從近年來基地建設的實際情況看，由於企業貸款困難，收購資金緊張，技改資金不足，糧食加工、儲藏、銷售等環節發展相對緩慢。雖然通過大型商品糧基地建設提高了糧食產量和質量，但因後續環節沒有相應跟上，進而形成完整的糧食產、加、銷產業鏈條，使基地增產的糧食不能及時被企業收購，甚至一些地區一度出現賣糧難的現象，更談不上實現優質優價、帶動農民增產增收，挫傷了農民的種糧積極性，影響了當地糧食生產的健康發展。以陝西渭南市大型商品糧基地為例，在項目建設初期，由於當地麵粉加工企業規模偏小、技術落後、產品質量低，沒有形成自己的品牌，使基地生產出來的優質專用小麥不能及時就地加工轉化，小麥產量和質量雖然上去了，但銷售不暢，優質小麥賣不出好價錢。在經過各級政府的協調和努力下，當地的糧食加工企業迅速發展起來，企業規模得到擴大，產品質量得到提高，小麥收購數量穩步增加，從而形成了基地優質小麥穩定的銷路，並成為當地財政收入一個增長點。
（四）地方財政比較困難，基地建設投資配套難度大
為調動地方各級政府支持糧食生產的積極性，加大對糧食生產的投入力度，大型商品糧生產基地采取中央和地方政府聯合投資的方式進行建設。基地投資中除安排中央財政預算內基建投資外，還要求省、市、縣三級地方政府按照一定的中央和地方1：1的比例配套投資，統籌安排使用，擴大基地的投資建設規模。由於大型商品糧基地大多位於糧食主產省區，這些省市的財政狀況明顯不如東部經濟發達地區，地方財力較弱，特別是地、縣兩級財政大多是吃飯財政，一些糧食主產縣往往是糧食大縣、工業小縣、財政窮縣，無力按照要求及時、足額地安排財政資金用於大型商品糧基地建設，項目配套投資落實難度較大。近年來，為緩解地方政府的財政配套壓力，按照實事求是、因地製宜的原則，國家大幅度調低了地方財政的配套比例，其中西部地區的基地建設地方配套投資比例僅為1：0.25.同時，根據地方省、市、縣三級財政狀況，強調以省級政府資金配套為主，要求省級財政的配套比例為全部地方配套資金的一半，大大減輕了地、縣級財政配套的負擔。但從目前糧食主產區地、縣級經濟發展狀況來看，相當部分的糧食生產大縣仍然缺乏穩定、足額的財政收入來源，而財政支出數量又比較大、負擔沉重，地、縣級財政的配套投資仍麵臨著較大的壓力，容易導致配套不及時、不齊全問題的發生。
（五）非主產省的糧食生產缺乏有效扶持
2000年，針對當時中國農業發展進入新階段，糧食供求總量基本平衡、豐年有餘的形勢，為優化區域布局和品種結構，支持一些地區特別是西部地區發揮區域比較優勢增加糧食生產，實現口糧基本自給和糧食區域平衡，國家在基地建設過程除了繼續安排大部分投資用於糧食主產省區生產基地建設的同時，安排了一部分資金用於貴州、雲南、陝西等非主產省的糧食生產基地建設。進入2003年後，由於中國糧食供求形勢發生變化，按照國務院的要求，大型商品糧基地建設資金全部集中在13個糧食主產省區，導致非糧食主產省特別是西部地區缺乏中央投資支持。而這些省區的自身財力有限，可用於糧食生產的財政資金不足，無法切實改善當地的糧食生產條件，提高糧食綜合生產能力。另一方麵，非糧食主產省特別是西部地區農業基礎設施條件較差，糧食生產能力較弱，加上近年來實施退耕還林等生態環境建設，耕地麵積有所減少，糧食產量相應下降，外調商品糧增加，運糧成本偏高，糧食區域平衡麵臨著較大壓力，亟需國家在糧食生產方麵給予扶持和幫助。