從總體上看，我國政府環境審計工作經過近三十年的探索與發展，其研究領域和應用範圍不斷拓寬，環境審計技術水平不斷提高，環境績效審計也得到廣泛關注和探索，環境審計工作取得了較大成績，對於我國的節能減排和經濟轉型也做出了一定的貢獻。但是我國的環境審計仍然存在一些問題，阻礙了環境審計的健康有效開展。
（一）審計工作受到限製
政府環境審計工作受到限製主要表現為三點：一是缺乏政府環境審計準則，環境審計準則是審計機構、單位及人員的行為準則和規範。目前，雖然我國審計署已經製定了諸如中國國家審計基本準則、審計抽樣準則、審計方案準則及審計風險評價準則等40餘項政府環境審計準則，但是仍然缺少對環境審計比較直接的依據，缺少對於環境審計標準、技術、內容及評價標準等直接的具體的規定。這就使得很多審計人員無所適從於該遵循怎樣的審計行為準則。二是缺乏政府環境審計依據，我國當前在環境審計方麵的法律製度還不夠完善，政府環境審計缺乏審計依據支持，我國至今尚沒有一部法規、製度直接闡述環境審計依據，同時我國沒有明確審計部門在政府環境保護中的責任和地位。三是當前審計人員專業勝任能力不足，我國現有審計人員大多是財經院校的畢業生，缺乏涉及多種環境知識的知識結構。
（二）審計範圍比較窄及審計方式方法落後
目前，我國政府環境審計範圍主要局限於環境財務合規性審計，而很少展開環境績效審計。主要表現：政府審計機關隻把資源環保資金的征收、管理與使用的審計作為重點，忽略了對資源環保資金的使用效率和效果進行評價。政府審計關注資源環保資金是否按照法律法規和政策方針的規定合理使用，而很少評價資源環保政策的實施效率和效果。審計方式方法方麵，當前各級審計機關之間的溝通、交流與合作不充分，這就會造成部分重大資源環保審計項目無法順利高效地完成。另一方麵，目前審計機關進行環境審計時，強行將環境績效審計和環境財務合規性審計分開進行，甚至忽略了環境績效審計，這就增加了審計機關的審計成本，降低了審計效率。更有甚者，各級政府審計機關在幵展諸如經濟責任審計、金融審計、涉外審計等類型的審計時往往很少甚至根本不考慮環境審計的內容。
（三）審計結果的執行力不夠，審計問題屢查屢犯
日前，我國審計部門隻有審查監督權，沒有對審計結果的執行權。這就造成我國的執法手段、能力和違法製裁力度與西方國家相比落後較遠。同時，各地政府為了維護當地的經濟發展規模和速度而忽視環保的地方保護主義現象普遍存在，這造成地方政府有時會對環境審計結果執行大打折扣。這樣，我國環境審計問題就呈現屢查屢犯的怪像。
二、我國政府環境審計現存問題的原因分析
（一）環境審計製度不完善
縱觀我國法律法規製度體係，尚沒有一部是關於政府環境審計的。其一，憲法作為我國的根本大法，並沒有明確提及環境審計，這就使得政府環境審計的開展缺乏具有最高權威的憲法的支持。其二，我國現行審計法隻明確了關於金融審計、經濟責任審計、財政審計、涉外審計等類型的審計內容、標準及程序，但沒有明確環境審計的內容，這就造成政府環境審計工作的開展在審計法中沒有明確的依據。其三，我國的環境保護法還沒有明確審計機關在資源開發利用管理和生態環境保護治理中的權責，這在很大程度上阻礙了政府審計機關環境審計工作的開展，並使得政府環境審計工作的開展在環境保護法中缺乏具體的法律依據。
（二）環境績效審計基礎薄弱及審計人員的知識結構不合理
一方麵，我國環境審計起步較晚，實踐經驗也比較缺乏，對環境審計的理論研究也不夠深入，開展環境審計的技術和方法也比較落後；另一方麵，我國環境審計製度建設比較滯後，對環境審計結果公告的宣傳力度和利用程度也很不到位，對審計單位和人員的獎懲機製不夠完善，這造成我國環境績效審計基礎比較薄弱。同時，環境審計是審計學和資源環境學的交叉領域，我國目前的審計人員隊伍主要來源於財會審計專業，而具有資源利用、環境技術、工程等相關專業背景的審計人員則比較少，這造成審計人員的知識結構不合理，這就限製了審計機關的專業水平，影響環境審計工作的開展。
（三）審計結果的執行機製不完善