在事業單位的會計核算過程中，受傳統體製的影響，會計內部控製製度不健全現象普遍存在，使得事業單位內部缺乏相互製約的財務監督機製，會計核算工作無章可循，最終流於形式甚至較為混亂。內部控製的薄弱和執行不到位，為單位部門擅自收費、隱瞞截留國家專項資金和單位應交財政的收入等違法違紀行為提供可乘之機。再加上國家、單位內部和社會三類監督部門之間對會計核算的監控缺乏協調和配合，難以形成有效合力，監管部門對各項管理製度執行情況的督促、檢查不夠及時，對資金的管理、使用情況監督不夠嚴格，對違紀違規問題的處罰力度不夠，致使有些問題長期得不到糾正，容易造成資金被侵占和挪用，影響了財政資金的使用效率。
3、事業單位在固定資產會計核算中問題突出
隨著行政事業單位經營業務的增加，事業單位的固定資產規模逐漸擴大，加強對事業單位固定資產的核算管理對於確保其安全完整，使事業單位更好地完成社會服務職能的保障具有重大意義。然而在目前的事業單位固定資產會計核算中存在著諸多問題：一方麵現行的事業單位核算製度對固定資產隻核算其賬麵原值，不計提折舊，而通過提取修購基金來進行事業單位固定資產的更新和維護。這樣會使固定資產的淨值與其原值嚴重背離，事業單位固定資產的總量和淨資產等現實情況不能得到如實反映，造成淨資產虛增和盈餘虛增嚴重；另一方麵，部分事業單位對固定資產的管理意識薄弱，固定資產從購置、入賬到使用、報廢，缺乏健全的管理製度，事業單位賬目混亂，家底不清，使得固定資產在核算中困難重重，難以準確詳實地反映事業單位固定資產配置和使用情況，容易造成事業單位重複購置和閑置積壓，造成國有資產的流失和浪費。
4、會計工作人員素質底下
由於大部分事業單位采用任命式選拔會計人員，有可能使得原先沒有會計基礎知識和專業技能的人員走上會計核算的工作崗位，這種選拔任命模式使得事業單位會計人員專業素質普遍偏低，嚴重影響了會計核算工作的質量和效率。再加上部分會計工作人員職業道德素質底下，或罔顧法律法規隻看領導臉色行事，使得事業單位會計信息失真嚴重，助長了不正之風，造成財政資產的流失和浪費。
三、提高事業單位會計核算質量策略探討
1、加強事業單位財務管理製度建設，統一協調會計核算和資產管理
嚴格的財務管理製度是事業單位進行會計核算工作的依據和重要保障，因此，要在遵循國家法律法規和會計準則的前提下，根據單位實際情況，製定具備科學性和實用性的本單位財務管理製度，對會計核算工作進行明確規定，並建立責任製和獎懲製，將會計核算工作的責任具體到個人，提高單位財會人員工作的效率。同時財務部門要與資產部門進行充分協調合作，要將會計核算與資產管理進行統一的管理協調，定期進行賬實核對，確保本單位賬實相符，確保本單位的資產安全完整，有效防止資產的流失和浪費。
2、深化財政預算製度，建立健全事業單位內部控製製度
在事業單位的預算管理方麵，各個單位都應當采取綜合預算的管理模式，將所擁有的預算內的資金與預算外的資金都納入到政府的綜合財政預算的管理體係之內，以符合實際的定額的科學定額標準進行預算體係的改進，從而使得預算能夠落實到單位的各個部門，促使事業單位財務預算的科學化與規範化。要根據事業單位的工作範圍、工作性質和任務特點，建立起一整套的事業單位財務管理內部控製係統，從組織上和製度上對事業單位的財務實行內部控製，加強對會計核算的監督管理。
同時應充分發揮政府審計部門的職能，高度重視事業單位日常資金流動方麵的審計工作，對相關事業單位領導對資金分配調動情況進行詳細審查，加強對事業單位經濟活動的監督和製約，使其在會計核算中嚴格遵循法律要求和會計準則，防止違法犯罪現象的發生。