1、正規金融中商業性農村金融機構的縮減。這導致農村金融缺乏競爭，農村信用合作社效率低下，層次單一，農村的金融服務功能弱化，農村的金融產品少，金融服務種類單調。由此而導致農村資金大量外流，農村信貸資金缺口加大，供求關係進一步失衡，雖然新成立的儲蓄銀行將緩解這一狀況，但由於其力量有限，並不能從根本上解決問題。
2、缺乏規範化的非正規金融組織，比如民間合作銀行、社區銀行等。我國目前存在的民間金融組織由於自身存在非合法化即地下操作、無規範化條規約束、規模小、不正當競爭等缺欠，導致民間金融發展緩慢，再加上嚴格的管製，使得民間金融並沒有起到對正規金融的補充作用。
四、完善我國特色新農村金融體製的建議
1、完善農村信用合作社的產權製度與法人治理結構。要按照政企分開和市場化原則，穩固推進農信社改革，要通過農信社產權及產權組織形式的改革，切實消除內部人控製的現象以及政企不分和行政幹預等弊端，具體的改革模式參考如下：在城鄉一體化程度高的大城市郊區和沿海經濟發達地區可以組建縣或市的農村商業銀行或農村合作銀行，比如福建於2007年新組建晉江、石獅2家農村合作銀行，經營較好的更適合商業化運作的信用社應該轉變為股份製商業銀行，並適時上市融資；經濟欠發達地區應以股份合作製和合作製為主要的選擇模式，特別是股份合作製較好地實現了股份製和合作製的連接，既保持了合作製的民主管理（提取公共積累和為社員服務的基本內核）又吸收了股份製考慮投資人利益的特點。總之，就是要建立產權明晰、權責利明確的具有較強的激勵和約束機製的產權製度以及建立形式靈活、結構規範、運行科學、治理有效的公司模式，在確保有效製衡的前提下，提高公司治理效果。
2、強化中國農業銀行作為農村商業銀行主幹的支農責任。農業銀行自覺履行社會責任，加大對三農的信貸支持力度，將一定比例的信貸資金用於三農，正確處理好服務農業和商業運營的關係，完善經營管理體製，加強經營機製轉換，充分利用資金和網絡專業優勢，加大對縣域經濟的發展力度，力將成為商業金融服務三農的支柱和骨幹。同時政府也要考慮農業銀行作為商業銀行本身具有以盈利為目的的特點，減少對農業銀行的行政幹預，加強對商業銀行支持農業的政策扶持傾斜，比如資金補貼、相關政策的優惠、差別監管等，以解決農業銀行支農的風險大成本高與利潤少的矛盾。
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