孫中山的計劃除了演講與規劃轟轟烈烈外，實際進展並不大。以中國當時的國情，正當民窮財盡，百廢待興，不但缺乏人才，也缺乏資金和管理水平。孫中山把建設鐵路的一切希望都寄托在外人的援助上，計劃籌借60億元外債實現興建20萬裏鐵路的計劃。這個數字太大，使外國人充滿疑慮而不敢投資，國內輿論也紛紛反對，擔心會招致瓜分之禍。
當上總統後的袁世凱處心積慮地拉攏和結交國民黨方麵的人物。他把雲南都督蔡鍔招至北京委以重任，月薪5000元大洋，而蔡鍔在雲南的月收入隻有160元。袁世凱還招待他住在總統府中，讓長子袁克定與之結拜。對副總統黎元洪，袁世凱表現出一副親密無間的姿態，與黎結秦晉之好，月支3萬元。黎元洪每日除散步、讀書、寫字外，無公可辦，成了名副其實的寓公。
孫中山、黃興淡出政壇一線之後，國民黨的新領袖宋教仁引起袁世凱的高度重視。袁世凱送給他交通銀行50萬元支票一本。宋教仁隻用了少許便托人將支票送還，並致信袁世凱：長輩所賜不敢拒絕，但自己確實用不了什麼錢，所以用了必需的之後把剩下的歸還。衣衫破舊的宋教仁麵對重金表現出了一位政治家應有的節操，也使得袁世凱覺察到了危險：不能被收買的人是最可怕的。
1913年2月，孫中山作為“籌劃全國鐵路全權督辦”赴日訪問考察。就在此時，宋教仁在上海被刺。為了共和事業，孫中山重新投身於政治革命，他的20萬裏鐵路建設之夢想自此擱淺。中國鐵路總公司此時已耗費一百幾十萬元，而鐵路建設尚未開始。
宋教仁被刺和善後大借款使革命黨人大為震動，孫中山十分憤怒，力主武力討伐。但國民黨內部意見紛紜，爭論不休。袁世凱隨即罷免了李烈鈞等南方三督，並揮大軍進攻江西等地。雙方力量懸殊，曾經擁有幾十萬黨員的國民黨瓦解殆盡，很快一敗塗地。
二次革命的失敗有著深刻的社會經濟原因，中國當時尚不具備實行宋教仁所追求的議會民主製度的客觀條件。辛亥革命中農村變動不大，廣大農民根本不理解和接受議會、政黨、內閣之類的東西，他們隻渴望過太平日子。“宋案”刺激了城市人民，使中小資產階級與知識界中的一部分人對袁世凱感到失望，但也僅此而已。袁世凱裝作“救世主”的樣子，宣揚“國家不堪再亂”，要“統一”才能太平等調子，對厭戰厭亂的人民有很大的欺騙性，袁世凱稍加用兵即獲勝利。
這樣，革命黨人就十分孤立，沒有哪個階級或社會集團幫助他們。共和製度的合法性得到社會各界的廣泛承認，但革命政權卻沒有得到好評，缺乏基礎的革命黨人沒有把政府的權威和勢力滲透到社會基層。當革命黨人和袁世凱麵臨決戰時，他們發現，可以依靠的隻有他們自己。
衝突爆發以後，在前年的革命中拋頭露麵的商人們此時卻表現得小心翼翼，渴望兩不得罪，結果就要兩頭出錢。南京的商人們被迫給反袁軍大量的金錢，而張勳和他的辮子軍入城以後又下令大掠三日以為獎賞，南京城遂遭浩劫。廣州社會在二次革命中除國民黨人外，全體商界均反對獨立，無一人參加反袁。