與此相對應的是，由於短期國債發行市場的停滯，國債的流通市場也出現了萎縮。從國債的持有結構看，個人是主要的投資者，而各類金融機構（包括中央銀行）持有的規模在其資產比重中太低，這為中央銀行公開市場操作帶來了困難。
從票據市場看，我國的票據市場是發育非常緩慢的市場。在我國，商業票據是貨幣市場最早使用而且得到法律保障的工具，中國人民銀行曾多次采取措施來推廣它的使用。但是相對於其他市場而言，它的發展仍然非常緩慢。在發展的十餘年中，其規模與全國數萬億元的商業銀行貸款累計規模相比，實在微不足道。從其占整個貨幣市場的業務量的比重來看，我國上海、武漢、廣東等是票據承兌、貼現市場業務開展較好的城市，承兌、貼現占整個市場業務量的比重，高的也不超過1%左右。1988～1995年，我國的票據承兌和貼現一度基本停滯，以後雖又恢複，也隻是在1996年一年中呈現出稍有活躍的交易狀態，1997～1998年再度呈現逐年衰減的狀態，隻是在2000年後，市場成交數量才逐漸增大，但市場存量規模仍然較為有限。
不僅如此，我國票據市場上的主要交易對象是銀行承兌彙票，商業承兌彙票的交易規模極小，還算不上是完整意義上的票據市場。
長期以來，我國票據市場的發展相對緩慢，究其原因主要有以下四個方麵：
1.短缺經濟背景下，票據化的信用受到很大限製。突出表現在信用製度遭到嚴重破壞，尤其是企業間信用關係惡化，大量債權債務不是通過商業票據等信用憑證來建立，而是建立在“三角債”的基礎上，這反過來也阻礙了信用票據化的推廣運用；對發行的商業票據，票據當事人擔心出現“金融三角債”之類的問題，拒絕將它作為金融資產或支付手段來使用。因此，我國形成的“掛賬”形式的商業信用占商業信用總額的70%，而以商業彙票形式的商業信用僅占30%的比例。
2.商業銀行的經營機製沒有真正轉變，銀行在經營中往往選擇簡便易行，但風險可能很大的信貸放款，而不願從事環節多，手續繁瑣、業務量大，又陌生的承兌、貼現業務。在利益機製、風險機製沒有切實發揮作用的情況下，銀行自然缺乏大力推行票據承兌貼現的內在動力和經營的積極性。
3.受到我國長期以來形成的貨幣供給機製的影響。當企業在發生資金短缺時，可以從銀行極為方便地取得信用貸款，也缺乏形成和產生迫使企業采用商業票據及承兌、貼現的約束條件和體製基礎。
4.在票據市場上各地區、各商業銀行對票據承兌授權及其管理方式存在差異，票據查詢製度不健全，商業票據缺乏必要的流動性和安全性，製約了票據流通轉讓和貼現、再貼現業務的進一步發展。
從其他貨幣市場的子市場發展情況來看，由於市場發展時間較短，無論是企業短期融資券市場，還是貨幣市場基金在我國都還沒有形成較大規模。大額可轉讓存單市場雖然在我國形成較早，但是在近十年的時間裏幾乎沒有什麼發展。
總的來說，目前我國貨幣市場的發展仍然是很不平衡的。同時，由於貨幣市場中各子市場發展有先有後，有快有慢，對市場資金運行狀況改變的決定程度和覆蓋麵有大有小，一定程度上影響了整個市場的相關性和聯動性。既無法充分滿足市場參與主體頭寸調劑與流動性管理的需要，也不能充分滿足中央銀行公開市場業務、再貼現政策等貨幣政策工具進行宏觀調控操作的要求。
三、貨幣市場參與主體行為方麵的缺陷
從貨幣市場功能的宏觀層麵上看，我國貨幣市場主體行為方麵的缺陷製約了貨幣政策工具功能的發揮。在現代貨幣市場中，參與的市場主體是多元化的。包括：政府、中央銀行、商業銀行、非銀行金融機構、企業、個人等。健全、有效率的市場參與主體是貨幣市場順利運行的微觀基礎，它們不僅是市場發展的動力，而且它們的行為方式對貨幣市場的發展結構和形態有著決定性影響。市場主體的缺位與不完善成為貨幣市場進一步發展的嚴重障礙，並會給中央銀行貨幣政策工具的操作帶來困難。從中國貨幣市場運行的現實看，貨幣市場主體存在著以下幾方麵缺陷：
（一）交易主體缺乏商業動機
這主要表現在缺乏能適應市場經濟要求的、具有財務硬約束的以利潤為導向的交易主體。
首先，作為貨幣市場中的參與主體，國有商業銀行仍處於商業化改革的進程中，以利潤為導向的經營動機尚未占據主導地位，這就弱化了在我國社會資金流動中占據主導地位的國有商業銀行積極利用貨幣市場進行短期性的資金交易、以提高自身經營效益和資金運用效率的動力，影響了貨幣市場的發展。其次，對於另外一個重要的市場主體——企業來說，由於產權錯位、融資結構等方麵的原因，我國的企業作為短期流動性工具的供給者與需求者並未發揮其應有的作用。
例如，中央銀行三大政策工具之一的存款準備金政策發揮作用的微觀基礎之一，是企業在硬約束條件下以利潤為經營的導向。這一點，在西方市場經濟條件下是一個當然的前提條件。而我國經濟運行的現實卻是為數不少的國有企業在預算軟約束之下以很低的效率運用銀行資金，形成企業對銀行資金的過分依賴和中央銀行基礎貨幣投放中的所謂“倒逼機製”。於是，一些實際運營中準備金減少的存款機構（特別是對國有企業提供信貸支持的國有銀行）就無需收縮其貸款，而準備金增加的存款機構卻可能倍數地擴張貸款，從而可能導致社會貨幣供應量的非正常性增加，使存款準備金工具的政策效用發揮大打折扣。
這些年來，我國經濟體製改革的重點就放在了國有企業理順產權關係上，然而從效果來看並不十分理想。自主經營、自負盈虧是構建企業市場主體地位的首要條件。企業隻有真正擁有籌集和運用資金的自主權，才能根據經營資金的剩餘與短缺的實際，自主決定進出貨幣市場的時間和期限長短，以達到融資和提高資金效率的目的。隻有對企業以硬的風險約束機製，能對發生的風險自擔責任，無論它是參與票據市場還是其他市場都能以理性的“經濟人”身份參與融資活動，才能有利於貨幣市場體係運行的安全與高效率。