加入WTO後，更多的低價高質的國外藥品進入國內市場，對我國整體醫藥行業造成更大的衝擊。同時國外企業紛紛湧入我國國內市場，這些跨國公司在我國的分支機構憑借著其先進的經營和管理經驗、規範的操作體製、最新的新藥研發信息，也成為我國醫藥企業的競爭威脅。其次是來自知識產權保護方麵的衝擊。
（2）國內競爭激烈
麵對充滿機遇與挑戰的醫藥市場，國內各省市都紛紛行動起來把生物醫藥產業作為戰略性新興產業重點發展，並相繼製定了一係列的發展規劃、政策、措施來推進生物醫藥產業的發展。相較之下，生物醫藥產業在株洲市工業經濟中所占的比重還較小，在全國醫藥行業中的份量也較低，與其它醫藥強省市相比差距較大，科技成果的轉化率也偏低。
（三）自身優勢分析
（1）較好的產業基礎
經過近十幾年的快速健康發展，株洲市的生物醫藥產業已具備一定的發展基礎，產業規模和效益優勢已日益突顯。目前已呈現出以現代生物醫藥和中藥現代化為重點，以骨幹企業為主體的發展態勢。株洲市現有規模以上的生物醫藥企業16家，其中株洲千金藥業股份有限公司是中藥女性健康產業的領導企業，擁有千金、湘江、千金養身坊知名品牌。同時生物醫藥產業的範圍也不斷擴大，遵循“健康養生“這條主線，醫藥產業已逐步從單純的生物藥品的生產擴展到衛生用品及養身保健領域，這為生物醫藥產業的發展提供了新的經濟增長空間。
（2）具有一定的生物醫藥技術支撐
株洲背靠長沙雄厚的醫藥科研與生產技術力量，特別是中南大學湘雅醫學院、湖南中醫藥大學、中南林業科技大學和湖南農業大學等一大批科研實力較強的高等院校，不僅為株洲市的生物醫藥產業輸入了數以萬計的專業人才，還為株洲生物醫藥產業注入了先進的科學前沿技術，為醫藥產業產、學、研互動發展奠定了良好基礎，特別是為發展生物製藥產業營造了濃厚的氛圍，提供了強有力的技術和智力支撐，大大增強了醫藥產業的自我研發能力。
（四）自身的劣勢分析
（1）產業規模較小，缺乏龍頭骨幹企業
與北京、江蘇、貴州等地的生物醫藥產業相比，株洲的生物醫藥產業規模仍然偏小。在全國生物醫藥企業100強中，湖南沒有一家企業被列入其中，這就直觀的說明了湖南乃至株洲的生物醫藥企業缺乏核心競爭力、沒有能參與國際競爭的大型龍頭骨幹企業，企業規模小，行業集中度低，大型生物科技領軍型企業仍然比較缺乏。
（2）研發資金投入不足，自主創新能力不強
國際大型生物製藥企業，研發費用一般占銷售收入20%以上，對於純粹的生物技術公司，研發投入比重更大。目前株洲市大部分生物醫藥企業的R&D投入不足，投資渠道比較單一，研發投入比重大約盡占銷售收入的4%，企業自主技術創新機製尚未有效形成，這使得許多生物醫藥企業缺少甚至沒有具有自主知識產權的研發技術，他們大多數產品的核心技術是引進而來，或者是靠合資合作發展而來的，擁有自己專利技術的企業較少，已經成為製約生物醫藥企業進一步發展壯大的瓶頸，致使生物醫藥產業化水平明顯落後於國際先進水平。
（3）產業體係不健全，製度有待完善
生物醫藥產業涉及許多的高科技領域，需要一個團隊的合作。而株洲市的生物醫藥企業主要集中在生產環節，基本沒有獨立的、專業的醫藥研發、原料供應、藥品流通等關聯企業，產業鏈遠未形成。同時各個生產企業都偏重於硬件環境建設，僅能提供基礎設施、優惠的土地稅收政策、單一的園區管理、物業和配套服務，對於促進技術創新和科技成果產業化的整合研發、培訓和谘詢、技術交易、資金提供等服務相對薄弱，這就導致產業創新和服務平台滯後，對創新型中小企業的引導和扶持薄弱，不利於醫藥產業集群的技術鏈、知識鏈和創新鏈的形成。