1.財務報表本身的局限性
財務報表是會計的產物，會計有特定的假設前提，並要執行統一的規範。我們隻能在規定意義上使用報表數據，不能認為報表揭示了企業的全部實際情況。
財務報表的局限性表現在：
（1）以曆史成本報告資產，不代表其現行成本或變現價值。
（2）假設幣值不變，不按通貨膨脹率或物價水平調整。
（3）穩健原則要求預計損失而不預計收益，有可能誇大費用，少計收益和資產。
（4）按年度分期報告，隻報告了短期信息，不能提供反映長期潛在的信息。
2.財務報表的真實性問題
應當說，隻有根據真實的財務報表，才有可能得出正確的分析結論。財務分析通常假定報表是真實的。報表的真實性問題，要靠審計來解決。
財務分析不能解決報表的真實性問題，但是財務分析人員通常要注意以下與此有關的問題：
（1）要注意財務報告是否規範。
不規範的報告，其真實性也應受到懷疑。
（2）要注意財務報告是否有遺漏。
遺漏是違背充分披露原則的。遺漏很可能是在不想講真話、也不能說假話的情況下形成的。
（3）要注意分析數據的反常現象。
如無合理的反常原因，則要考慮數據的真實性和一貫性是否有問題。
（4）要注意審計報告的意見及注冊會計師的信譽。
3.企業會計政策的不同選擇影響可比性
對同一會計事項的賬務處理，會計準則允許使用幾種不同的規則和程序，企業可以自行選擇。例如，存貨計價方法、折舊方法、所得稅費用的確認方法、對外投資收益的確認方法等。
雖然財務報表附注對會計政策的選擇有一定的表述，但報表使用人未必能完成可比性的調整工作。
4.比較基礎問題
在比較分析時，必須要選擇比較的基礎，作為評價本企業當期實際數據的參照標準，包括本企業曆史數據、同業數據和計劃預算數據。
橫向比較時使用同業標準。同業的平均數，隻起一般性的指導作用，不一定有代表性，不是合理性的標誌。通常，不如選一組有代表性的企業求其平均數，作為同業標準，可能比整個行業的平均數更好。近年來，更重視以競爭對手的數據作為分析基礎。有的企業實行多種經營，沒有明確的行業歸屬，同業對比就更困難。
趨勢分析以本企業曆史數據作比較基礎。曆史數據代表過去，並不代表合理性。經營的環境是變化的，今年比去年利潤提高了，不一定說明已經達到應該達到的水平，甚至不一定說明管理有了改進。
實際與計劃的差異分析，以計劃預算做比較基礎。實際和預算的差異，有時是預算不合理造成的，而不是執行中有了什麼問題。
總之，對比較基礎本身要準確理解，並且要在限定意義上使用分析結論，避免簡單化和絕對化。