4、探索完善土地管理體製
兩個試驗區積極探索完善土地管理體製，努力形成土地管理新格局。廈門市在土地管理體製改革上形成了三個亮點：一是推行國有土地上土地使用權證和房屋所有權證“兩證合一”製度，建立了1∶500比例尺的地籍圖，已登記發證110萬件；二是在國內率先成功實施“三規合一”，將國民經濟發展規劃、土地利用總體規劃與城市建設規劃合一，實現圖形與數據疊加一致，目前已經聯網試運行；三是積極探索不動產統一登記工作，作為完善土地權利製度試點城市，目前在推進不動產統一登記工作上已經成立了領導機構、形成了工作方案並上報福建省編辦審批。
平潭試驗區2013年6月成立了用地聯席委員會和地價委員會，製定了上述兩個委員會議事規則，明確了審議事項，強化對涉地重大事項的集體決策，建立了土地管理的共同責任機製。
二、存在的問題
1、對台合作有待深入
7月15日，平潭綜合試驗區正式封關運作，成為大陸麵積最大、政策最優的特殊監管區域。國家賦予平潭的各項優惠政策全麵落地。統計數據顯示，今年前8個月平潭綜合試驗區新增台資企業114戶，比去年同期增長近1.8倍，台企新增注冊資本9000多萬美元。截至目前，該試驗區累計實有外商投資企業320戶，注冊資本超10億美元。廈門對台合作已有多年，兩岸貿易中心、兩岸區域性金融服務中心、兩岸新興產業和現代服務業合作示範區等都已經建立，2013年廈門對台進口額81億美元，連續六年保持大陸最大進口量。
按照兩個試驗區土地改革專項方案，其土地製度改革的重點是以加快轉變發展方式為主線，深化兩岸交流合作，先行先試創新土地管理製度，形成區域土地管理新格局。然而，由於試驗區改革方案批複時間短，相關配套政策缺乏等原因，目前的對台合作土地開發、兩岸民間資本進入土地融資領域以及吸收台灣專業人士參與土地資源管理等工作規模小、內容有限，尚需進一步努力。
2、破法改革麵臨困境
廈門市多年來一直尋求探索建立農村集體土地征收補償糾紛裁決新機製，但受限於上位法約束而一直無法突破。因為根據《土地管理法》，征地糾紛的裁決權在省人民政府或國務院，但實際中作中，許多集體土地征收補償糾紛都通過不同渠道轉到廈門國土房產局，該局代表市政府做出的裁決無法有依據，行政訴訟時處於尷尬局麵。
平潭試驗區的深入發展遇到的是國務院兩個規劃批複之間的衝突。2011年，國務院正式批準《平潭綜合試驗區總體發展規劃》，同意平潭實施全島開放。然而，這個新規劃與1994年國務院批準的《平潭海壇國家級風景名勝區建設規劃》產生了衝突，後者有37km2土地被限定為生態旅遊用地。
3、部分改革進展緩慢
平潭與廈門兩個綜改試驗區土地管理改革部分內容進展緩慢，主要是改革方案部分內容設置較為抽象，影響了實施效果。如平潭綜改區土地改革方案中的“放地、放權、放利創新兩岸合作的土地開發模式”，該試驗區對於如何“放地、放權、放利”理解上比較困惑，認為這部分改革內容比較抽象，同時認為相關法規、政策也不明朗，對如何實施該項改革在對政策把握與執行尺度把握上吃不準，最終影響了改革方案實施。