（二）管理部門眾多，監管歸屬不集中
目前我國小額貸款公司管理部門眾多，監管歸屬不集中、不明確。《小額貸款公司指導意見》規定小額貸款公司設立的審批權和監管權歸屬於省級人民政府，雲南省的主管部門是省政府金融辦公室。銀監和公安部門則負有對小額貸款公司非法集資等方麵問題進行監管的職責，人民銀行則負責對小額貸款公司的利率、資金流向進行跟蹤監測。可見，當前小額貸款公司監管部門不少於三個。監管部門眾多，會造成重複監管以及監管遺漏等問題，影響監管的有效性。小額貸款公司數量上的快速增長增加了監管管理上的難度。一是多頭監管本身存在的問題，再加上小額貸款公司又數量眾多地域分散，每個都是獨立的法人，每個都單獨麵對監管機構，增加了監管當局的監管難度；二是小額貸款公司處於初創階段，製度建設和人員素質都有待完善和提高。因而，隻有統一、集中、明確的監管部門，才能更好地規範和完善整個行業，才有利益行業的長遠發展。
（三）貸款筆數較少，單筆金額普遍過大
根據人民銀行、銀監會的指導意見，小額貸款公司隻能從事小額信貸業務。在小額貸款公司信貸資金來源受到嚴格限製的情況下，單一的小額貸款業務範圍限製明顯降低了小額貸款公司的效率，限製了小額貸款公司利潤率的提高。
小額貸款公司在發放貸款是應堅持“小額、分散”的原則，鼓勵小額貸款公司麵向農戶和微型企業提供信貸服務，著力擴大客戶數量和服務覆蓋麵。同一借款人的貸款餘額不得超過小額貸款公司資本淨額的5%。然而，從小額貸款公司經營中發放的貸款情況看，同一借款人的貸款額度普遍較大，甚至有個別公司存在超出規定比例的情況。反映出小額貸款公司的貸款投向傾斜於中小企業和個體工商戶，未真正做到“小額、分散”名副其實的小額貸款公司。
（四）征信缺位風險難控
由於小額貸款公司爭取的多是一些銀行不願做的客戶，通過信用擔保、房產再抵押等創新的方式進行交易，潛在的壞賬風險要高得多。加之征信體係的缺位，小額貸款公司在規避風險上自身也有著“先天不足”，由於不屬於金融機構，還未加入人民銀行企業征信係統，小額貸款公司無法獲得申請貸款的企業以往的誠信記錄，隨著小額貸款公司對個人及企業信用信息的需求日益增強，迫切希望能盡快加入征信係統，經調查，目前全縣7家小額貸款公司有6家願意加入人行征信係統，一家因當心費用問題不願加入。
（五）稅負較重收益偏低
盡管小額貸款公司從事金融服務業，但性質上並不屬於金融機構，必須按照工商企業來納稅。這就是說，小額貸款公司要負擔5.56%的營業稅及附加，25%的企業所得稅。以晉寧縣晉寧縣際融恒小額貸款有限公司為例，截止2012年末該公司資本規模為6000萬元，全年100%的資金使用率，全年利息收入為622萬元，需繳納營業稅費31萬元，再去除107萬元的人員成本、96萬元的房租，不僅如此，小額貸款公司還需提取1%至3%的壞賬準備金，該公司2012年提取壞賬準備金84萬元。照此計算，這家小額貸款公司可得利潤為304萬元，再扣除25%的所得稅76萬元，個人所得稅24萬元，企業最終的淨利潤僅有204萬元，因此按照目前的情況分析，小額貸款公司在未來1～3年難以產生很好的經濟效益。