1．代理機構與高校管理職責不清
製度的不健全和管理的不規範，使雙方職責不明確，操作中容易失誤；如代理機構側重一般的接收保管和存放，重接收，輕管理，在接收材料時基本不審不看、不按章歸類，不及時裝訂，更本談不上整理和裝卷，以及目錄信息的著入等管理，出現代管的人事檔案大多以原有結構狀態存在，組卷較散亂，管理有失嚴肅，既使丟失了也無依據；同時，代理檔案在未正式傳入高校時，高校檔案部門又不可能去查詢和監督，以及查缺補漏，更談不上及時進行標準化和現代化管理，轉來的材料沒有電子目錄信息等，最基本的管理水平都未達到，致代管檔案的質量受到影響。
2．代管的人事檔案內容不齊全
人事檔案的內容是隨著個人成長在不斷增加、是處於動態狀，需要連續不斷地補充與更新，才能真實地反映其現實麵貌，但有的代理檔案內容的補充和收集較緩慢，如代理人員在工作中形成的業績考核、職稱考評、繼續教育、晉職晉資等材料十分豐富，收集緩慢影響了檔案的查閱和利用；又如形成材料不齊全，如有的過去雖然是招工或轉幹、升學或晉職，但檔案中無記載，有的材料無審批意見及個人簽名等；還有的因多次調動或重新建檔，出現了部分檔案缺失等，減弱了憑證和依據功能；還有的組織考核、評鑒材料不全，在一定程度上影響對其本人的全麵了解。
3．代管的人事檔案材料不連續
高校接收或擬引進的人員即便是租賃製，對學曆的要求最低也得在碩士以上，因此，學曆材料是收集重點，如自高中到博士學曆的原始材料，應具有報考表、入學登記表、學籍表、畢業生登記表或鑒定表、授予學位審批表等，但代管期間材料收集的不及時，致許多材料連續性不夠。
4．代管的人事檔案查閱不方便
高校組織和人事部門在需要查閱代管檔案，或各黨支部辦理入黨或預備黨員轉正事宜、例行人事調查等時，需經由高校人事部門到代理機構去代為借閱或開具證明後自行前往查閱；或代管的個人在報考碩士、博士、評定職稱、辦理戶口等需依據檔案材料開據證明等，都需反複要走多個流程才能辦成，利用起來極為不便。同時，高校人事部門對代管者的檔案是先收集和整理，再不定期集中轉遞至代理機構，轉遞中易致檔案實體損壞或散失，影響代管檔案的管理和查閱質量。
三、人事代理製下的高校人事檔案管理對策
檔案管理工作是一項政策性、專業性很強的工作，雙方管理機構不僅要規範管理，重要的是強化管理意識，熟悉和掌握人事檔案管理技能，不斷拓展和延伸服務功能，搭建交流溝通的平台，營造和諧工作環境，為雙方提供優質、方便、快捷、高效的服務。
1．優化代理人事檔案的服務環境
為促進人事代理製下的高校人事檔案管理和服務效能，要及時完善更為科學合理的人事檔案管理職責，提高雙方檔案管理者的政治和業務水平，要求他們不僅要有“一專多能”、愛崗敬業、精通業務，具熟練掌握人事檔案材料的收集、研究、鑒別、分類、編排、歸檔、保護各個環節的技術，而且還要掌握自動化、信息化、網絡化的知識和技能，提高檔案管理技術水平，優化代理人事檔案管理的服務環境。
2．規範代理人事檔案的管理程序
高校與代理機構之間須加強溝通、協調工作，製定出切實可行、操作性強的具體程序和措施，同時，高校要積極配合代理機構做好檔案材料的收集工作，代理機構也不能僅僅停留在檔案保管上，雙方都要做好協調工作，著力解決職責不清、範圍不明、關係不順、程序不規範、運行機製不暢、信息反饋不及時等問題，製定嚴格的合同，明確各自的職責範圍、可操作的措施、具體工作程序以及各個工作環節間的運行機製等，建立健全包括材料收集、人事檔案保管與保護、鑒別、查（借）閱、轉遞等規章，代理機構要按程序做好代管檔案的收集、整理、保管、利用等工作，而高校也要積極地對代管人的學曆變更、職務、職稱變動、工資調整、及年度考核等材料進行初步的整理，並及時完整地轉交給人事代理機構，使代管人事檔案管理逐步實現規範化管理。