3.補貼方式麵臨困境
山區財政困難，對倉儲的建設投入不多，1950年代建設的老倉庫現在還在用，這些倉庫占倉庫總量的50%以上。現在要求倉儲建設由地方先建，上級再以獎代補，這種機製設計的初衷是為了甄別地方的真實需要並確保對資金使用的謹慎性。但在糧庫建設這類問題上，往往地方財政能力越弱的地方越需要重新投資。而沒錢的地方無力進行初始投資，無力初始投資的地方就更沒辦法獲取作為補貼的後續獎金。以獎代補的情況如此，1：1或1：1.5配套資金的設置更是不可避免地麵臨這種窘境。
4.耕地減少的大趨勢無法改變
就耕地保護而言，盡管政策性措施出台不少，但事實上，耕地減少的趨勢似乎不可逆轉。1990年福建省的常用耕地麵積1954.8萬畝，到1995年減少為1805.99萬畝，1996年恢複性地增長到1891.67，可是1996年以後以更快的速度繼續減少，到了2005年降到了1693.53萬畝。而這個常用耕地麵積的數值早已遠遠低於基本農田保護區的不可逾越的底線1825萬畝。
5.老化的農田水利設施無力維修
以福州市閩清縣白水鎮為例，因為水利老化，每年都需要維修水利，但村裏沒錢沒法修。用一事一議的方式也行不通。至今為止，全鎮13個村隻有1個村成功地跟村民收錢修了水利。該鎮前阪村一年水利維修費需要3萬元，但村裏沒錢、一事一議搞不起來，所以隻能看著水利維修一次次擱淺。尤溪縣的座談中，政府相關部門也認為水利建設國家要更多承擔起來。對經濟實力相對較弱的地區實行1：1.5的配套資金壓力太大，這個比例需要斟酌。
6.技術推廣資金缺乏
就技術推廣而言，福建省跟全國大多數地方的情況一樣，基層農技推廣人員缺乏，經費不足，技術推廣與服務工作開展困難。據省農業廳種植業管理局提供的材料，近年來，雖然近幾年選育審定了一大批高產新品種，如超級稻，示範總結了一批有明顯增產作用的新技術如甘薯脫毒苗及栽培技術，再生稻高產技術等，但由於缺少財政的扶持，難以迅速推廣。
7.最低收購價誤導市場
最低收購價並不是像政策的初衷一樣都能夠保證糧農的利益不受價格下跌的傷害，而且有時還會誤導市場。尤溪縣近期發生的事情給這個問題提供了一個鮮活的典型反麵案例。當地本來稻穀每百斤的價格80元以上，而國家的最低收購價每百斤70元的政策一出台，糧販子馬上把收購價格壓到了70元，而且根本不用考慮供求關係、種植成本、產銷區之間的運輸成本等等諸多問題。而農戶賣糧食很多是因為急需大筆開支（如支付孩子學費等），出售時價格再低也得賣，根本不可能待價而售。出於保護糧農利益的最低收購價結果反而損害了這些地區農民的利益。當然這並不能說“最低收購價”及其前身“保護價”政策一無是處，但這至少可以說這種政策的目標及其實際效果存在不小的距離，優劣與否尚需斟酌。