不得大額使用現金結算，工程指揮部的零星費用可采取備用金形式，進行定期結算；對單位之間的往來、工程價結算應一律通過銀行轉賬結算；財務印章實行章印分管，以保證有效的崗位控製，確保每筆付款業務不能由一人獨立完成。出納人員根據收、付款原始憑證，按照業務發生的時間順序逐筆填製會計憑證。銀行存款日記賬的記錄，應與銀行對賬單核對清楚，至少每月核對一次。月份終了，賬麵結存數與銀行對賬單上結存數之間如有差額，必須逐筆查明原因。除了未達賬項所發生的正常差額以外，屬於銀行對賬單差錯的，應立即通知銀行查明更正，屬於單位錯記漏記的，應作更正分錄或補記入賬。
（三）工程施工費的結算
財務部門應了解工程施工進度，掌握與施工單位簽訂的合同價款，以防超額付款。結算工程施工費時，施工單位須提供建築安裝類稅務發票，發票金額應與本期工程完成量一致、付款額與審批本期付款數一致。同時附經監理工程師簽證的月支付證書、工程計量證書、工程價款結算單等。扣留的保留金掛帳作“應付質量保證金——**單位”處理。
（四）拆遷補償費的結算
應拆遷補償費的發放順序不可能與初期調查統計順序一致，因此，在結算時應按實際支付順序填表發放，協議書可按付款順序予以裝訂成冊，便於查找。因拆遷補償費金額一般都比較大，因通過銀行轉賬或“一卡通”實現。
支付的工程監理費、勘測設計費等須附稅務發票及合同（協議）書，其費用結算也應因通過銀行轉賬或銀行彙款辦理手續。
工程價款的清算應與警匪片竣工決算掛鉤，凡沒有辦理項目竣工結算的，以及不能提供項目竣工結算財務資料的，驗收合格後方可結清應付項目資金。
四、工程竣工管理
財務部門要積極參與項目竣工驗收，工程竣工完成後，財務部門應及時編製《財務竣工決算書》，並辦理竣工資產交接事項。
《財務竣工決算書》主要包括財務竣工決算說明書、財務竣工決算報表、附注說明等組成。財務竣工決算說明書的內容主要包括：工程基本情況介紹（工程立項、批準單位及文號，投資規模，建設內容等）、工程任務和設計變更分析、工程項目投資計劃和資金到位情況分析、概（預）算執行情況分析、招（投）標及政府采購情況分析、合同（協議）履行情況分析、征地補償和移民安置情況分析、預備費動用情況說明、未完工程投資及預留費用情況、財務管理情況、工程效益（經濟效益、社會效益）分析、對項目管理的建議等。
工程竣工完成驗收合格、財務竣工決算審批合格後，將竣工決算材料、財務核算資料聯同技術資料一並歸檔。