除此之外，中國大多數信用評級機構受行政幹預多，評級缺乏統一的規範，可比性差，專業人才缺乏。同時評級機構缺乏對發債主體的信用級別進行持續跟蹤評定製度，不能及時改變債券信用級別。由於設立門檻過低，導致評級機構相對過剩，形成過度競爭局麵，造成評級結果的失真。因此其獨立性、權威性、公正性難以保證，其公信力有待增強。這說明，我國銀行間短期債券市場的市場主體建設還存在很大的不完善性。
（三）市場交易工具和品種單一
首先，就交易債券的性質而言，我國銀行間債券市場的主要交易品種是國債和政策性金融債，而次級債、企業債僅占較小的比重。國債和政策性金融債的優點是發債主體資信好，債券信用等級較高，因而成為眾多投資者的首選投資品種，但正因為二者風險較小，存在收益率相對較低的缺點。由於目前我國銀行間債券市場主要集中的是低風險、低收益債券，而缺乏收益及風險都相對較高的債券品種，所以債券產品單一化現象嚴重，產品之間明顯缺乏層次，難以滿足債券市場不同層麵的交易需求。
其次，從交易債券的品種期限上考察，目前中國銀行間債券市場發行的債券中以5～10年的中長期債券所占比例居高，占總債券數量的50%左右，缺少作為提高流動性工具的1年期以內的短期國債。由於商業銀行持有債券的期限結構不合理，交易主體投資動機的趨同性使債券在銀行間債券市場上的流動性明顯較低。而相比在證券交易所交易的債券，既有中、長期債券，也有相當數量的短期國債，從而可以有效地避免交易主體投資動機的趨同性，提高了債券市場的流動性。
最後，就現有業務品種來看，銀行間債券市場債券交易的主要方式是債券回購和現券買賣，其中債券回購包括封閉式回購和買斷式回購。債券回購業務更多起到的是調劑投資者臨時性頭寸餘缺的作用：而現券買賣則更多地被投資者用來尋找價格差異以獲取收益，即利用不同交易對手所掌握的債券信息不同步和行情判斷不一致的機會，通過低買高賣獲取差價收益。隨著市場主體範圍的擴大，不同層次的機構投資者對於交易方式的需求越來越呈現出多樣性的特點，現有的交易方式已經不能滿足這種多樣化需求。從國外場外債券市場的發展趨勢來看，銀行間債券市場即要有投資工具也應有投機工具，以便不同偏好的投資者均能尋找到交易機會，然而，我國銀行間債券市場缺乏可以用來進行對衝交易的工具。投資者無法有效進行套期保值交易和投機交易，參與主體之間資金供求的趨同性，最終導致了我國銀行間短期債券市場的流動性較差問題。
（四）市場分割影響了資金配置的效率
統一的債券市場並不意味著交易方式、交易場所和托管係統的統一，交易方式和托管係統隻是技術層的問題。發達國家的債券市場也分場內市場和場外市場。統一的債券市場應當是指交易主體可以在遵守規則的前提下，根據需要自由地選擇交易場所和交易方式，資金可以自由地在不同的市場間流動。但是，目前在我國，債券市場主要分為銀行間債券市場和資本市場（證券交易所市場）相對獨立的兩個部分，它們之間相互獨立，尚未實現資金的雙向自由流動。
銀行間短期債券市場盡管集中了國債發行量的絕大部分以及全部的政策性金融債和金融機構次級債，但是銀行間債券市場交易主體的趨同性卻導致該市場流動性不足的問題極為突出。相對而言，資本市場卻呈現出另一種問題：即債券品種不足，該市場上流通的國債相比於銀行間債券市場來說數量非常有限，並且沒有金融債券，隻有一些企業債券。為緩和矛盾，銀行間債券市場推出了債券代理結算業務，初衷即是通過代理業務引進非金融機構投資者進入銀行間債券市場從事債券交易，改變交易主體趨同的問題，但是由於企業法人交易的不活躍，對於該問題的解決沒有起到太大幫助。
雖然我國現有體製下兩個市場的獨立有利於控製商業銀行資金的風險，提高銀行監管的便利性，但是卻將貨幣市場和資本市場之間的內在聯係人為地切斷了，這種設計阻礙了債券市場的流動性和資金的轉換，造成了交易的信息不對稱和供求不對稱，隨著市場的發展，反而增加了金融業的整個監管成本。