在長江航運總醫院HIS、LIS、PACS係統建設過程中，醫院組織專人對其它醫院實施HIS、PACS、LIS係統的情況進行參觀調研，總結其他醫院實施的經驗，對各種因素進行了全麵認真地剖析。本著立足醫院實際情況，規範醫院業務流程的過程，最終利用信息化手段管理醫院業務的目的，確定切實可行的實施策略。因此，項目總體規劃如何定位、流程如何進行再造、實施範圍如何確定、實施步驟如何執行，必須從醫院的實際情況出發，充分考慮自身的各種資源和條件，有計劃、有目的、有步驟、有重點地進行。最終確定實施的原則是“立足醫院實際，先固化、再優化”的實施策略。在項目實施期間，項目研發人員到臨床各科室多次調研，聽取他們的需求，使程序得到不斷的改善。
臨床診療係統是整個HIS係統的核心，功能模塊主要包括：醫囑管理、手麻係統等係統。使用臨床診療係統實現了醫囑處理計算機化，醫囑處理方便、快捷、準確，減輕醫護人員的手工勞動，提高了工作效率，使醫囑管理工作達到規範化、科學化。門診醫生工作站使每一位到我院就診的病人醫生可以方便的獲取患者既往的就診記錄、既往病史、用藥記錄、檢查檢驗報告、當前病情發展情況、各種檢驗檢查結果等。
HIS係統。上線運行後，簡化病人診療流程、縮短病人排隊時間、簡化藥品領取手續，節約了患者看病時間，提高了工作效率。病人隻需刷醫療卡掛號—就診—繳費—取藥或檢查—離院，簡簡單單的幾步就完成了看病流程。其中通過計算機自動實時劃價收費即使患者對醫院的醫療收費放心，避免了醫院結算時排長隊現象，減少了手工計算所帶來的錯誤率。在住院期間提供最明細的一日清單，出院時提供出院明細清單，真正實現了“以人為本”的現代醫學管理思想與計算機信息技術的結合。同時保證了醫療秩序的順暢，優化了原有的業務流程，並且該係統實現了各部門之間的數據資源高度共享，提高了醫療資源的利用率。包括掛號、收入、住院報表和藥品、床位信息均實現了電子化、無紙化信息保存和傳遞資料，不僅降低了醫院管理成本，也相應提高了醫院的經濟效益。
PACS係統的應用對醫院的醫技科室的醫療影像和診斷報告的管理以及輔助醫師對影像的診斷和大數據量的傳輸和管理起到了很大的作用，它從各種醫療設備上接受圖像數據（DICOM格式及JPG格式）並讀入PACS係統，和進一步理解並將病人信息結合進來，以無膠片的數字化形式存儲在計算機係統中，為數據的保存、交換和查找提供極大方便。醫生對病人病情可以隨時查閱。並且PACS通過多途徑的存儲規劃，為醫學影像無膠片化管理，永久無損的數字化保存，方便臨床科室調用和瀏覽醫學影像。
LIS係統上線應用之後，原來各部門由被動業務需求轉向主動業務需求，為提高工作效率進一步優化和改進LIS係統的使用，開發與LIS配套使用的報表，減少重複工作，加強了各部門之間的溝通與協調。LIS的理念和方法就是由傳統的手工操作發展而來的，其自身就是先進的管理模式和方法。醫院實施LIS係統的目的就是通過對醫院的人力、資金、材料、設備、方法、信息和時間等諸多資源實行綜合的優化管理，從而使醫院在激烈的競爭中全方位的發揮其能力，從而取得最好的經濟效益。
醫院信息係統的建設，使病人的收費透明度增強，使病人安心看病，明白消費，所消費的藥品、醫療項目一目了然；在住院期間提供最明細的一日清單，出院時提供出院明細清單；在門診、住院大廳提供觸摸查詢係統，讓病人明明白白消費，醫院的消費信用度逐步提高。信息係統的建設減少了繁瑣的重複勞動，檢驗、醫囑、影像等數據在各部門、科室之間提供了準確、實時的數據傳輸通道，避免了各項數據在中間傳輸環節上的脫節、丟失、錯亂，發生不必要的內部矛盾，節約了人力、時間，極大減少了患者往返及排隊時間，為患者提供更加便捷、優質、完善的服務，同時使醫院工作流程更加規範、科學。使醫務人員的勞動力減輕從而為患者提供了更多的醫療照顧和交流，給病人提供更快捷、更稱心、更放心的服務，這種良好的醫院形象是醫療市場競爭中十分重要的因素。