同一天，共軍渡過長江，四月二十三日攻陷南京。
四月底，蔣介石親自到上海，鼓勵並指示黨員及京滬杭警備總司令湯恩伯，以及所屬三、五個軍的部隊進行上海保衛戰，整備上海撤退的工作。就在這段時期，蔣經國、湯伯爾尼、桂永清等人奉蔣介石命令，將國庫存在上海中國銀行的黃金、白銀和美鈔外幣等轉運台灣，這批資金成為日後建設台灣的重要資源。
繼母和孩子們在南京撤退前一天才到達上海，在上海停留了兩個星期，看到上海戰役即將開打，才隨政府遷移，搭飛機到廣州。
上海戰役在五月中開火，持續不到兩個星期，畢竟大勢已去，終究不能由一次戰役挽救大局。不過國民黨部隊因而能從容撤離上海，按照預定計劃，安全撤退到舟山群島和台灣。
共產黨主力渡過長江、占領滬杭後，劉伯承的部隊轉攻浙、贛、粵，林彪則率軍向鄂、湘、贛方麵進攻，政府計劃一方麵保衛華南和西南，一方麵經營台灣與福建，以致於防衛兵力分散，形勢日趨惡劣。
到了夏季快過時，華中行政長官公署在白崇禧指揮下，由武漢撤到湖南衡陽附近，有三個兵團、近二十萬人在湘贛邊區防守。林彪也帶了二十萬左右的共軍，由東北、華北進入這個區域。共產黨同時發起和平攻勢，湖南綏靖公署主任兼省主席程潛與兵團司令兼代理省主席陳明仁投誠。七月底，父親和國防部次長黃傑，由廣州乘飛機去衡陽，到達衡陽後，得知程潛已由邵陽去長沙，他們僅停留三小時，和白崇禧會晤，並和在長沙的陳明仁通過電話，就匆匆飛到長沙。這時，長沙的局勢已經很緊張了，他們和陳明仁在省政府談了幾個鍾頭。父親把在廣州所收到的蔣介石電報轉交給他，電報中指示父親，為陳明仁計劃軍事行動，共有三策：上策為全師後撤，參加保衛大西南；中策為死守長沙，籌造第二次四平街戰役的光榮；下策為將程潛、劉斐等就地處決。
蔣介石並勸陳明仁，無論如何，也絕不能投共。陳明仁顯然很痛苦，幾乎淚下，坦言他的長官、師友，如程潛、劉斐、李明灝諸人都再三勸他參加“局部和平”，他正為此鄭重研究、考慮中。
下午五點，陳明仁的副參謀長來說，前線打起來了，長沙城中有暴動的謠言，要他們當天就離開長沙，否則隔天恐怕機場被困，飛機就不能飛了。父親和黃傑於是告別陳明仁，囑他為國珍重。他們到城裏看了幾個朋友後，趁黃昏日落前飛回衡陽。
兩天後，接到前線消息，指明情況已經很不好了。父親與黃傑於八月三日冒險飛往邵陽，在機場會見當地軍政幹部，曉以大義，要他們準備應變。吃午飯時，得知長沙情況不妙。父親獲知此消息，一行人隨即在下午搭原機飛回衡陽，這次到邵陽，比去長沙更加驚險！
當天晚上，收到程潛和陳明仁已投共起義的電報。不久，黃傑就調任湖南省主席兼第一兵團司令，暫時維持湖南局麵。
九月上旬，繼母從台灣飛回成都，追悼亡父並準備生產，父親也飛到成都和家人團聚幾天，之後再飛回廣州。
華南局勢岌岌可危，傳共軍將於九月底進攻廣州，父親身為政府軍事發言人，根據軍事情勢向疑惑的新聞記者們保證：“我們一定可以在廣州過中秋，吃月餅。”
中秋節前，戰火已逼近廣州近郊。中秋夜，父親果然實踐諾言，在珠江中心的遊艇上宴請幾十位中外記者，雖然月色昏暗，但珠江畔燈火輝煌得像白晝。記者們心情不佳，父親心情尤其沉重，心知肚明廣州保衛戰不會順利，而且退路也很艱險。
十月一日，毛澤東在北京天安門城樓上宣告“中華人民共和國中央人民政府”成立。十月十三日，國民黨政府撤出廣州，但李宗仁未飛往重慶。十一月，蔣介石和蔣經國抵達重慶。十一月十六日，李宗仁胃病複發，加之蔣介石複出已暗流洶湧，於是決定以治病為由，在十一月二十日飛往香港。十一月二十二日，蔣介石在重慶約見國民黨中央常委們，並派大員赴港探訪李宗仁，勸其回國，但被李宗仁婉拒。十二月五日，李宗仁飛往美國紐約。十六年後，一九六五年七月，經周恩來安排，李宗仁回到大陸，一九六九年一月病逝於北京。
國民黨政府遷到重慶，僅僅維持了不到一個月的穩定局麵。掌控重兵的陝西胡宗南部隊對重慶的增援，進行緩慢。十一月底，社會秩序混亂，全城人心浮動，金融風潮激起，物價飛漲，岌岌不可終日。在共軍兵臨重慶之際，政府匆促遷到成都，蔣介石在重慶郊區白石驛飛機場搭飛機到成都。