適應這種新形勢、新情況的變化，從2000年開始，原國家計委及時調整了國家大型商品糧生產基地的建設思路，基地的建設目標由單純追求提高糧食產量轉為產量和質量並重發展，突出改善糧食品質。同時，原國家計委積極調整糧食投資結構，加大大型商品糧基地投入力度，使基地建設中央投資規模由原來的每年2億元增加到4億元。基地建設的指導思想為，在保護和穩定糧食綜合生產能力的基地上，注重充分發揮各地區域比較優勢，加快水稻、小麥、玉米品種更新改良，調整優化糧食品種結構，扶持優質糧食生產，提高糧食品質和市場競爭力，推動全國糧食生產持續、協調、健康地發展。利用全國糧食總量供大於求的有利時機，積極扶持雲南、貴州等西部地區基本口糧田建設，以及藏區青稞等特殊地域、特殊品種的糧食生產，引導糧食調入區提高口糧自給水平，實現糧食區域平衡，並在黑龍江、吉林、甘肅等適宜地區扶持高油大豆和優質啤酒大麥生產。
在建設內容和投資安排上，除了繼續加強良種繁育、農田水利等基礎設施建設外，針對一些地方農業科研單位的育種優勢，將地方農業科研院所作為基地建設的技術依托單位，納入基地建設範疇。大力扶持育種科研單位的實驗室建設，配備必要的育種科研儀器設備，完善試驗田的田間設施，改善省、地級農業科研院（所）的育種科研條件，加快高產、優質、高效糧食新品種的培育和先進適用技術的開發、集成，並加大在項目區的示範、推廣力度，提高大型商品糧基地糧食生產的科技含量，推進糧食生產增長方式的轉變。
在基地選建條件上，除將本地區糧食產量、商品糧調出量作為基本選建條件外，還把當地是否具有糧食加工、銷售企業，能否全額收購基地生產出來的糧食作為一個重要前提，實現糧食加工增值，防止在糧食供大於求的形勢下出現賣糧難的現象，影響農民種糧收入。同時，通過當地政府的協調、引導，促使企業與項目區逐步建立長期穩定的購銷關係，推動糧食生產、加工、銷售環節有效銜接，實現糧食產業化經營，增強糧食市場競爭力，提高種糧收益，實現糧農增產增收。
2003年底以來，中國糧食供求關係出現了一些新情況、新問題。集中表現在：一是耕地連年減少，總麵積由1996年底的19.51億畝，減少到18.89億畝；二是糧食播種麵積連年減少，由1998年的17.1億畝減少到2003年的不足15億畝；三是糧食總產量連年減少，由1998年的10246億斤減少到2003年的8610億斤；四是人均糧食占有量連年減少，由1998年的825斤減少到2003年的低於700斤；五是糧食產銷格局發生變化，糧食調出省明顯減少，有的省已經從調出省變為調入省，糧食庫存較快下降。同時，糧食需求持續增長，特別是飼料和工業用糧增長較快，導致當年糧食產需缺口不斷擴大。國家糧食安全問題再度引起全社會的廣泛關注，黨中央、國務院多次強調保護和提高糧食生產能力，確保國家糧食安全。為此，國家大型商品糧基地把發展優質、高產糧食生產，力求盡快提高商品糧產量作為主要目標。把扶持主產區糧食生產作為基地建設重點，基地建設資金全部投向國務院確定的13個糧食主產省區。根據製約糧食生產的瓶頸因素，積極調整投資結構，進一步突出小型農田水利設施建設，大幅度提高這部分建設內容的投資比例，增強糧食生產抗禦自然災害的能力，同時，引導各地推廣普及優良品種，增加糧食生產科技含量，提高糧食單產水平，切實提升主產區的糧食綜合生產能力，加快高產、優質糧食生產，為保障國家糧食安全做出應有的貢獻。