實行國庫集中支付製度之後，由於對這項改革認識不足，缺少經驗，高校的財務人員還需要改變原有的工作習慣來適應新製度下的工作程序和管理方式，這就在某種程度上影響了工作效率。我國國庫集中支付製度還處在發展初期，財政、高校和代理銀行之間還在不斷地磨合和適應，由此而產生的支付被動延遲以及年終決算和對賬工作量加大等現實問題，都需要高校財務人員不斷學習和解決。
（四）會計核算難度加大
首先，根據國庫集中支付製度的相關規定，“預算單位的零餘額賬戶不得向本單位其他賬戶和上級主管單位、所屬下級單位賬戶劃撥資金”，也就是不允許向基建、後勤以及校醫院等二級單位劃撥資金，這會影響他們正常工作的開展，不利於高校內部資源的利用。其次，很多規模大的高校，校區比較分散，為了保證財務工作的順利進行，都設立了財務處，開設了銀行賬戶，但實行國庫集中支付製度後，零餘額賬戶一個學校隻能有一個，各校區開設的銀行隻能是一家。因此，為了方便師生報賬，分校區的財務人員隻能將憑證、支票帶到總校，處理完畢後再帶回各自校區，這樣的操作不僅給財務工作帶來安全隱患，還給高校的會計核算工作帶來了極大的不便。最後，零餘額賬戶是隻支不收，不能發生退款業務，但是很多高校的學生助學金、獎金都屬於國庫集中支付的範疇，隻能通過零餘額賬戶支付，若是學生的銀行卡丟失，就會造成轉賬失敗，隻好辦理退庫手續。由於此類情況常有發生，手續辦理十分不便。
（五）提高了對網絡係統的要求
高校的財務業務一般建立在校園網之上，實行國庫集中支付製度後，為保證係統的正常運轉，構建了相應的外部網絡。在實際操作過程中，時常發生信號弱、斷網、網速慢等網絡延遲問題，這嚴重影響了重要的審批和支付，甚至幾天都不能辦理業務；另外網絡病毒、黑客入侵等不利因素，也是高校財務工作的安全隱患，這些都對網絡信息係統提出了更高的要求。
三、完善高校實行國庫集中支付製度的措施
（一）建立健全與國庫集中支付製度相適應的製度
1.完善法律製度。現行的《高等學校會計製度》、《現金管理辦法》等法律、法規，已經不能滿足和適應新形勢的需求。高校實行國庫集中支付製度，對財務管理、運行機製等都發生了重大的變化，學校必須修改和完善各項財務管理辦法。首先是加強對資金收益的管理，實行收支兩條線管理，統一劃撥、管理。其次是加強資金使用的管理，將收益統籌安排。最後是加強監督管理，杜絕截留、挪用資金，確保專款專用，保證高校國庫集中支付製度的順利實施。
2.完善預算管理製度。盡管在實行國庫集中支付製度之後，要求各高校分月編製準確無誤的用款計劃，但很多高校在編製學校預算時，隨意性很大，收入預計不準確，支出又缺乏剛性。因此，要求各高校規範預算管理，製定一套適應國庫集中支付製度的預算管理。在完善預算管理的過程中，首先要加強預算的編製工作，高校應及時準確地向財政部門上報人員編製情況。其次，加強預算支出的準確性，為預算編製提供真實可靠的依據。再次，加強對項目支出的管理。最後，強化對部門預算執行的管理。各單位應準確無誤地報送用款計劃，杜絕無預算、超預算支出，維護預算嚴肅性。
3.完善內部控製製度。為了保證國庫集中支付的用款錄入、審核工作能準確、順利地進行，學校必須盡快建立與之相適應的財務管理辦法，完善內部控製製度，將申報工作落實到位、責任到人，並根據實際情況修訂會計流程，製定切實可行的製度辦法，真正做到有法可依。
（二）提高財會隊伍的綜合素質
高校實行國庫集中支付製度後，應高度重視這項工作，配備專職人員，從組織和人員上為順利進行國庫集中支付提供基礎保障。同時，對國庫專職人員的綜合素質也提出了更高的要求，要求其不僅具有較強的技術性和操作能力，還要熟悉和了解相關的財政政策、財會知識。因此，國庫集中支付的操作員、用款計劃編報員、審核員以及會計主管不僅要熟悉操作流程和工作方法，還要懂得一定的財會綜合知識和國家相關的財政政策。高校應盡快加強對財務人員的業務培訓，從國庫集中支付的管理模式到崗位職責、操作環節以及道德修養等多方麵進行培訓，通過培訓來拓寬財務人員的知識麵，更新知識結構，提高文化素養，增強創新能力，使其在提高業務實踐能力的基礎上，能夠更好地參與高校財政管理，進一步完善高校的財務建設，確保財務工作健康有序發展，推進國庫集中支付製度順利進行。