司法實踐中，已經出現了法院判決否定已登記的應收賬款質押效力的判例。北京市第二中級人民法院的（2009）二中民終字第14968號判決，即認定出質人將已由法院發出執行通知的應收賬款設定的質權不成立。
實務中的問題
◎質權實現
和其他質押一樣，當約定的行使質權的情形發生時，應收賬款質權人有權就應收賬款優先受償。由於應收賬款實質上是一種債權，應收賬款質押實質上也是以一種債權擔保另一種債權的實現。因此應收賬款質權的實現，需要結合應收賬款的債務的性質和履行情況。債務人的履行能力、履行積極性等對於質權的實現都至關重要。實際上質權人直接向債務人主張權利尚缺乏法律依據，即使能夠根據合同法的規定行使代位權，也需要通過訴訟的方式進行。
除債務人因素之外，出質人部分或全部放棄其債權，或怠於行使其作為債權人對債務人享有的合同權利或怠於履行其對應義務導致債務人行使抗辯權等，都會影響質權的實現。
此外作為一種債權，已質押的應收賬款不能當然切斷該應收賬款債務人所享有的抗辯（如無效抗辯、可撤銷的抗辯、訴訟時效已過的抗辯、同時履行抗辯、因標的物的質量瑕疵而主張減少價款的抗辯等）。這就使得質權實現的不確定性進一步加大。
為盡量規避上述風險，質權人可以考慮在質押合同中設定相應條款，比如要求出質人不行使抵銷權、不擅自變更合同、不擅自行使解除權或撤銷權、不得怠於行使或放棄債權等，對出質人進行限製。此外還可以委托銀行對應收賬款進行監管，即質權人、出質人和監管銀行簽署賬戶監管合同，出質人在監管銀行開立專用賬戶，專門用於收取應收賬款，監管銀行則按約定對該專用賬戶內的應收賬款的收取和使用進行監管。
◎應收賬款債權的轉讓和抵銷
應收賬款作為一種債權，應適用債權的相關規則，如債權轉讓由債權人通知債務人即可，一般無需額外的登記等程序。但是出質後的應收賬款則不得隨意轉讓。根據物權法的規定，應收賬款出質後不得轉讓，但經出質人與質權人協商同意的除外。出質人轉讓應收賬款所得的價款，應當向質權人提前清償債務或者提存。
然而盡管法律如此規定，但由於債權轉讓不需要登記等程序，應收賬款質押登記僅能使質押生效，而無法約束應收賬款的轉讓。若出質人未經質權人同意，將應收賬款轉讓給善意第三人，對於解決善意第三人和應收賬款質權人的利益衝突問題，物權法等並未作出明確規定，質權人主張優先受償缺乏明確法律依據。即使質權人可根據物權法的規定主張轉讓行為無效，而不論第三人是否為善意，同樣可能需經曆漫長的訴訟過程，仍增加了出質人實現質權的成本以及質權不能實現的風險。
與應收賬款轉讓類似的還有抵銷。根據合同法的規定，當事人互負標的物種類、品質相同的到期債務的，任何一方均可通知對方將自己的債務與對方的債務抵銷，但依照法律規定或者按照合同性質不得抵銷的除外。通知自到達對方時生效。物權法僅規定出質的應收賬款不得轉讓，對於應收賬款債權的抵銷並未明確禁止。約定的應收賬款質押權能否對抗法定的抵銷權，尚待法律和司法實踐的進一步明確。實踐中，若出質人將應收賬款債權抵銷，則同樣導致質權人麵臨質權無法實現的風險。
幾種特殊的質押
◎出口退稅的質押
出口退稅與一般民事債權不同，應更多的屬於行政性的政策優惠，但實踐中仍然可以作為質押標的。
在物權法實施之前，最高人民法院公布了《最高人民法院關於審理出口退稅托管賬戶質押貸款案件有關問題的規定》（法釋【2004】18號），該規定認可出口退稅托管賬戶質押貸款的效力，並在第二條規定，“以出口退稅專用賬戶質押方式貸款的，應當簽訂書麵質押貸款合同。質押貸款合同自貸款銀行實際托管借款人出口退稅專用賬戶時生效。”可見，物權法實施之前出口退稅的質押並不需要登記。