新生的臨時政府剛剛成立就麵臨著嚴重的財政困境。府庫空虛，龐大的軍費開支無著落，連公務員的薪水都發不出。臨時大總統規定，從總統一直到一般職員，每人每月隻發給軍用券30元。一次安徽前線軍情告急，孫中山批示撥20萬元，結果財政部庫內隻有銀元10枚。
南京當時有號稱30萬軍隊，每月餉銀約需200萬元以上，實際能撥付的隻有20萬元，隻能維持數日，夥食從幹飯改為稀飯，之後連喝稀粥都不能保障，嘩變搶劫事件不斷發生。師長們自認為對革命有功，日日索餉索械，陸軍總長黃興急得吐血。
為了籌集軍款，孫中山隻好向工商巨頭求助。盛宣懷被革職之後便東渡日本，他在國內的產業被查封。孫中山表示願意有條件地發還盛家的不動產，條件是幫助政府籌款。盛宣懷認為孫中山有理想而無經驗，不願與之合作。臨時政府多次向英美銀行協商借款，但一筆錢也沒借到。臨時政府決定發行1億元軍需公債，結果實發隻有737萬餘元。
為了解決財政困難，孫中山不得已提出向日本財團出讓漢冶萍公司50%的股權，由公司轉借500萬元給臨時政府。此事引起輿論大嘩，張謇反對此議，辭去實業總長，並轉為擁立袁世凱。漢冶萍借款終因參議院不承認合辦條約及股東大會反對，正式取消。
服從南京政府的各省此時日子也很難過，各省都增加了大量形形色色的“民軍”，僅廣東就有民軍14.8萬多人，每月開支由清末200多萬元增至970萬元。廣東政府除截留中央財政收入、向港商借款外，自行印發紙幣1900萬元。各省紛紛以發行紙幣作為籌款手段，紙幣濫印濫發的結果，促使物價上漲，地方紙幣貶值，不少地方的紙幣貶價一半。
隨著時間的推移，當革命高潮期過去以後，各地商會對臨時政府的不滿傾向日益加劇。其原因首先是革命黨人未能維持社會治安，社會秩序的混亂未得到很好解決，土匪搶劫和盜賊騷擾時有發生。其次是商業蕭條加劇，許多地區市麵蕭條，人心恐慌，影響商人生計。還有一個重要因素是新政權重新開征曾宣布豁免的苛捐雜稅。考慮到這一年全國經濟都因社會動蕩嚴重衰退，這對商人來說是相當沉重的負擔，因而引起商人的普通反感。
本來在政權交替時期，經濟的暫時動蕩是正常現象，但革命黨在商界沒有做過深入的工作，也缺乏同商界的密切聯係，無法取得商界的理解與支持。當麵臨南孫北袁兩個政權選擇一方的要緊關頭，商人們所考慮的唯一選擇標準是實力。袁世凱不僅以早年厲行“新政”的形象獲得了他們的好感，而且他所擁有的北洋軍事實力和國外支持更遠遠高於孫中山革命黨，因此，他們的選擇自然偏向了袁世凱一邊。
由於缺乏經費，臨時政府麵臨著軍隊解散、政府崩潰的危險，最終妥協路線在同盟會內部占了上風。麵對擁有正規軍並得到官僚和士紳支持的袁世凱，革命黨人的力量顯得太薄弱了，不得不把總統職位交出，其中很大部分原因是財務上難以維持。