（二）間接費用核算管理
目前間接費用基本有兩種提取方式：一種是經費入賬時由學校直接提取，一種是在專項中列支。《教育部財政部關於加強中央部門所屬高校科研經費管理的意見》規定“按照有關科研項目費用管理辦法規定提取間接費用的，學校要合理確定項目間接費用標準，以直接提取方式將間接費用納入學校財務統一管理，並結合實際製定間接費用分配及使用方法。”這已明確高校需製定科研間接費用管理文件，采用直接提取方式納入學校財務統一管理。
間接費用的提取時間：高校若根據預算將間接費用一次性計足，對高校內的科研管理部門、財務部門來說減輕了工作量，便於管理，但對於課題組而言，造成前期可以使用的直接費用縮減，延誤科研經費的使用進度。筆者認為宜采取根據到款比例提取間接費用的方法。間接費用中支出首先要保證學校管理費補償的硬性指標，然後再列支資源占有費等，若不足以彌補這些方麵的開支，應核減績效支出數額，以體現高校統籌安排的觀念。
（三）績效支出的管理
間接費用中，在對科研工作進行績效考核的基礎上，結合科研人員實績，設立了績效支出，由所在單位根據國家有關規定統籌安排。這一政策，改變了以往科研項目科研人員不能領取報酬的做法，體現科研人員投入科研項目工作的智力勞動的價值，彰顯了“以結果為導向”和“注重績效”的改革思路。高校的績效支出，應遵循公開、公平、公正的原則，在對科研、人事、財務部門建立科研績效考核的評價體係後由高校根據國家有關規定合理統籌安排。
高校作為事業單位，實行績效工資後，由財政、人事部門核定績效工資總額，間接費用中的績效支出中，直接用於高校內課題組成員的激勵支出部分，是否納入事業單位績效工資總額，目前國家財政、科技、教育部門尚未明確。
《江蘇事業單位績效工資實施方案》規定“對承擔國家重大科研項目、工程建設項目等為經濟建設和社會發展做出重要貢獻的優秀人才，給予不同程度的一次性獎勵。具體辦法國家將另行製定。”
河南省《省直駐鄭事業單位實施績效工資有關問題的處理意見》規定：“按照國家和省有關規定引進高層次人才的專項經費、對高層次人才發放的特殊薪酬（如年薪、重大項目獎勵、技術要素參與分配的報酬等），按規定由政府投入的人才基金、創業基金，以及臨時性科研課題、科研項目經費按規定可列支勞務費的部分不納入績效工資總量管理。”《浙江省省級科技研發和成果轉化項目經費管理暫行辦法》明確“直接用於本單位課題組成員的激勵支出可不納入事業單位績效工資總額”。
筆者認為，若將科研績效支出納入績效工資總額，違背了提高科研人員待遇的初衷，將挫傷高校參與科學研究的積極性。河南、浙江兩省已明文確認相關科研經費中績效支出不納入事業單位績效工資總額，建議財政、科技部門應出台相關細則，確定間接費用中的績效支出不納入事業單位績效工資總額，以利於更好的績效激勵。