到1995年11月，中國人民銀行撤銷商業銀行組建的資金市場中介機構約50多家，保留了中國人民銀行融資中心43家，並強調所有同業拆借業務必須經過中國人民銀行融資中心辦理，糾正了同業拆借市場中介機構重複設置現象，同業拆借市場中單一的融資中心融資渠道開始形成，此舉對調劑資金餘缺、規範同業拆市場業務起了很大作用。
通過治理整頓，當時中國同業拆借市場的混亂狀況得到根本改善：一是拆借交易量迅速放大。到1995年末，通過中國人民銀行融資中心辦理的拆借交易近10000億元，比1994年增加了66%，其中上海、北京、廣州等域市拆借交易量均達到1000多億元。二是拆借市場行為大為規範，拆借資金利率、期限、流向基本符合相關規定。據統計，1994年和1995年同業拆借利率基本控製在人民銀行規定的13.18%以內；拆借活動基本通過中國人民銀行融資中心及其辦事處辦理；30天以內期限的拆借占80%，拆借資金主要用於金融機構調劑頭寸餘缺。三是是運行效率得以提高，金融機構特別是地市以下金融機構需要臨時性資金，一般在一個營業日就能解決，資金流動迅速，較好地解決了中小金融機構資金融通問題。
但是這一階段同業拆借市場在發展的同時也存在諸多的問題，突出表現為：一是市場分割性強，造成這一現象的根本原因在於中國人民銀行的製度設計缺失，始終沒有形成建立一個全國性同業拆借市場的構想，因此盡管同業拆借市場的參與主體眾多，但是卻少有跨省的資金拆借交易；二是各市場交易規則不同，不僅加大了交易成本，也降低了市場的效率。這一問題直接造成了各地區市場利率差異極大，無法形成全國統一的拆借市場利率，同時也使得監管當局對市場的監管更加困難。
三、全國統一同業拆借市場形成、發展的階段（1996年至今）
1996年1月3日，中國銀行間同業拆借中心正式開始運作，這是中國人民銀行依托上海中國外彙交易中心建立的全國統一的資金拆借市場。這個市場由中央的一級網絡和由各省、區、市的中國人民銀行融資中心牽頭組織的二級網絡構成。中央級網絡包含了全國15家商業銀行總行、全國性的金融信托投資公司以及掛靠各地區人民銀行的35家融資中心。地方級網絡的主體是經總行授權的商業銀行分支行、經營規範的信托機構、租賃公司、財務公司、保險公司組成，交易成員是通過中國人民銀行融資中心的電話或計算機網絡就地交易。兩級網絡同時運作，相互平衡，形成全國統一的同業拆借市場運行係統。中國人民銀行負責對同業拆借市場的監管、市場準入審核及同業拆借市場交易規則和管理製度的製定與監管；中國銀行間拆借中心則負責對計算機網絡聯網、運行等提供技術支持。
與改革前的同業拆借市場相比，新的同業拆借市場具有以下兩個特點：一是明確了進入同業拆借市場的金融機構的準入資格。拆借市場成員必須直接通過全國銀行間同業拆借中心提供的電子交易係統進行拆借交易。其他金融機構雖可自行交易，但仍需在中國人民銀行備案。這一規定從製度上保證了全國統一市場的形成，使中央銀行迅速的確定貨幣資金的來源及規模成為可能，為其及時實施相對應的貨幣政策提供了可行性。二是中國人民銀行嚴格限定了拆借資金的來源和用途、以及拆借的期限。規定各商業銀行拆借資金最長期限不得超過4個月，拆借額度根據存款餘額按比例確定。非銀行金融機構的拆借期限均在7天以下，拆借額度按其資本金水平進行核定。這一規定有效的防止了金融機構的過度拆借以及短期資金長期化的現象。