搗爛，罐頭被熊拍扁！
拯救野駱駝及其家園
羅布泊是當今世界最幹旱的地區之一。如今這一地區是寸草不生、生靈滅絕的古湖盆，唯獨野駱駝能夠在這一地區生存下來。因此，野駱駝作為珍稀瀕危野生動物，被列為國家的一級重點保護野生動物，並列入世界瀕危物種紅皮書中。野雙峰駝是目前世界上唯一存在的真駝屬野生種，其同族單峰駝野生種早在數百年前已經絕滅，所以它在科學上有彌足重要的研究價值。
在2000年8月召開的中蒙野駱駝國際學術研討會上，中外學者達成共識，認為全世界野駱駝的數量僅剩一千峰左右，其中蒙古國1999年的統計數為三百三十峰，其餘皆分布在我國境內，而且主要是分布在羅布泊地區。
野駱駝是典型的沙漠動物，有著“沙漠之王”的美稱。由於塔裏木河和孔雀河下遊斷流，導致羅布泊的幹枯，所以野駱駝在羅布荒原中隻能靠喝部分鹽泉水生存，其耐饑能力也很強，對食物的選擇性並不是太強，條件惡劣時其食物可以是許多粗纖維的植物，如蘆葦、紅柳等等。這些生物學特征都是野駱駝對極端幹旱環境的生理適應的結果。
由於駝毛又輕又暖，是高級紡織原料，駝皮可以製革，駝肉可以食用，駝骨、駝峰、駝鼻和駝胎衣等都是有名的補品。所以在野駱駝生活的地區，仍有人不顧國家法令，獵捕野駱駝。同時，其生存環境也受到來自人類建設公路、開挖鉀鹽礦等活動的威脅。
1995年起，由中國國家環境保護局批準立項、聯合國環境規劃署與中國新疆環境保護科學研究所等單位合作，並由英國野駱駝保護基金會協助，共同組成國際合作科學考察隊，展開了艱苦而危險的野駱駝科學考察曆程。考察隊沿著絲綢之路進羅布荒原，行程三萬餘公裏，曆盡幾年艱辛，最終圓滿地完成了這一保護區的規劃任務。作為有長期野外動物科考專業經驗的李維東，1996年剛調入環科所的第一項任務就是參加羅布泊野駱駝科學考察，並成為這支考察隊中的骨幹成員，後來又四次進入羅布泊地區，不僅擔任著野駱駝科學研究工作，還承擔著電台通訊保障和衛星定位導航的任務。
1997年春，考察隊進入羅布泊荒原不久，李維東和隊友們發現野駱駝的分布區內往往有一條條約四十厘米寬的獸道向遠處延伸，沿這些小路前行，就能夠發現一個個鹽泉，周圍有一簇簇羅布麻和蘆葦叢相連結。根據這一發現，科考隊找到了野駱駝在羅布泊的棲息地。顯然這些小道是野駱駝用來覓食和飲水的通道，在羅布荒原野駱駝為食一口草、飲一口水將要行走幾十公裏的路程。但在野駱駝棲息地僅有的水源旁，時時還埋藏著殺機，不僅是其天敵狼在等著它，而且還有一些鄰近區域的獵人在伺機偷獵野駱駝。除了自然因素、天敵和偷獵外，羅布荒原中的礦產開發活動，也造成野駱駝棲息生境的分割和破碎，甚至在本已很匱乏的水源地內使用劇毒和難以分解的化學品，這不僅會毒殺野駱駝，而且一處水源地的喪失，將影響到方圓百餘公裏內野駱駝的生存。有一次，科考隊在羅布泊湖盆區迷路，還是野駝小道將科考隊帶進了古絲路一個有泉水的驛站___洛瓦寨。
一日深夜。科考隊夜宿阿爾金山穀，大漠刮起了狂風，尼龍帳篷被狂風撕破。天亮後大家發現十五峰駱駝被沙暴刮得無影無蹤，僅剩了兩峰駱駝，有兩名駝工也不見了。全隊所帶的淡水和食品已所剩無幾，於是李維東和隊友們把駝料玉米粒磨碎煮熟吃。次日後半夜，兩名駝工尋著科考隊的篝火光摸回了營地，但被沙暴刮散的駱駝仍無蹤跡。考察隊員忍著饑渴出去尋找駱駝，跋涉數日，才找回了駝群。原來聰明的駝群被風刮散後，自動抄近道彙攏到科考隊進山時經過的阿爾金山口。當時，由於科考隊還沒有電台，在八天中沒有得到科考隊的消息，自治區政府已準備派直升飛機尋找科考隊。但全隊在經曆種種艱難險阻後，最終靠勇氣、毅力和經驗走出了羅布泊。
1999年春，科考隊再次深入羅布泊腹地探險，完成了開展羅布泊野駱駝自然保護區勘探規劃等重要任務，共先後發現、拍攝和記錄到數十隻野駱駝的活動圖片和文字珍貴資料。5月11日上午，中外野駱駝合作考察隊從羅布泊南部地區穿越庫姆塔格沙漠。李維東作為探路隊員，走在最前方。突然，他發現一群十幾隻禿鷹在不遠處打鬥。多年的野外工作經驗告訴李維東，附近一定是有什麼大型野生動物的屍體，為拍下禿鷲打鬥爭食的場麵，李維東帶著長鏡頭相機隱蔽前進觀察，發現禿鷲爭食的是一隻被狼咬死的野駱駝屍體，隨後趕到的動物學者約翰·海爾先生用李維東攜帶的防身匕首從這頭野雙峰駝腿部割下一塊皮毛作為標本。後來該標本被送至蘭州大學博士研究生韓建林處，韓建林在國外的研究室對該標本做了線粒體DNA的限製性片斷長度多態性分析，並與家養雙峰駝作了比較，結果發現野生雙峰駝與家養雙峰駝的內在遺傳學特征上發現一定的差異。在十八種識別六個堿基的限製性DNA內切酶消化後的產物中，檢出三種野生雙峰駝所特有的限製性態型。這是人類首次從分子生物學水平認識野生雙峰駝。