中亞東幹族是一個新興的民族，僅有130年的曆史，其主體民族是19世紀自中國遷入的回民，主要由兩部分構成。一部分是清同治年間回族人民大起義失敗後，進入當時俄國七河地區的起義殘部，時間是1878年，當時人數3000多人。其中也有少數漢人，例如李科庫等。另一部分是1882至1884年間俄國政府將伊犁地區歸還清國後而陸續遷入俄國境內的，兩部分移民共萬餘人，是新興中亞東幹族的源頭。期間也有一些甘肅籍回民，因逃避清廷迫害而陸續遷往。在東幹族百餘年的發展過程中，也融入了部分當地民族，如吉爾吉斯人、哈薩克人、俄羅斯人的成分，但僅占極少一部分。
清末太平天國運動時期，我國西北陝西、甘肅、寧夏等地爆發了轟轟烈烈的大規模回族農民起義。他們一開始趁清軍忙於對付太平天國的機會在陝西中部立足，迅速彌漫到整個陝西，於1862年6月底圍攻西安。直到1863年秋天，多隆阿進軍陝西，情況才得以改變。從1864年開始就被清軍逼迫退守陝甘邊區。但1864年4月1日，多隆阿攻占周至，進城時遭流彈擊中，傷重不治。陝西回軍遂趁勢在甘肅東部成立了“十八大營”，反擊陝西。
太平天國被消滅後，左宗棠率領湘軍開始對陝西、山西一帶用兵。左宗棠首先進攻撚軍，在撚軍被擊破後，再進攻位於陝西的回軍。白彥虎等在左宗棠的步步緊逼之下，1866年，退守甘肅。
1871年，左宗棠進逼甘肅，回軍領袖馬占鼇投降，被左宗棠編入清軍。回民的反清起義至此已是尾聲。為逃避可能的屠殺，1872年，以白彥虎等為首的部分回軍，被迫退出青海。1873年，再退到新疆，最後分三路逃亡俄羅斯。
逃亡俄羅斯的即形成日後東幹族的主體。
第一路人馬由甘肅籍首領尤素甫?哈孜列特率領，他們冒著大雪越過了別捷爾和吉沙蘇山口，於1877年11月，到達今吉爾吉斯斯坦卡拉科爾市，當時人數是1116人。後來他們建成了伊塞克湖州伊爾德克東幹鄉。
第二路人馬是由回民首領白彥虎（1840~1882年）所率領的陝西回民義軍，人數最多。他們於1877年12月初，翻越雪山，避居於俄國（今吉爾吉斯斯坦）托克馬克一帶，幸存者僅有3314人。後來他們遷移到楚河對岸並定居下來，形成哈薩克斯坦江布爾州馬三旗東幹鄉（當時該鄉被稱為“營盤”）。1882白彥虎病故，埋葬於此，就是今天的營盤村。
第三路人馬是由馬大人率領的甘肅籍軍。他們越過伊爾克什坦山口，於1877年12月下旬，進入費爾幹納盆地，又繼續進發，直到1878年1月到達奧什，其時人數是1779人。這批人的後代現在主要生活在吉爾吉斯斯坦卡拉蘇州克孜勒—沙爾克鄉及哈薩克斯坦的賈爾帕克—秋別（即東幹諾夫卡）鄉。
這三路人馬在西遷過程中，由於時值嚴冬，不得不翻越陡峭嚴寒的雪山，承受著常人難以想象的饑寒困苦，大約有一半人死於西遷途中。當時的俄政府歡迎這支來自中國的隊伍。因為他們知道中國人有吃苦耐勞的精神，擁有良好的農耕技術，又是現成的勞動力，可以平衡當地以牧業為主的經濟結構。為了充分發揮這支流亡隊伍的作用，俄政府對他們采取了寬鬆的民族政策和管理措施，除免除他們10年賦稅和兵役外，還許諾給他們7萬畝耕地，讓他們自己挑選居住地。
東幹人第二次遷居中亞，是在1881年中俄《伊犁條約》簽訂後，俄國被迫歸還伊犁，一部分新疆回民和維吾爾人遷到俄國。據文件記載，約有5000名伊犁籍回民撤到哈薩克斯坦和吉爾吉斯斯坦定居下來。與先前已經居住在那裏的回族白彥虎部融合在一起，形成了今天東幹族的雛形。經過百多年融合，這批回民的後代已成為多個中亞國家的民族一員，但仍保留黑眼睛、黑發、黃皮膚等東方人麵貌。