1920年，廣州軍政府發生了桂係和滇係間的鬥爭，孫中山第二次南下廣東護法。此時皖係打算借用陳炯明的駐閩粵軍驅逐廣東的桂係，於是與孫中山密談，以接濟50萬元軍費、600萬發子彈為條件助粵軍出兵。陳炯明打垮桂係平定兩廣，在廣州重建軍政府。1921年4月，孫中山在廣州就任中華民國非常大總統，任命陳炯明為陸軍總長、內務部長、粵軍總司令、廣東省省長，護法運動形勢大好。
可惜好景不長，孫陳迅速決裂。孫中山的理想是建立一個正式的中央政府，領導全國革命，為此就必須出兵北伐。而陳炯明認為，孫中山的理想多於實際，廣東省庫空虛，每年的稅收是1600萬元，支出是3200萬元，赤字竟達一倍，無錢繼續打仗。既然南北政府都無力統一全國，與其連年征戰，不如各省先自治，把自己的事情辦好了再實行聯省自治，如此便可以不通過武力而實現全國統一。
孫中山要求陳炯明撥付北伐軍費400萬元，陳隻允付200萬元，而且還要等到北伐軍出發後再交。合作多年的兩人的矛盾開始激化。
1922年4月，孫中山下令免去陳炯明粵軍總司令、內務部長和廣東省省長的職務，並決定自己不隨軍北伐，轉回廣州坐鎮。6月中旬，陳炯明在白雲山一帶宣布戒嚴，形勢驟然惡化。16日淩晨，叛軍包圍總統府，孫中山出走。1922年8月，孫中山轉赴上海，第二次護法運動宣告失敗。
與孫中山南下護法的同時，北京段祺瑞政府因日本人的支持，大舉借款擴充實力，圖謀武力統一中國。孫中山兩次護法失敗，痛定思痛，認為革命沒有錢難以成功，因此做出了聯俄的政治選擇。1923年，在蘇俄的資助下，孫中山第三次回廣東設立大元帥府，聯絡滇桂軍閥打敗陳炯明，奪回了對廣州及周邊的控製。
這時的廣州變成了滇桂軍的天下，滇桂軍以新的統治者自居，廣州人為之側目。各路軍隊把政府機關和公共場所占為營房，又借口沒有軍餉，截收了大部分地方稅收。軍隊以“護商”的名義到處敲詐商人，在水、陸兩路設立各種名目的“護商機關”，向商旅征收保護費或是直接搶劫。
回師廣州八個月的時間裏，政府收入不超過330萬元，而包括軍費在內的各項支出卻花去將近1100萬元。為了解決軍隊截留稅收的問題，孫中山反複召集財政會議，下達財政統一令。然而，各軍將領對孫中山采取陽奉陰違的態度。1923年底，孫中山剛下令所有軍隊移駐廣州市郊外，不得占住民居，大批軍隊就以籌款名義湧入廣州，民居多被占據，滋生不少糾紛。
尤其惡劣的是，各路軍隊每調動一次、每打一仗，必然要求發餉發獎金。為了換得這些軍隊執行命令，孫中山隻能依靠金錢來穩定軍心，士兵每衝鋒一次發20元。1923年9月，滇軍獲得小勝，要孫中山發30萬元才肯繼續前進。11月滇桂軍打了敗仗，幾天即用掉48萬元。即使這樣仍無法滿足軍閥的胃口。對此，孫中山說：一般軍人不是為主義而戰爭，而是為個人升官發財而戰爭。