預算執行過程中財務部門進行有效監控有一定的困難。科研經費預算執行一般由項目負責人進行，財務部門雖然能夠看到財務明細賬，但卻無法看出經費使用的具體意義，也就無從對經費的執行情況進行有效監督。例如，到項目中期仍然有設備費沒有支付的情況，有些是因為沒有按照預算執行，有些是因為科研經辦人無暇處理設備建賬等事宜而導致無法入賬，也有些是因為要先試用設備等過了試用期再行付款，種種特殊情況隻有具體的課題組成員才能真正知曉。
2.高校核算體製與科研經費管理辦法不匹配，導致無法有效地進行全過程管理
國家的科研經費管理政策開支範圍中的支出科目與財務會計製度核算科目口徑不一致，例如最常見的國家科技計劃和公益性行業科研專項經費管理辦法中規定，將課題經費分為直接費用和間接費用。而高校會計核算科目中的支出科目的設置，一般是依據財政部編製的“政府收支分類科目”來設置明細科目的，要比各類科研經費的科目分類更加明細化，以滿足高校上級主管部門的報表要求，因此對於科研經費的決算報表編製是需要將項目中的一些具體科目彙總才能得出的。在項目執行過程中，課題老師對於這種分類並不熟悉，有時很難宏觀把握現有的經費用度，往往到編製決算報表時才發現有“超範圍、超預算”的支出，這時就會比較被動。
對於那些科目比較固定，有成熟的經濟管理辦法的科研經費，高校財務部門可以通過財務科研信息平台對相關科目進行監督控製。但隨著高校科研經費來源越來越多元化，一些政府部門、大型企業以及國際合作科研項目的預算科目五花八門，決算審計要求也各有特點，實在無法通過信息化平台納入統一的模式進行管理；而且有的課題預算時不通過財務部門，往往是到了決算階段才找到財務部門蓋章，由於不掌握這類科研項目的要求，財務部門隻能在決算環節協助老師完成決算，根本談不上全過程的管理。
3.缺乏合理的激勵機製促進財務部門進行全過程管理
高校現行的績效考評沒有將科研經費的管理納入其中，使得項目負責人比較重視科研成果而忽視對科研經費的管理。部分項目負責人還有“科研經費是自己的錢”以及“科研經費應該學校管”這樣兩種極端的想法，而科研經費的財務管理具有專業性並且財務核算程序不夠簡化的情況下，項目負責人也會產生畏難情緒，不願主動對科研經費進行精細化管理，導致財務部門也難以對課題進行全過程的監督管理。
三、高校科研經費全過程管理的優化對策
1.理順科研經費全過程一體化管理的各個環節，實現財務部門的有效管理
科研項目從申報立項到結題驗收的過程中，項目負責人是核心，財務部門、科研部門
配合項目負責人順利完成科研任務。其中財務部門主要負責科研經費的全過程管理，無論是精細化的預算管理、嚴格的預算執行情況審核、還是最終的決算審計谘詢管理，都離不開財務部門和項目負責人、科研管理部門的信息共享及有效溝通。因此不僅要在技術上實現科研項目的信息化、數字化聯動管理，同時也要建立起一套行之有效的工作機製和模式。高校財務部門應充分發揮專業所長，指導項目負責人進行預算編製、日常核算、決算報表編製、審計接待等工作，不止是在課題經辦人遇到問題的時候充當“消防員”的角色，更重要的是“防患於未然”。財務部門可以與科研部門配合，變“被動管理”為“主動管理”，加大政策宣傳力度，讓項目負責人樂於管理科研經費，更樂於與財務部門等管理部門協作，建立良性循環，共同推進科研項目的完成。