二、突出重點、加強施工過程結算環節審計管理控製
工程施工過程是合同實施和投資控製的關鍵環節，對形成的工程造價合法合規與否、投資成本與效益適當與否至關重要。審計的目標，主要審查其合同履行是否有效，審查工程價格的取定、結算造價與實際完成投資額的真實性、合法性，審查是否存在虛列項目或重複列項、高估冒算、弄虛作假、套取現金等行為。
（一）工程變更和現場簽證控製
對於工程項目而言，工程變更是不可避免的，施工過程中的工程變更將對施工進度和工程造價產生很大的影響，因此，工程變更、現場簽證是施工合同履約管理中的重要內容之一，最大限度地減少工程變更對工程造價的影響就顯得非常重要。
內部審計主要關注，變更項目對施工圖預算增減的影響程度能否控製在政府規定的預算超概算3%、結算超預算10%範圍以內，該調整概算或追加預算的，重大變更有否報經項目原審批部門審批，在日常審計中或相關的會議上就提醒督促經管部門嚴格控製變更簽證、現場簽證，並要求事中健全簽證確認手續程序；對工程結算超預算部分，要求經管部門分析超支原因，並出具報告，由分管院長簽字認可，以督促經管部門在施工過程管理中嚴格預算控製；對不符合變更手續要求的不能列入結算。否則不予受理工程結算價款審計。
（二）實施工程價款結算“二審製”審核製度
工程價款結算包括進度款結算和竣工造價結算。結算審計實行經管部門初審、審計部門複審的審核製度，財務部門依據谘詢機構審核成果報告或內部審計報告辦理進度款支付和竣工結算支付，保證了造價結算的真實、合理和準確。
1.工程進度款支付控製審計。①工期較長的大中型工程，每期（月）完成的進度款，首先必須經工程監理和基建部門進行核實，並形成審核報告，然後送內審部門委托經招標擇定的工程造價谘詢機構（下同），進行全麵地再審核控製。②短期小型項目，合同約定需要分期支付進度款的，工程進度款先由經管部門審核後報內審部門再審核。確保進度款結算的準確性和支付過程的規範管理，避免資金支付風險。
2.工程竣工造價結算審計控製。竣工結算造價是工程的最終交易價。為搞好工程結算審計，有效控製工程造價，尤其要強調監理機構和經管部門或經管部門和項目使用科室對項目的工作內容、工作量、改造修繕項目原始派工單及現場各種簽證資料的真實性、可靠性共同進行確認，健全施工管理中的基礎性工作，保證結算送審資料的完整性和有效性。
三、單位可自行招標工程項目的全過程審計
內審部門根據本單位授權，直接事前、事中、事後參與可自行招標項目的全過程審計監督，除了參照進行上述各重點環節的審計外，內審人員還直接充當有表決權的采購小組成員。（采購小組由紀檢、審計、財務、總務、設備、信息等部門負責人構成）。這樣能較好地規範小型項目立項、招標程序、控製項目造價、發揮評審中的谘詢作用，同時有利於以後環節合同審計、竣工後結算等幾乎全過程的跟蹤審計。
總之，通過內部審計監督與服務並舉，內部審計“免疫係統”的功能和價值得以充分體現，發揮了內部審計“一審、二幫、三促進”的作用，完善醫院工程項目控製，促使內部審計的職能得以進一步提升。
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