土地增值稅的實施細則是1995年1月27日頒布並施行的。香港地產商代表團的到來，曾經讓國家有關部門當時頗感為難。那時的房地產市場已經非常低迷了，開發貸款基本停止，房地產企業上市被暫停，土地增值稅作為調控房地產的功能基本用不上。剩下的，就是增加新的稅源了。
不知是香港地產商的遊說見效了，還是房地產太過低迷等原因，土地增值稅真正全麵的征收，確是多年以後的事。
根據《條例》規定，土地增值稅實行四級超率累進稅率，稅率按照增值額超過扣除項目金額部分數值大小，分別為30%、40%、50%、60%不等。增值額未超過扣除項目金額50%，土地增值稅稅額征收比例為增值額的30%，超過200%的，稅率為60%。
但在實際征收過程中，各地一般是按普通住宅、非普通住宅、別墅、度假村等級，按銷售收入的1%～5%預征率進行征收，開發項目結算後，再由開發商自查自補，執行四級累進稅率的項目可以說是微乎其微。由於項目開發周期長，財務核算和稅務清算極為複雜，各地稅務機關很少對開發項目進行全麵清算。
據了解，國家稅務總局從2005年以來的5年內，曾經8次發文，對土地增值稅的預征和清算提出要求，但各地進展甚微。包括房地產上市公司在內，地產商一般是以1%的預征率來進行土地增值稅的計提。
北京科技大學中國經濟研究組趙曉、陳金保、田豔春，2010年4月聯名發表的文章指出：目前，大部分地方土地增值稅的預征率隻有1%，遠遠低於實際清算的稅率。因此，很多房地產項目銷售完成後，房地產企業想盡一切辦法，故意久拖不清算，或者項目結束後幹脆玩“人間蒸發”，令土地增值稅清算無從談起。2007年1月，國家稅務總局曾要求各地稅務機關嚴格土地增值稅清算，此舉曾令開發商大為緊張。然而，金融危機呼嘯而來，經濟形勢急轉直下，這一號稱“革房地產商命”的稅收政策再一次不了了之。趙曉等籲請嚴征土地增值稅，以“100%預征、100%清算”來遏製新一輪樓市瘋狂。
趙曉等的建議，是一個極難實現的目標。但提高預征率是可以做到的。國家稅務總局2010年5月25日在《關於加強土地增值稅征管工作的通知》中提出，各地須對目前的預征率進行調整。除保障性住房外，東部地區省份預征率不得低於2%，中部和東北地區省份不得低於15%，西部地區省份不得低於1%，各地要根據不同類型房地產確定適當的預征率。為了規範核定工作，核定征收率原則上不得低於5%。
在此前後，青島、廈門、上海、北京等城市，紛紛提高了土地增值稅的預征率。上海是根據房價來確定預征率的，超過上年新房均價1倍的，預征率為5%。
從趙曉等的建議和國稅總局2010年再次加大征收力度來看，土地增值稅是調控房地產市場的重要手段。但從過往幾年的實際效果看，土地增值稅在調控房地產市場、抑製房價上漲方麵所起的作用，幾乎可以忽略不計。正如對個人轉讓二手房征收營業稅，未能起到遏製投機的作用一樣，對地產商和投資者個人尤其是地產商征收土地增值稅，亦未能成為阻止漲價的動力。
事實上，土地增值稅更像是為地方政府找到了一個新的稅收來源，雖然這可能並非該稅種設立的初衷。
嚴格征收土地增值稅，能夠為地方政府帶來多大的稅收？《21世紀經濟報道》記者荊寶潔曾獲得一份未公開的政協提案。一位不願透露姓名的全國政協委員在這份提案中說，根據計算，2005年到2009年土地增值稅共流失252萬億元，即平均每年流失5000億元。而2005年以來的這5年，恰恰是全國房價和地價普遍快速上漲的時期，也就是說，這5年流失的土地增值稅按規定應該是逐年遞增的。
據財政部稅政司公布的數據，2009年，全國土地增值稅收入為71943億元。根據上述政協委員的提案，即使以平均每年流失5000億元的靜態計算，2009年應征收土地增值稅約5700億元。這是一個相當驚人的數字。
國家稅務總局從現實出發，強調全麵清算的同時，著力於提高預征率，收到了良好的效果。2011年2月1日財政部稅政司公布的數據顯示，2010年全國土地增值稅實現收入127667億元，同比增長774%。稅政司分析土地增值稅快速增長的主要原因：一是商品房銷售額快速增長，二是各地稅務機關加強了土地增值稅清算。
上麵說過，土地增值稅在抑製房價上漲方麵，收效甚微，卻不期然地為地方政府增加了一個新的收入來源。然而，即使嚴格預征和清算後，要將上述政協委員所說的“流失”的土地增值稅全部收上來，也是不可能完成的任務。假設全國土地增值稅收入2011年能達到2000多億元就算不錯了，但這與2010年全國土地收入291萬億元這種數字相比，實在是小巫見大巫。