3.2內部審計的考核績效機製方麵
由於農村商業銀行的高級管理層可以決定關係內部審計人員切身利益的考核績效機製：薪資報酬、職位晉升等，並且內部審計部門的主要領導人員的績效考核也亦可由各支行行長等參與來共同決定，這就讓內部審計人員在對被審計單位進行審計工作時思前想後、畏首畏尾，有所顧忌，不敢提出客觀的審計意見或建議，這種內部審計人員被牽著鼻子走的考核績效機製在較大程度上影響著內部審計人員的獨立、客觀、公正。
3.3內部審計產生問題的其他原因分析
3.3.1從股東持股比例上分析問題。目前，北京、上海、成都三地的農村商業銀行雖都完成了股份製改造，但從其每年公布的財務報告中我們可以看出依然是國有股份大格局。
各地大型國有企業對上海農商銀行、北京農商銀行、成都農商銀行分別持有35.93%、40%、41.81%的股份。可以明顯地看出國有股份對農村商業銀行的持股是一股獨大的現象。由於國有股東的一股獨大對銀行具有絕對影響權，因此其他股東由於缺乏影響力造成不能影響國有控股股東的決策，大股東對農村商業銀行的影響力隻要不直接損害到剩餘股東的利益，他們就會選擇保持著默許的態度，久而久之就不關心銀行的發展，漸漸不參與公司的治理等。內部審計的基礎是獨立性，內部審計的獨立性和權威性很大程度上受到了內部審計隸屬於誰，受誰領導的影響。當內部審計隸屬於銀行體係中的較高層次，那麼往往內部審計的獨立性和權威性就會越強。農村商業銀行還需要進一步理順與國有資產產權的關係，處理清楚公司治理結構的問題，保持良好的內部審計工作的獨立性與權威性，最大限度的發揮內部審計的作用。
3.3.2從銀行治理機製上分析問題。股份製改革後絕大部分的農村商業銀行的董事會和高級管理層的設置並未出現實質上的區別，人員組成往往都是清一色的經營管理團隊。目前農村商業銀行製度基礎還不能有效地防止經營管理層幹涉內部審計工作問題的產生。稽核監察部門與合規風險管理部門在彙報路線上還是需要向高級管理層彙報工作，內部審計部門實質上仍然要“聽命”於高級管理層，內部審計的工作結果受到高級管理層權力的限製：如果高級管理層對內部審計工作非常重視，內部審計的人員自然而然的重視起自身的工作，被審計單位被審計出的問題就會更多更廣並能得到更好更深刻的披露，被審計部門的整改工作也能受到應有的重視；如果高級管理層對內部審計工作在認識上有所偏離，對其不夠重視，“強業務、鬆內審”的格局一旦形成就會導致內部審計變成一種形式性的內部控製程序，削弱內部審計再監督和價值創造的作用。
4.改進內部審計獨立性的建議
4.1促進內部審計文化建設
內部審計是否有效，良好的企業文化也起著積極的作用。農村商業銀行要對目前還在運用的一些內控製度要進行總結與分類，同時要根據銀行所處環境的變化以及新開辦業務的發展需要和農村商業銀行不斷健全的管理體製，修訂、創新內控製度，內部控製製度將會變的更富有彈性更能適應農村商業銀行所處的環境所帶來的層出不窮的挑戰。要通過規章製度明確總行各部門、以及基層行社的職責權限，從而形成清晰的職責分工；董事會需要倡導並執行內部審計文化的建設，將內部審計文化建設納入企業文化建設中，重述內部審計部門的重要性。
4.2變革農村商業銀行企業製度
內部審計能夠充分發揮有效作用的關鍵是必須保證其具有較高的企業內部地位和較強的獨立性，這需要在製度上給予合理的安排。內部審計委員會直接對董事會負責而不是對銀行行長負責，確保內部審計部門可以不受銀行經營管理部門的影響，取消雙重領導的體製，保持內部審計機構的獨立性和權威性，實行一條線負責製度，以此保證內部審計部門的獨立性和審計結果的真實性。該委員會的委員都由不參與銀行經營管理的高層人員擔任，對其聘任由股東大會的決定，以保持內部審計人員方麵的獨立性。董事會或內部審計委員會必須采取措施保證內部審計的獨立性，積極發揮董事會和內部審計委員會的作用，防止出現內部審計部門被架空的情況。