印度尼西亞的華人有著相當悠久的曆史。據古籍文獻的記載以及出土文物的考察，華人移居印尼的時間至少可以追溯到唐朝末年，也就是說，遠在一千一百多年以前，華人就已經在印度尼西亞居住生活了。移居印尼的華人分布在一千多個大大小小的島嶼上，出售從中國運來的絲綢、布匹、瓷器、茶葉等貨物，收購當地出產的香料、藥材、珠寶等土特產，並將中國先進的種植、養蠶、釀酒、製糖、製絹、冶煉、鑄造等生產技術和古老的文化傳到了印尼，為印度尼西亞生產力的原始開拓、發展和經濟的繁榮立下了不可磨滅的功勳。在漫長的一千多年的歲月裏，華人在印度尼西亞與當地各民族同甘共苦、和睦相處、息息相關、生死與共，從移民走向定居，逐漸融入當地社會。
印度尼西亞是世界上華僑華人聚居最多的國度之一，目前居住在該國的華僑華人總數約為1000多萬，占印尼人口總數的5%左右。其中，95%以上已於二十世紀六十年代加入了印尼國籍，成為印尼民族大家庭中的一員。
華人在印尼國民經濟中所起的作用以及華人在國民社會中應有的地位，是有史可鑒，有目共睹，並得到全世界人民包括印尼人民的公認和肯定。但是，印尼卻是世界曆史上和現實生活中排華問題最為嚴重的國度之一。
據文獻記載和後來諸多學者研究，以1740年荷蘭殖民當局製造“紅溪慘案”為肇始，此後印尼曾發生過許多起大規模的排斥、屠殺、迫害華僑華人的慘劇。如1945年11月的泗水慘案、1946年3月的萬隆慘案、6月的文登慘案、8月山口洋慘案、9月的巴眼亞底慘案、1947年1月巨港慘案等。二十世紀六十年代後，印尼仍經常發生許多較大規模的反華、排華動亂，如1963年3月至5月從西爪哇蔓延到中、東爪哇的排華騷亂、1965年至1967年全印尼性的排華浪潮、1974年由反日運動引起的排華騷亂、1978年雅加達由學生示威引發的反華騷亂、1980年11月中爪哇的排華暴動等。在二十世紀八十年代，各種大小程度不同的反華、排華流血事件此起彼伏，幾乎每年都在印尼各地上演。1998年5月，本是一場反對當時印尼總統蘇哈托的政治運動也演變成為一場震駭世人的排華暴亂。據不完全統計，暴亂期間，僅印尼首都雅加達就有5000多家華人工廠店鋪、房屋住宅被燒毀，約170名華人婦女被強暴，近1200名華人被屠殺。同時發生在梭羅、巨港、楠榜、泗水、棉蘭等地的類似暴亂所造成的華人生命財產損失更是無法估量。1999年，棉蘭華人的數十艘漁船和數十輛卡車被焚毀，5000多噸貨物被搶劫；萬隆的一家華人紡織廠被焚燒。2000年5月騷亂二周年之際，數以千計的暴徒集結雅加達，對華人商店進行了攻擊和搶劫。印度尼西亞華人的命運引起了全世界人民的同情與關注。
華人對印尼的貢獻殊多，但又何以屢遭迫害？究其原因，知名華僑史研究學者梅顯仁認為，其始作俑者應追溯到殖民主義者那裏。他在《印尼排華問題探析》一文中曾中肯地分析道：
移居印度尼西亞的華僑華人是和平移民。他們或出於通商貿易、或出於躲避災荒戰亂、或出於被拐騙劫掠、或出於追求新生活而離鄉背井來到這裏，與當地各族人民共同披荊斬棘，流汗灑血，進行開發和建設。可以說，移居印尼的華僑華人與原住民之間是一種同勞動，共患難，互通有無，友好合作的關係，相互之間並沒有根本上的利害衝突。正如印尼前總理阿裏·沙斯特羅阿米佐所指出的，“許多中國商人、工人、手工業者”“不僅帶來了貨物”，還“帶來了中國的技術和古老的文化”(《人民日報》1955年6月3日)。因而，在印度尼西亞島嶼城鄉間，受到當地人民的普遍歡迎並享有相應的威望。
十七世紀初，荷蘭殖民者入侵印度尼西亞時，也曾清醒地意識到華人在印度尼西亞無數島嶼的開發與建設中的地位和作用。時任荷蘭駐巴達維亞首任總督的彼德遜·昆曾在其給上司的信中寫道：華人是“辛勤勞動，沒有武裝，不用害怕的人”，“這個‘新興共和國’裏無論什麼民族都可以容納，但華僑人口必須永遠占絕對多數，這個國家才能生存。”為此，他曾對萬丹實施封鎖，迫使在當地從事商業、手工業和農業勞動的兩千多名華僑遷至巴城。他在1623年離職時勸戒其繼任者：“利用此時印度洋的季節風，派遣艦隊到中國沿海去，盡可能把男女幼童擄掠回來。這是最要緊的事。”為此，荷蘭殖民者曾以武力侵占我國的領土澎湖列島和台灣，進而到廈門、海澄等沿海地區大肆擄掠中國人，輾轉運到巴達維亞當作奴隸出售。同時，荷蘭殖民者不惜派船艦封鎖馬尼拉、澳門以及中國東南沿海港口，誘使甚至劫持中國商船前往巴達維亞貿易。殖民當局訓令其官員“優厚接待”“經商的華僑，並大量發給華僑自由入境證，歡迎他們來巴城。”凡來自中國的商船，隻要每艘交納550裏亞爾後，“不論其隻數多寡，船舶大小，貨載貴賤”，一律不加“盤查幹擾”。
中國商船除帶來絲綢、紡織品、茶葉、瓷器、鐵器等印度尼西亞人民生活必需品外，還帶來許多因生活窘迫而不得不移居印尼謀生的華人“新客”。據外國史籍記載，至1739年，居住在巴達維亞城內外的華人人口已達14962人。當時整個印度尼西亞包括巴達維亞在內仍是野獸橫行的荒涼未墾的處女地，“華僑擔任的工作是釀酒、割草、伐樹、挑水、燒窯、製磚、打鐵、製造木具、種植蔬菜和培植牡蠣等”。“來到這裏的中國人，大多數是做生意的人，然而他們的手工藝比任何一位(東)印度人都更高明；他們大部分從事於打魚和耕作，尤其是種稻、種蔗和種玉米；有些人雖然仍以打魚為業，但主要還在於做買賣。”
也就是說，華僑活動的經濟領域囊括了農業、漁業、農產品加工業、手工業以及商業等開發建設的各個方麵。故而有人讚道：“巴城如果沒有華僑，幾乎不能存在。”(弗列格：《東印度群島史》)