荷蘭殖民者對華僑的政策，不僅是出於勞動力的需要，而且也出於掠奪財富的需要。
但是，當移居印度尼西亞的華僑人口的增長以及華僑在印度尼西亞經濟活動的發展危及荷蘭殖民者的貿易壟斷地位和利益時，荷蘭殖民當局對華僑的政策就轉化為限製、排擠和打擊。1606年，荷蘭當局宣布：“除荷蘭東印度公司外，禁止其他(商旅)私自與印度尼西亞東部貿易。”之後，又陸續頒布禁令，禁止中國商船到除巴達維亞外的印尼各島嶼及港口貿易。從1620年12月開始，荷蘭殖民當局對印度尼西亞的華僑，尤其是華僑蔗農實施各種項目繁多的橫征暴斂，並強迫華商將運來的商品和收購到的土特產按照他們規定的低賤價格賣給東印度公司。1619年，荷蘭殖民當局在印度尼西亞實行華僑甲必丹製度，加強對華僑的控製和管理，華僑必須在自己頭領的管理下集體居住在指定的地方，以便“分而治之”。之後，荷蘭當局還實行通行證製度和居留區製度，對華僑人口的遷移、流動、居住進行限製。1690年，印尼荷蘭殖民當局頒布公告，規定船隻運載華人新客入境的限額，超過限額者則要被罰款、服苦役和遣返。
進入十八世紀二十年代，在印度尼西亞因失業陷入貧困的華僑日益增多，荷蘭當局害怕這些無業的華人會危害他們的殖民統治，即將其拘捕流放到錫蘭、班達、好望角等殖民地充當種植園的苦力。這些無辜的華人往往在途中就被殺害或拋棄海中。一些不願坐以待斃的華僑紛紛逃往城外，聚集在一起，組成一支近五千人的抗荷隊伍，以圖自救。1740年10月9日，荷蘭殖民者借口華僑要進攻巴達維亞，下令荷軍在巴城內挨門逐戶拘捕華僑，不論男女老幼，捉到便殺，一時“悲號之聲，耳不忍聞”。在殖民者的縱恿、懸賞下，荷蘭雇傭兵和當地歹徒放火焚毀了華人街，並對城內華僑進行瘋狂的大洗劫。據史料記載，從10月9日至12日，城內華僑被屠殺者近萬人，連關在監獄和臥病住在醫院的華僑亦慘遭屠刀。被焚毀和劫掠的華僑房屋六七百家，財產損失無法估計。由於這場針對華僑的慘絕人寰的大屠殺發生在巴城內紅溪河畔華人區，因此被後代史家稱為“紅溪慘案”。
紅溪慘案震驚了印度尼西亞、中國和歐洲。荷蘭本國和巴達維亞殖民當局都害怕清政府會因此采取報複措施，曾派出專使乘專船攜帶“說帖”前往北京活動。此時中國正當所謂的“乾隆盛世”，但清朝統治者竟認為“被害漢人，久居番地，屢邀寬宥之恩而自棄王化，按之國法，皆幹嚴譴。今被其戕殺多人，事屬可傷，實則孽由自作。”(《清朝文獻通考》卷二九七)並沒有對荷方使者嚴詞譴責，也沒有向殺人凶手興師問罪，更沒有采取任何措施對華僑進行保護，致使這場針對中國僑民的血腥大屠殺最後不了了之。
紅溪慘案發生後，巴達維亞城內的華人幾被屠殺殆盡，該城的經濟也因此承受到沉重的惡果。糧食不足，砂糖奇缺，商業蕭條，稅收銳減，物價上漲，日用工業品和鐵匠、木匠、泥水匠、裁縫等手工藝人均告缺乏，不但嚴重地影響巴達維亞市民的生活，也使荷蘭東印度公司蒙受很大的損失。荷蘭政府出於殖民統治利益的需要及對華人的依賴，排華反華的政策不得不暫時有所緩和收斂，但其對華僑歧視、限製、排擠、壓迫、打擊、掠奪的態度並沒有實質性的改變。十九世紀初，巴達維亞議會給荷蘭政府的一份報告中說：“雖然中國人作為最勤勞的移民應該是最有用的，但是，恰恰相反，他們已經成為非常危險的人。”
因此，一方麵，荷蘭殖民政府不斷通過各種途徑引誘、拐騙甚至擄掠大量的契約華工到印度尼西亞的種植園和礦場充當苦力，利用華人對殖民地進行原始開發，榨取他們的勞動。另一方麵，卻依然在政治、經濟、文化、法律、教育等諸方麵對華人實行限製、排擠和打擊。在種植園和礦場工作的契約華工被強製從事繁重的體力勞動，還被剝奪了政治權利，不得組織工會，不許集會結社。
對於經商的華僑，課以各種苛捐雜稅。“各種稅率之中，中國人要特別加重。如西人一張書台每年隻課三元的家私稅，中國人非倍至六元不可”；而且“華人開設商店，經營業務，不必有違犯法律之證據，駐在官得任意命令拆毀或停止之。”華僑的居住通行及僑商的經濟活動則受到嚴格的限製：“華人居留地以十裏為範圍，不得出其圈限外，或與荷人及土人同居處……華人欲之何處，必須請給旅券，至其目的地，限二十四小時內報告地正，否則有罪。”“華人來往本島貿易，必領路票，使費之外，仍繳印花銀若幹；到一處又須掛號，再繳銀若幹。如一日到三五處，則繳銀亦須三五次。掛漏查出則重罰。”(《清史稿?邦交誌七》)
1884年，荷印政府頒布法令，規定華僑“隻能以二盤商或三盤商的身份”從事貿易活動，將華商限製為當地歐洲大商人與印尼人之間的中介商。禁止華僑擁有土地，迫使許多原來務農的貧苦華僑棄農轉商，從事小商販或家庭手工業等個體勞動。荷印當局還規定華僑不能到荷蘭人的遊泳池遊泳，不能進荷蘭人的娛樂場所，甚至不能穿西裝。在法庭上，受審的華僑隻能蹲著，不準坐下或站立，而且沒有上訴的權利。荷蘭人辦的學校，隻是在有餘額的情況下才允許華僑子女入學，而且還必須通曉荷語，交納昂貴的學費，個別能到荷蘭人的學校就讀的華僑子女，也備受欺負侮辱。為了限製華僑自己創辦的華僑教育事業發展，荷印殖民政府在1932年製定公布了《取締私立學校條例》，對華僑學校的創辦、管理、經費、教學內容、教員資格、居留等等都規定了嚴厲苛刻的條件。
1935年5月，印度尼西亞華文報刊披露，遭荷印政府明令禁止的華文書籍達十二類六百餘種之多。荷印殖民當局所有這些帶歧視性和侮辱性的排華反華措施，使移居印度尼西亞的華人華僑深受排擠和迫害，從而也大大激發了他們民族意識的覺醒。但是，印度尼西亞各華埠的華僑社會在外力的擠壓下走向團結共濟的同時，也陷入了自我封閉的圈子，自我孤立於當地社會之外，與當地民族形成了隔閡。從而被殖民主義者蓄意利用，造成當地人對華僑的許多根深蒂固的誤解與偏見，擴大了二者之間政治、經濟、思想的矛盾，阻止了華人與當地民族的認同，進而為日後印度尼西亞民族主義的排華反華浪潮的興起埋下了禍根。