這一段時間皇太極也沒閑著，他在忙著集權，老奴留下四大貝勒共同理政的規矩，讓皇太極實在難受，處處掣肘。曾經鼎力支持皇太極的代善已經被邊緣化了，由其子嶽托署理正紅旗，阿敏也因征明不利被皇太極找了個理由給廢了，他的鑲藍旗被皇太極的長子豪格接管了，多爾袞兄弟還算聽話，也接管了鑲白旗。四大貝勒就剩下個莽古爾泰了還礙手礙腳的，皇太極十分有耐性地等著，一點也不著急。這個年代雖說交通不發達，信息傳播的慢，可是草原上如此大的軍事行動還是瞞不了多久的，皇太極在九月初三終於得到了奧巴的求救信，皇太極軍略可能稍遜其父，但是政治上的靈敏卻大大超過**哈赤，他還快就反應過來了。若是科爾沁被林丹征服了，會引起一連串的雪崩反應，首先那些新歸降的蒙古部落會動搖，其次林丹的威信將大大提高，這將影響到外蒙三大部的態度，他們有可能傾向林丹汗。等等連鎖性的政治惡果是皇太極無法容忍的，同時他也深知兵貴神速的道理，估計等他集結好了大軍再去時估計隻能給奧巴收屍了，他立即行動起來，召集了隨時待命的兩黃旗，正黃，鑲黃，正白此上三旗平時由皇太極親自統帥，同時又命令在遼河的蒙古部落抽調兩萬騎兵助戰。兩紅旗由於上次在昌平吃了虧，後來又被皇太極以作戰不利奪了許多人口，實力大減所以留守沈陽，莽古爾泰與多爾袞則集結後軍與糧草。
如此，皇太極湊足了四萬騎兵，星夜疾馳，三天三夜人不解甲馬不卸鞍地長驅八百裏來到鎮遠堡，這裏距勒珠爾根城尚有一百二十裏路，大軍人困馬乏，在得知城池尚在的消息後，皇太極下令全軍稍作休息。等明日，也就是九月初七，與林丹決戰。這時，林丹也接到哨騎消息，知道滿洲的辮子軍來了，林丹召集部將，決定留下少數兵力繼續佯攻，大軍則立即南下，準備與皇太極決一死戰。這是一招險棋，若是城裏的奧巴出城與皇太極南北夾擊，林丹汗絕無幸免，有的部將向林丹汗提此憂慮的時候，林丹爽朗一笑，輕蔑道，奧巴此人鼠目寸光，做事畏首畏尾，在情況不明朗時，他絕不敢輕易出城。我們迎頭痛擊皇太極之後再來收拾他。睥睨天下的英雄氣勢可見一斑。林丹汗連夜率軍趕到軍都山，依山下寨。這裏是皇太極的必經之地。
翌日清晨，微風徐揚，紅日初升，蒙古騎兵依著山勢分為四塊，輕騎兵在兩翼，中路重騎兵。還有最精銳的怯薛親軍在後壓陣，這是林丹效法成吉思汗的怯薛歹建立起來的，勇猛善戰自然不用說，最重要的是這一萬怯薛軍隻效忠於大汗一人，這是林丹的最後依仗了。探馬來報，女真人的前鋒已經出城了，預計兩個時辰就會抵達，林丹對於今日一戰充滿信心，天時，皇太極匆匆而來，隻有四萬騎兵，和自己旗鼓相當，而且他們長途奔襲，自己以逸待勞。地利，自己的騎兵居高臨下，能最大程度發揮戰馬和弓箭的優勢，敵人處於仰攻，戰馬的衝擊力必然大減。人和，皇太極雖說有四萬騎兵可是滿洲的辮子軍隻來了兩萬，必須擊潰這兩萬辮子兵，那麼依附於皇太極的那些蒙古人自然就不足為慮了。林丹望了望左翼，見左翼有些鬆散，這是他東征以來歸順的部落組成的，林丹皺眉道：“貴英，你帶一千親軍去左翼壓陣，等會要防止他們臨陣潰逃。”傍邊的一位高大漢子領命而去，林丹汗開始心不在焉地想著，等解決了皇太極，是先對付滿洲援軍呢，還是趁機吞並科爾沁？
日上三竿之時，蒙古人已經可以看見遠處滾滾而來鐵騎，在一望無際的大草原上，想要進行隱藏埋伏，迂回包抄是十分困難的，得知林丹汗在軍都山列陣相迎，皇太極索性直率大軍前來決戰，騎兵線式平推，緩緩而進，毫無縫隙。既保留了戰馬體力，也不給林丹汗一絲可乘之機。三裏，兩軍據此相望。