KG 51應聲而動，立即調整方向，除將第2大隊控製在紮波羅日充作預備隊外，第1和第3大隊全數前調塔津斯卡亞機場，此地距斯大林格勒240千米。嗣後不久，KG 76第2和第3大隊亦開始全力配合第6集團軍向這座城市的進軍。這樣除LG 1第3大隊已經調回國內整補外，當時在南俄戰場的5個Ju 88大隊已全部投入斯城方向。
7月27日，KG 51的Ju 88對這座以當時的蘇聯最高統治者為名的城市實施了第一次空襲。兩天後，該部的Ju 88再襲斯大林格勒，令這個轟炸機聯隊在二戰中的出擊次數達到了15 000次。
與此同時，由恩斯特·博曼上校指揮的KG 76投入到了阻斷斯城與其後方交通運補線的阻斷戰鬥中，在8月21日的出擊中，該部的Ju 88與正在伏爾加河以東150千米處開進的兩個蘇軍步兵師相遇，結果將其隊列驅散。兩天之後，這個聯隊也開始參與對城市本身的大規模空襲，就在這一天，第6集團軍司令保盧斯上將發出了向斯大林格勒城區發起總攻的將令。
誌在必得的德軍地麵部隊於30日突破了蘇軍的城市外圍防線，9月初突入了城區，他們滿以為這是勝利的開始，卻不料是地獄的開場。這一期間，Ju 88也在享受著“一切順利”的幻象，兩個聯隊頻繁出動配合地麵作戰，投下炸彈難以計數，自身損失則是少得出乎意料。“順利”之下，連續有多人獲得騎士鐵十字勳章等各類表彰，可謂氣氛融融。
隻剩下88架
好日子很快就到了頭。對於Ju 88機組來說，他們開始麵對日益險惡的處境：拉得太長的補給線、惡劣的生活條件、連續的疲勞作業、越來越冷的天氣。在這些因素的共同作用下，KG 51第3大隊第一個“開小差”，因實力消耗太大而在10月初不得不退出一線，返回克裏米亞休整。僅僅一周之後，同聯隊的第1大隊也步其後塵，離開了伏爾加前線。為補其空缺，從蘇德戰場的北翼調來了KG 1聯隊“填空”。
仍然留在一線的KG 51第2大隊在11月初黴運當頭。11月4日深夜22點，一架蘇軍的夜間偷襲飛機悄然來犯，給這個大隊造成了重創。這種夜間飛機速度慢、載彈量小、投彈精度低，由其實施的偷襲通常隻是讓德國人睡不好覺而已，但是這一次，它投下的一枚小炸彈卻不偏不倚地命中了機場邊緣的油庫，結果巨烈的爆炸殃及“超過100架Ju 88和He 111，其中許多還是油彈齊備的”。一番清點下來，劫後的KG 52第2大隊居然隻剩下1架能用的飛機，戰鬥力等於完全報銷，隻得全員退往克裏米亞等待新機。
11月初，KG 76也告別了伏爾加前線，由於盟軍在北非登陸，這個大隊被緊急調往那裏充當“救火隊”。那個剛來不久的KG 1聯隊差不多也同時於斯城消失，重新北上而去。這樣，德軍不得不中止KG 51第1大隊的休假，令其於11月3日趕赴斯大林格勒外圍的塔欽斯卡亞機場。
當這個大隊重回斯城時，迎接他們的已經是狂風暴雪和冰封大地——俄羅斯的冬將軍又來了。該部的作戰效能受到了惡劣天氣的嚴重製約，當然，就算這個大隊的Ju 88能夠不停地出動，僅憑這一個大隊也無法對殘酷的戰局起到什麼太大影響。
蘇軍在11月22日發動兩路鉗形反擊，完成了對第6集團軍的反包圍。12月7日，KG 51第1大隊奉命轉調羅斯托夫，這倒不是逃離，而是要把塔欽斯卡亞機場騰出來給Ju 52運輸機使用，後者將要完成戈林做出的承諾：從空中補給第6集團軍。
這個Ju 88大隊在斯大林格勒戰役中的最後行動，是配合曼施坦因所部發起的救援作戰，這個毫無希望的攻勢在1942年的平安夜那天停止了努力。這意味著被圍的第6集團軍徹底完蛋，而Ju 88也被一派沮喪氣氛籠罩著，“所有事都不對勁，不再高效運轉，缺少炸彈、油料、部件，什麼都沒有。”
1943年1月31日，剛剛晉升元帥的保盧斯在斯大林格勒城內率第6集團軍投降，這時，在東線的全部Ju 88部隊加起來可用的飛機僅為88架，這個數字恰與Ju 88的型號名相同，真是命運的一種諷刺。從1942年初刻赤上空的暴風雪，到1943年初伏爾加河畔的暴風雪，東線的Ju 88走完了重創-重振-重創的尷尬循環，自此在東線戰場上將一蹶不振。