除此以外，不斷傳出的各地有恐怖分子被逮捕的消息也讓歐洲民眾感到恐慌。湊巧的是，歐洲今年又遭遇了二戰以來最大規模的難民潮。這些難民的來源地（敘利亞、阿富汗等）和多個恐怖組織的老巢高度重合，部分輿論擔心難民潮將會順帶引進一大批恐怖分子。
據英國《星期日快報》報道，IS的秘密代理人已經公開宣稱有4000餘名IS組織的成員將扮成難民秘密潛入歐洲國家。該代理人稱，通過當地走私分子的幫助，恐怖分子能夠彙入難民流中。
類似的消息在去年就有德國媒體報道過。去年10月，《星期日圖片報》稱從敘利亞出發的難民中混有恐怖分子，其中甚至包括一個4人組成的指揮小組。這些人進入土耳其後，借助假護照前往包括德國在內的西歐國家，準備在那裏實施恐怖襲擊。這條消息隨後也被德國政府證實。
目前，歐洲各國已經開始尋求加強交通方麵的安保。在此之前，在歐洲多國乘坐火車不需安檢甚至無需檢票。在法國列車槍擊案過後，歐洲各國將列車安保列入重要議程。
在9月初的一次多國安全會議上，歐盟各國將提議引入火車票實名製，讓登上黑名單的恐怖分子“買不到票”。除此之外，還將在火車站和列車上加裝閉路監控設備，在車站入口處設立安檢通道，對可疑人員進行全身掃描。
與此同時，有觀點也反對將難民問題和反恐問題混為一談。部分媒體指出，安全威脅被一些反難民的群體誇大了，“把難民和恐怖分子劃上等號的做法非常惡劣”。
歐盟官方反恐行動負責人戴科喬夫就指出，中東恐怖組織根本不需要通過難民庇護途徑將恐怖分子送進歐洲，許多歐洲出身的當地人就算不曾出國，也能通過網絡被恐怖組織吸收，或是透過旗下發行的雜誌對這些歐洲人洗腦，甚至在雜誌中列出建議攻擊目標，讓這些被吸收的歐洲人在歐洲境內發動攻擊。
“若是將難民與恐怖主義混為一談，那完全是邏輯錯誤。”戴科喬夫表示。
另一方麵，與難民最大來源地敘利亞相鄰的以色列則將“反恐”作為拒絕接收難民的頭號理由。在9月初舉行的內閣會議上，以色列總理內塔尼亞胡宣布已經開始在該國東部與約旦的邊境修建圍牆。這裏是敘利亞難民抵達以色列的可能通道，也是IS等極端組織向其滲透的通道。
內塔尼亞胡在聲明中說：“我們不會允許非法移民和恐怖分子大量湧入以色列。”
困境三：誰來解決後續問題
德國外長施泰因邁爾於9月5日強調，這次德國同意大批難民入境隻是臨時救急，而並非長久之計。而對難民自身來說，邁過邊境到達德國也並非旅途的終點——這和很多人所設想的一步成為發達國家公民的夢想相去甚遠。
按照歐盟現行政策，這些難民需要在落地的第一個歐盟成員國內完成避難申請，在通過各種鑒定程序後，他們才有可能獲得時間不等的居留簽證。德國聯邦移民與難民署稱，在取得難民身份之前，這些申請者隻能被稱為“尋求庇護者”。
綜合各方消息來看，來自敘利亞、阿富汗和厄立特裏亞等地的尋求庇護者的通過率會相對高一些。而那些打著難民旗號但實為尋求更好生活條件的“經濟移民”則會被遣送出境。
正因為如此，有越來越多的經濟移民正在企圖“冒充敘利亞人”。
德國排外分子在德累斯頓舉行示威遊行
匈牙利政府9月11日表示，在該國與塞爾維亞邊界，經常可以拾獲遺失證件，應該都是這波湧入歐洲的難民所丟棄的，因為許多人相信，換個身份或是沒有身份證明，更有機會得到德國和其他西歐國家的庇護。
與此同時，塞爾維亞邊防官員也坦承，現在平均每天會有3000個難民從馬其頓進入塞爾維亞，裏麵大概有90%都宣稱自己是敘利亞人，多數人都沒有身份證明。
分析稱，盡管默克爾已經表示要拒絕冒充難民的經濟移民，但在數量龐大的難民瘋狂湧入歐洲的現實下，歐盟各國負責登記篩查的行政部門根本無法招架。
除此以外，教育水平參差不齊、宗教信仰五花八門、價值觀念天差地別的難民在獲準逗留後要如何融入目的地國家的社區和社會仍然是許多反難民右翼人士的顧慮之一。
但德國政府則表示：“有信心在未來一段時間內解決難民的工作和安家問題。”
加布裏爾9月10日對德國議會表示：如果能夠迅速地把新來的難民培訓出來，就解決了國家未來經濟的一個最嚴重問題，即人力缺乏的問題。
同濟大學德國研究中心研究員伍慧萍指出，目前德國有50多萬的空餘工作崗位，專業勞動力緊缺，難民的培訓和就業並沒有搶走本國人的工作，工業界也有意吸收更多通過了語言和職業資格關的難民就業。
路透社也分析指出，柏林擔憂的是在2030年工作人口將減少600萬的前景，因為這將影響到德國的經濟增長。