5.科研經費監督機製不完善
審計部門隻負責定期對學校科研經費進行收支審計，不對科研項目結題進行專項審計，黑龍江省高等農業院校科研項目繁多，審計人員數量有限，沒有精力對每個課題結題都進行審計。縱向科研課題，外部相關部門會進行審計，省教委科研由於金額較小，有的隻有幾千元，財務部門沒有為每個科研項目單獨設置賬戶進行管理。
二、黑龍江省高等農業院校高校科研經費管理問題的原因分析
1.科研項目負責人認識上存在偏差
高校科研項目負責人認為自己申請的科研經費自己有權進行支配，缺少專款專用意識，縱向課題委托方規定課題組成員不得從課題經費中列支勞務費用，課題組成員的勞動付出得不到應有的報酬，使有些課題負責人使用虛假發票變相取得收入。
2.科研經費預算管理不規範
申報課題時預算編製由科研項目負責人自主填報，沒有相關部門進行審核，項目預算缺乏合理性。財務部門進行經費管理時由於不了解課題的預算安排，無法對報銷項目的合理性進行控製，使會計核算與監督流於形式。
3.缺乏統一的科研信息管理平台
科研管理部門負責課題的立項和申請，不了解經費的使用情況；財務部門負責管理科研經費，不了解課題的預算和進展情況；資產管理部門負責采購設備，不了解資產購置的合理性；審計部門、院係缺乏對具體科研項目的監管。各部門之間信息不對稱，沒有建立統一的科研信息係統。
三、完善黑龍江省高等農業院校科研經費管理工作的途徑
1.完善科研經費成本核算方式，補償科研人力成本
科研經費中應對科研人力成本進行補償，對實際參加研究工作的課題組成員按照專業課教師工資的1/3，公共課教師工資的2/3，科研人員工資的100%計入課題研究期間的研究成本，間接費用中課題組人員的績效支出按直接費用扣除設備購置費後的5%核定。科研項目儀器設備的使用費及房屋折舊費、水、電、暖消耗，按實際發生額分攤到各科研項目成本中。
高校是承擔基礎研究的主要部門，最有能力和條件開展基礎研究工作，對科研經費負責人爭取到的科研經費，學校應給予配套經費，保證科研經費的順利進行和科研人員的績效收入，穩定年輕教師在科學前沿潛心從事科研研究，使年輕教師不必為生活擔憂，全力投入到科研中去。年輕教師走上工作崗位後的10-20年，是科學研究的黃金研究段，也是創新人才培養的最佳時期。
2.加強科研經費支出管理
加大對科研經費臨時用工的審查力度，科研臨時用工由人事處統一管理，按照工作量將成本計入各課題經費，科研臨時工工資由人事處統一發放，一律通過個人銀行卡發放，實現勞務費零現金支付，保證臨時用工的真實性；允許項目組聘用人員的勞務性支出和社會保險補助費納入勞務費科目中列支，項目組聘用人員中，如有博士研究生、碩士研究生和應屆本科畢業生可在勞務費中列支勞務性支出和社會保險補助，其他臨時聘用人員隻列支勞務性支出，對勞務費預算取消比例限製，項目申報單位應當結合單位實際和相關人員參與項目的全時工作時間等因素合理編製。這裏所指的全時工作時間，是指參加項目研究的人員在項目起止時間段內所需完成項目任務的全部時間。
加強財務部門與科研管理部門的溝通，升級賬務處理係統，導入經費預算指標，做到科研經費預算的實時控製。完善科研信息係統，建立校內科研、財務等部門和院係、項目負責人共享的科研項目管理和科研經費管理信息平台，實現科研項目從申報、評審、立項、執行到結題（驗收）全過程數字化管理與服務，提高管理水平，提升服務質量。
加強科研項目預算的編製工作，聘請項目專家和財務專家對項目預算的每一項進行論證，使預算最大限度滿足課題研究的需要；簡化預算調整的審批過程，允許項目負責人在一定的範圍內對預算進行適當的調整，以滿足不斷變化的科研需要。要在財務部門或科研部門內部統一設置科研經費管理服務機構，負責協助、指導項目申請人合理編製經費預算，提供從到款通知到預算執行進度通報、預算調整、決算編製、溝通協調等全過程服務。科研和財務部門共同做好政策谘詢、科研合同管理、技術市場登記、稅費減免等相關工作。