軍械方麵，軍校最初請求發給毛瑟槍300支，但兵工廠在軍閥嚴密控製之下，隻發給30支舊槍，用作站崗放哨還不夠，更談不上出操作戰。直到1924年5月，第一期學生才實現每人一槍。商團事件中黃埔軍校扣留了進口槍械，成立了教導團，國民黨政權真正意義上自己的軍隊才得以萌芽。
為了維持軍校的運行，黨代表廖仲愷、校長蔣介石經常到掌管財政的軍閥煙榻上去要錢，這種滋味顯然不好受。蔣介石為了經費問題先後兩度提出辭職。一次他去找範石生，還不等把話說完，對方就衝著蔣介石發了一通火：“就憑你們那麼幾個人能幹什麼？當心哪天我派一批弟兄去把你們連鍋端了！”說完就自顧自地進屋抽大煙去了，弄得蔣進退不得，十分尷尬。
後來還是廖仲愷出麵才弄到了這筆錢，廖仲愷的經驗是：“那些軍閥老爺們要過大煙癮的時候千萬不要去招惹他們，那時候去要錢，不光要不到，還準得挨一頓罵。要在他們過足了煙癮，心情很好的時候才去開口，這才有可能把事情辦成。”
商團事件剛結束的1924年10月，北方局勢突然發生重大變化：馮玉祥等發動北京政變，迫使總統曹錕下野，馮玉祥與張作霖、段祺瑞等電請孫中山即赴北京，共商國是。
身材高大的馮玉祥出身行伍，靠自己的滾爬摔打和智謀，從一名底層士兵成長為一方豪強。從履曆上來說，馮玉祥與直係淵源很深，但又常自行其是，不是直係核心成員。1920年直皖戰爭後，馮玉祥成為河南督軍，而駐紮在洛陽的直魯豫巡閱使吳佩孚以太上督軍自居，不時索要款項。馮玉祥剛上任，吳就派人來索要80萬元，並要求以後每月撥款20萬。馮督軍甚以為苦，想找個機會移駐北京南苑。
在北京官場，辦事送禮已經成為風氣，與此格格不入的馮玉祥屢屢碰釘子，對直係政府的感情也日益惡化。一次他去見曹錕的親信李彥青，說軍隊在喝小米粥過日子，請求發給軍餉5萬元。這位搓澡工出身的李三爺擺足了架子就不答應，卻當場叫進來個古董販子，花20多萬買了個花瓶，給馮玉祥的羞辱可想而知。
1924年9月，第二次直奉戰爭爆發，馮玉祥奉命出兵塞外，指定撥給他的軍械卻總領不到手。有人告訴他非送大禮不行，他不得不忍痛湊了10萬元現款送入總統府，才領到全部軍械。此時秋盡冬來，塞外天氣已是嚴寒，馮軍的開拔費又被克扣，全軍無食無衣上前線，無異去送死。馮玉祥暗中和奉係張作霖聯係，表示願意倒戈相向，但需要經費200萬元。
起初，張作霖認為款額數字過大，而效果難以預料。萬一給了錢而馮不倒戈，這錢豈不白花了？因此猶豫再三。但奉軍在前線八次猛攻均未奏效，損失慘重，戰事就此膠著下去對奉軍不利，決定孤注一擲。馮玉祥得到此款後回師入京，囚禁總統曹錕，通電討伐吳佩孚。直軍陣腳大亂，一敗塗地，吳佩孚轉道逃往湖北。
孫中山對局勢歡欣鼓舞，這是打多少仗都等不來的形勢，決定立即北上謀求國家和平統一。不幸的是，由於諸多原因，北方政府首腦段祺瑞沒有和孫中山就憲政、議會和涉外條約等重要問題達成協議，而孫中山卻因勞累過度，於1925年3月病逝北京。段祺瑞也於一年後的“三一八慘案”後黯然下野，北方政局已呈真空狀態。