不過，盡管後方工廠加緊開動生產線，但Ju 88的裝備規模已不可能回到上一年的樣子了：入侵蘇聯之初，德國空軍3個航空軍中的轟炸機部隊編有不下500架Ju 88；而在這個初夏，動員起來的是KG 51三個大隊、KG 54第1和第2大隊、KG 76第2和第3大隊、LG 1第3大隊，可用飛機總數還不到150架。
不管怎樣，當德軍開始準備夏季攻勢時，KG 51等部紛紛摩拳擦掌，不過令德國人意外的是，打響1942年初夏進攻第一槍的卻是蘇聯人。蘇軍多支部隊於5月17日在伊祖姆地區發起突然反擊，從而展開了曆時12天的哈爾科夫戰役。
為應對突如其來的打擊，位置最靠前的KG 51聯隊三個大隊的Ju 88傾巢而出，從黎明到黃昏幾無一刻空閑，僅在戰役最高潮的兩天內就共出動了300餘架次。數日後，KG 76的兩個大隊也從中部戰線急調南下，投入對蘇軍洪流的阻擊。
最終，這5個Ju 88大隊在哈爾科夫戰役中扮演了重要角色，配合德軍地麵部隊取得了1942年的第一個大勝：擊潰敵人29個師，其中包括14個坦克或摩托化旅。更為重要的是，隨著德軍南方集團軍群的側翼威脅被徹底消除，“藍色作戰”現在可以付諸實施了。
朝“千年不落”要塞投彈
德軍發起攻勢後，Ju 88要啃的第一個硬骨頭就是位於克裏米亞半島西南角、號稱“千年不落”的要塞之城塞瓦斯托波爾。為了施以強攻，德國空軍特別集中了由裏希特霍芬將軍指揮的第8航空軍，其中就包括了5個齊裝滿員的Ju 88大隊。
圍城戰於6月2日打響，繼“東線開戰以來最猛烈的炮擊”之後，第8航空軍出動可用的所有飛機，實施日以繼夜的轟炸。對於剛剛參與完哈爾科夫戰役的幾個Ju 88大隊來說，他們在新任務中的負擔似乎還要輕一些。之前，從基地紮波羅日到哈爾科夫的飛行距離長達250千米，而現在從位於克裏米亞的新基地薩拉布茨出發，隻需飛行65千米即可抵達塞瓦斯托波爾上空。以Ju 88的續航力來換算，這意味著每架飛機每次注滿燃油後可以出動3到4架次。當然，在作戰效率提升、地勤作業強度下降的同時，機組成員一個個都成了繃緊的彈簧。
上述幾個大隊外，另一個新加入的Ju 88單位乃是LG 1第3大隊，其任務是掃蕩戰場外圍區域的高炮和野炮陣地，以及打擊港口周邊水域的敵船。6月10日，這個大隊就炸沉了1 686噸的驅逐艦“斯沃博德內”號，4 720噸的輔助運輸船“阿布哈茲”號。
或許是對這樣的成績意猶未盡，第8航空軍很快又把KG 51的第2中隊調去反艦作業，結果飛行員恩斯特·亨裏希一下子成了這個戰場上的名人。6月19日夜裏，他帶領數架Ju 88去對付一個最難對付的水麵目標，所謂的“高炮漂浮平台”。這是蘇聯海軍的防空大殺器，由數艘駁船串接而成，其上分布多達150門以上的高炮。麵對著這一令人生畏的“水上火刺蝟”，德國飛行員此前還從未攻擊得手過，不過亨裏希在這個晚上第一個俯衝而下，所投的炸彈恰好命中“漂浮平台”上的彈藥倉，結果“火刺蝟”在劇烈爆炸中很快傾覆。當時，第8航空軍軍長裏希特霍芬恰好坐著他的費瑟勒“鸛”式聯絡機飛過附近，這次攻擊給他留下了極為深刻的印象。
與海麵攻擊相似，Ju 88對塞瓦斯托波爾要塞的轟炸也收效甚多，盡管各大隊隨著彈藥供應吃緊而開始被要求“限製使用”炸彈，但機組成員們用每次出擊的準確瞄準彌補著種種不足。為求精確性，飛行員有時一天裏最多要向目標俯衝32次，這當然極大地增加了機組成員的作業強度和精神負擔，所幸他們並不要支持太長時間——“千年不落”要塞在7月1日陷落了。
目標：斯大林格勒
完成克裏米亞的戰事，Ju 88繼續向東。KG 76於7月將基地前推至沃羅涅日，配合第4裝甲集團軍展開向高加索地區的進軍，KG 51亦緊隨其後，先是打擊頓涅茨和頓河一線的目標，接著當羅斯托夫於7月23日陷落後，便進一步向高加索縱深的交通補給線實施打擊。
正是在23日這一天，希特勒發布他的第45號指令，將德軍的進攻拆分成兩路，一路繼續南下高加索油田，另一路則要指向伏爾加河畔的重鎮斯大林格勒。在後麵這一路，對於轟炸機部隊的指示是，“至關重要的是要盡早摧毀斯大林格勒城區。”