袁世凱在直隸總督兼北洋大臣任內大刀闊斧地進行多方麵的改革，直隸的改革成為了清末新政的樣板，軍警的訓練編製、司法的改良、教育的普及、實業的提倡，都被中央及各省爭相效法。袁世凱下令，直隸的州縣官員在赴任之前都要前往日本學習三個月。1905年，袁世凱奏請立憲，請停科舉，代之以推廣新式學堂，延續了1300年的科舉考試製度在他的推動下正式結束。
袁世凱不斷擴軍，軍餉就有了問題。他奏請慈禧批準，向全國各省攤派練兵費，每年達白銀900餘萬兩。所募兵丁須有確定籍貫並代扣贍家餉銀，以保證軍隊穩定。袁世凱很快建起7萬之眾的北洋六鎮新軍，武器先進，訓練正規，是當時中國最強大的一支武裝力量，並形成了以自己為中心的北洋派係。
滿清貴族一直對漢人掌管兵權放心不下。有人傳說，北洋天津督署是中國第二政府，謠言四起，說袁世凱不可靠。終於攝政王載灃以宣統皇帝的名義，下詔令其“回籍養屙”。
袁世凱一走，軍隊交給督辦大臣鳳山節製。鳳山一味任用滿人，並開列價目公開盜賣官階：旅長3000兩，團長2000兩，營長1000兩，連長300兩。原有的一切規章被亂加篡改，習用的舉手禮又改成了彎腰請安，軍隊中烏煙瘴氣。這種舉措固然是意在維持搖搖欲墜的清政權，實際上適得其反，官兵上下怨言四出，恰恰促進了清王朝的倒台。
袁世凱籠絡人的手法一向高明，能把很多豪傑玩於股掌之上。當年他卸任山東巡撫時把盈餘200萬兩銀子移贈繼任楊士驤，楊一下成了巨富，從此對他忠心耿耿。在受到清王朝猜忌，被迫回河南老家“養病”時，很多人不遠千裏來看他，他必然盛情款待，臨走還要送一筆厚禮，以維係他的影響力。
辛亥革命爆發後，袁世凱東山再起，此時，清廷控製範圍隻有北方八省，而共和政權控製的則有十四省。袁世凱看到各省紛紛起義，便決心以革命黨的力量壓清廷退位，同時亦以讓清廷覆沒的條件誘惑革命黨，來為自己謀求最高權力。他一手向南方革命黨大搖和平橄欖枝，另一隻手卻加緊鎮壓北方革命黨，以鞏固自己的地盤。
袁世凱的城府與心計是：拔樹的辦法就是左右搖撼不已，才能把樹根的泥土鬆動，不必用大力就可以一拔而起。我今天的忽進忽退就是在搖撼大樹，現在泥土已經鬆動了，大樹不久也就會拔出來的。
為了搖撼這棵樹，袁世凱以缺餉為名，奏請清廷變賣宮殿內的瓷器以充軍餉，其部下更是要求親貴大臣捐助，結果王公貴族們應者寥寥，充分發揚了要錢不要命的曆史傳統。袁世凱故作長歎：“既催我出戰，又不給我軍餉，是要置我於死地啊！”隆裕太後隻得搜羅內宮，找出8萬兩黃金交給袁世凱。
接下來是拔樹。袁世凱向慶親王奕劻和大內總管小德張各報效了300萬兩銀子，裏應外合勸清帝主動退位以保尊榮富貴，否則可就性命堪憂。他授意印製了假報紙送進宮中，大造輿論，說華僑已經集資製造軍艦10多艘，如皇帝再不退位就要進攻天津、北京，還有類似的聳人聽聞的消息，嚇得隆裕太後惶惶不可終日。在展示大棒的同時，袁世凱也伸出了胡蘿卜——許以歲用400萬兩的優待條件，讓皇族們衣食無憂。最終這1000萬兩白銀成了清帝國與民國更替的原始投資，400萬兩白銀則是養尊處優慣了的皇族們的年度分紅。
1912年2月，小皇帝溥儀宣布退位，袁世凱通電讚成共和。