程德全接獲任命後，於22日到蘇州上任視事，但在蘇州隻待了8天，就於30日以養病為名，去了南京。很是奇怪，他到底是想有所作為，還是再次表示消極？其實這是一種政治手腕。因為在張謇、程德全和袁世凱方麵的算計中，必須把江蘇的政治局麵統一起來。張謇也已向袁世凱提出江蘇都督應該移駐南京，江蘇省議會也作出了同樣的決定。張謇也曾請人向袁世凱轉告，規勸江北都督蔣雁行放棄江北建省的意圖，為程德全統一江蘇開路。但當時南京是南京留守的管轄區域，程德全自然不可能以江蘇都督的身份去視察南京，但他又要為統一江蘇布局。因此，他以治病的名義前往，不急不躁，不溫不火，一方麵安撫南京士紳，一方麵與黃興洽談，試探黃興的意向。他名義上準備在南京待3個星期，實際上即準備長駐南京，規劃全局。
袁世凱支持程德全統一江蘇。他對南方各省，往往以任命護軍使、鎮守使一類職務來分割都督權力。但對程德全，卻正好相反，盡量支持他集中權力。5月1日，袁世凱斷然發布命令，取消江北都督府，調江北都督蔣雁行進京，並任命程德全的親信劉之潔出任江北護軍使兼第十九師師長，接管江北軍權。江北臨時議會和一些團體從地方利益出發，希望江北獨立成為一個省份，反對袁世凱的命令，甚至拒絕劉之潔來接統軍隊。對此，程德全的態度完全不同，發出了雷霆之火，於5月12日發布《告江蘇父老書》，態度十分強硬，要求江北各界尊重蘇督權力，不要以共和的名義，競爭不應該有的權利。5月17日，劉之潔即帶兵上任，以武力控製了江北的政權。
程德全的政治目標是統一江蘇，但他對於南京留守府的問題，始終采取了十分慎重的態度。當時黃興已經一再提出辭職，袁世凱也乘機希望就此結束留守府，由程德全接收。5月18日，袁世凱致電張謇，通知他已經派遣蔣作賓（同盟會員，陸軍部次長）去南京，與黃興商量結束留守府辦法。袁要張謇當麵和程德全商量，製訂一個妥善的辦法，早作布置。張謇和程德全的意見相同，主張慎重。由於張謇正好在南通生病，兩人沒有能夠當麵商量，隻是電報往返。程德全接到張謇轉來的袁世凱電報，立即回複袁世凱，請他不要著急。他告訴袁世凱：黃興在南京並沒有積極進取的思想，處處力求收縮，並不構成威脅，應該采取穩妥的辦法來統一江蘇的政局。留守職務本來就是暫時的，3個月不結束，5個月也就結束了，何必著急？我自己在南京時就勸黃興留任，希望蔣次長到南京時，不要談交接的事。如果黃興立即交卸，現在根本就沒有準備好，太急促了，不適合目前的形勢。希望蔣次長到南京後聲明，這次到南京來是安撫軍隊，幫助黃興處理軍務的，並不是來辦交接的。黃興和蔣作賓關係很好，這樣一方麵在實際上促進留守府的結束工作，一方麵也可以讓軍隊放心，不再胡亂猜疑。兩三個月後，一切都安排好了，問題的解決是有絕對把握的。
程德全的著力點完全在平穩過渡，正確地把握了留守府及其部下的脈搏，因而胸有成竹。他接到袁世凱電報的時候，已經不在南京，因為不斷接到蘇州軍隊不穩定的情報，不得不於5月19日回到蘇州坐鎮，部署應付事變。
當時，同盟會主要領導人孫中山、黃興都對袁世凱表示信任，在政治上趨向消極。但南方的許多同盟會員，仍對袁世凱抱有戒心，希望整軍備戰。黃興提出辭職後，一批同盟會員強烈反對黃興辭職，他們擔心影響同盟會在江蘇的政治地位。滬軍都督陳其美曾親自到南京勸阻黃興，也曾同蔣作賓、李書城到蘇州和程德全商量勸留黃興。上海在前清並非軍事要地，除租界外，在行政上隻是一個縣級單位，不可能長留一個都督的位置。黃興辭職後，陳其美的處境必然非常困難，他一方麵公開活動黃興留任，同時也在密謀策劃推倒程德全自任江蘇都督。