順帝時期
元文宗時期大興文治，1329年設立了奎章閣學士院，掌進講經史之書，考察曆代治亂。又令所有勳貴大臣的子孫都要到奎章閣學習。於奎章閣下設藝文監，專門負責將儒家典籍譯成蒙古文字，以及校勘。同年下令編纂《元經世大典》，兩年後修成，為元朝一部重要的記述典章製度的巨著[24]。然而丞相燕帖木兒自恃有功，玩弄朝廷，導致朝政更加腐敗。1333年元文宗去世後，為洗刷毒死元明宗的罪行，遺詔立年僅七歲的明宗次子懿璘質班為帝，是為元寧宗。但元寧宗僅在位不到兩個月即去世，不久後燕帖木兒也去世。元明宗的長子妥歡貼睦爾被文宗皇後卜答失裏從靜江（廣西桂林）召回並立為帝，是為元惠宗，又稱元順帝[24]。
元朝後期
危機四伏
元惠宗在位之初，1335年燕帖木兒的兒子唐其勢陰謀推翻，另立元文宗義子答剌海。幸右丞相伯顏粉碎叛元順帝
亂，但屬於保守派的他掌握朝政，權力盛大。他禁止漢人參政並取消科舉，這些都與元惠宗發生衝突。1340年元惠在伯顏之侄脫脫的幫助下，終於廢黜伯顏。脫脫為相與元惠宗親政前期，采取了一係列改革措施如頒行《至正條格》等法規，以革新政治，緩和社會矛盾，史稱至正新政。1343年元惠宗下令修撰《遼史》、《金史》、《宋史》三史，由右丞相脫脫（後改由阿魯圖）主持，兩年後修成。然而元惠宗後期怠於政事，以至於在1350年發生天災人禍後引來民變。
元朝長期處於繼承權問題、貪汙、權臣擅政、不任用漢人與壓榨百姓的惡習，使得政治總是無法上軌。這種不穩定的朝廷如果又遇到天災人禍的幹擾，往往導致國家的覆沒。元朝後期，特別是1340年代中後期至1350年代期間，幹旱、瘟疫與水災時常發生，黃河地區水患尤其嚴重。與此同時，元廷不斷收取各種賦稅，使百姓的生活更加艱苦，使得白蓮教逐漸流行，並成為對抗元廷的勢力。早在1325年就發生過河南趙醜廝、郭菩薩領導的武裝起事。1338年江西袁州（今江西宜春）彭和尚、周子旺等白蓮教徒起義失敗，彭和尚逃至淮西。1350年元廷下令變更鈔法，鑄造“至正通寶”錢，並大量發行新“中統元寶交鈔”，導致物價迅速上漲。隔年元惠宗派賈魯治黃河，欲歸故道，動用民夫十五萬，士兵二萬。而官吏乘機敲詐勒索，造成不滿。
民變紛起
白蓮教首領韓山童、劉福通等人決定在5月率教眾起事，但事泄，韓山童被捕殺。劉福通再立韓山童之子韓林兒殺出重圍，指韓山童為宋徽宗八世孫，打出“複宋”旗號，以紅巾為標誌。其後郭子興於安徽濠州起事，芝麻李等人占領徐州，此為東係紅巾軍。西係紅巾軍方麵，彭瑩玉、鄒普勝與徐壽輝在湖北蘄州起事，國號天完。紅巾軍勢力明太祖朱元璋
遍布河南江北、江南、兩湖與四川等地，還有非紅巾軍的張士誠等部的起事，民變揭開元朝滅亡的序幕。
元廷派兵鎮壓各地紅巾軍，丞相脫脫親自率軍南下攻陷徐州芝麻李軍，一度壓製民變軍。然而脫脫在1354年南攻高郵張士誠軍之際，被元廷大臣彈劾而功虧一簣。徐壽輝部最後分裂成兩湖的陳友諒與四川的明玉珍。兩淮郭子興的部下朱元璋於1356年以南京為根據地開始擴充地盤；1363年與據有兩湖的陳友諒作戰，最後於鄱陽湖之戰獲得勝利；1365年占領兩湖後於同年冬東進攻打據有江蘇沿海的張士誠；1367年平定張士誠後，繼續南下壓製浙江的方國珍，至此江南無一人反抗朱元璋。另外，福建於1357年至1366年間發生色目軍亂，史稱亦思巴奚兵亂。與此同時，元朝在察罕帖木兒和李思齊等率領元軍反擊北方紅巾軍，1363年北方紅巾軍最後在安豐之役中敗給降元後的張士誠，劉福通戰死，韓林兒南下投奔朱元璋，隨後被殺[32]。