眾所周知，糧食是集自然風險和市場風險於一身的重要農產品。同時，糧食又是各種資源要素如水、土地、資金、勞動、技術、教育等綜合投入的產物。獲得糧食就意味著在上述諸風險並存中投入這些綜合要素，甚至包括非資源性要素投入等，提供它相應的生長環境。誰發展糧食生產，誰就要承受各種風險，投入各種生產要素。在實行糧食區域分工中，隨著糧食這種低價商品的輸出，投入者抑或是主要投入區的經濟利益就會隨之流失，輸出越多流失越多。
由於在糧食主產區存在著各種利益矛盾，使得依靠市場調節區域供需平衡，實現區域分工協作，呈現出明顯的脆弱性和相當的不穩定性。這種狀況，不利於中國建立一套強有力的糧食安全體係，更不利於提高糧食主產區的生產積極性。
（六）大宗糧食品種競爭力弱
提高中國區域糧食生產能力，遇到的最大的外部不利因素是，大部分糧食在國際市場上的競爭力偏弱。這種狀況，對於糧食主產區的東北尤其不利。
改革開放打開國門，使我們必須麵對日益激烈的國際競爭市場。作為中國大宗出口的糧食產品，要在國際市場中提高競爭力，擴大貿易出口規模，就必須發揮比較優勢，尤其是加入WTO以後。根據有關部門測算，中國糧食品種中的中秈稻、晚秈稻和粳稻生產，具有一定的比較優勢，玉米處於明顯劣勢，小麥和早秈稻生產已處於利益均衡點，不具出口優勢。
實證分析表明，中國糧食比較優勢變動，主要受國際市場價格、土地產出率、生產成本、國內價格等綜合因素的影響，但各因素對不同糧食品種的影響程度不一樣。其中，稻穀比較優勢主要與國際市場價格變動有關；小麥比較優勢與土地產出率有關；玉米等更多的受生產成本影響。而價格則對所有品種都有影響。過去，政府在糧食短缺時實施的以提高價格為主的宏觀調控政策，已使國內糧食等農產品的價格水平居於較高位置，已經超過國際市場糧食價格約30%-70%。由於高位價格水平，中國糧食比較優勢逐步喪失，出口競爭力大大降低。而國際市場糧食不但產品品質優於中國，而且交易價格也低於中國，致使中國在糧食出口方麵處於被動局麵。
預計今後中國糧食生產的比較優勢將進一步下降，尤其是玉米和小麥，大米的優勢將被削弱。在此情況下，中國一方麵要根據已簽署的有關協議，允許外國糧食大量進入。根據一項統計，山東、四川、深圳已訂購美國玉米6萬噸，中國玉米貿易形勢逆轉已不可避免，很可能不用幾年，中國將成為玉米淨進口國。很有可能重蹈大豆覆轍。另一方麵中國又有大宗糧食，由於比較優勢喪失而難以出口，不得不轉向國內尋求市場，從而影響到糧食主產區的生產，打壓農民生產積極性。這已經不僅僅是提高區域性糧食能力的問題，而是整個國內糧食生產能否持續的問題。
這種局麵目前來看，可能有利於糧食主產區休養生息，適度調整產區糧食生產目標，但是從深層次上看，過多的糧食進入，不符合中國實現儲備糧食綜合生產能力的戰略方向。（1）不利於市場價格回升。在國內糧食市場出現階段性、結構性過剩的時候，超量進口糧食，隻能是繼續打壓國內糧食市場價格回升的勢頭。（2）不利於保護耕地資源。糧食大量進口，必然擠壓國內糧食生產，容易出現農民拋荒撂荒現象，或造成耕地改為非農用地逾越“紅線”的行為發生。如果不加以控製，勢必使糧食生產失去耕地等資源要素的保障。（3）弱化國內糧食生產能力。糧食過度進口，會提高國內糧食進口依存度，削弱通過資源轉換獲取糧食的能力，衝擊國內市場。如玉米每年進口450萬噸，就會替代東北玉米主產區1/3的產量。（4）增加財政負擔。大量進口糧食，需要增加倉儲、交通、港口等設施，加大各項財政費用支出。
（七）種糧主體生產積極性不高
提高中國區域糧食生產能力，麵臨的一個較大製約因素是地方政府和糧農的生產積極性問題。糧食主產區的地方政府和農戶實際上都是“經濟人”，二者的種糧積極性都取決於種糧收益和成本的比較。如果不考慮政治和社會因素，純粹從經濟角度考慮，地方政府發展糧食生產的積極性不高。本級地方政府從糧食生產中汲取的財政收入減少。原因是，農業稅減免政策，導致地方財力吃緊。此外，農村稅費改革，盡管有中央財政的轉移支付，但低於農業稅減免額，農業稅收入淨減少。發展糧食生產增大地方政府本級財政支出壓力。主要是本級農口係統行政、事業單位人員的人頭費和辦公費，以及本級發展糧食生產的水利建設等支出，上級農業綜合開發項目的配套資金，上級扶貧項目的配套資金，上級糧食風險資金項目的配套資金，“三補”的配套資金。發展農業不如發展工商業。無論是從財政收支的角度考慮，還是從GDP增長的考慮，抑或是從政績考慮，地方政府發展工商業的積極性都要高於發展農業的積極性。與此同時，農民種糧的積極性提高，但是後勁不足。從不同的時期縱向比較，農民種糧的積極性提高，主要原因是，糧食直補、良種補貼、農機具購置補貼、農業生產資料價格綜合補貼；農村稅費改革；糧食價格上漲，並實行最低收購價製度。但由於糧食比較效益較低，不同產業的橫向比較，糧食顯然處於不利地位。因此，農民的種糧積極性後勁不足。實際情況也是如此，務農種糧不如打工、不如種經濟作物。加上化肥、農藥、燃油等生產資料價格上漲，糧食漲價收入被抵消。當然，種糧勞動者的數量減少，種糧勞動者的素質下降，給糧食生產也帶來了不利影響。外出打工增加導致“老人”農業、“婦女”農業，種糧勞動力素質普遍不高，新技術推廣應用受到影響，大多數農民是憑經驗種田。
（八）相關製度約束力增加
新形勢下提高中國區域糧食生產能力，還麵臨著諸多製度方麵的約束，這些約束力較強的因素，在很大程度上是削弱了糧食生產能力的提高。其中包括：財政製度使資金使用效率不高。支農資金投入結構不盡合理。支農支出中，直接用於流通環節的補貼過高，用於建設性的支出比重不高、用於農民可以直接受益的中小型基礎建設的比重較小，一些關係農業發展全局的基礎性、戰略性、公益性項目，如農業品質改良、重大病蟲害控製、社會化服務體係等缺乏足夠的投入保障。
1.支農資金管理體係不完善
主要是財政支農投入高度依賴上級政府，地方財政連“吃飯”都不能保證，很難再向經濟效益相對較低的農業追加投入；支農支出實行分塊管理，因而不同程度地存在條塊分割、相互之間不協調、重複投入，力量分散，有限的資金不能形成合力；財政支農資金使用監督機製有待完善。金融製度使資金投入不足。（1）郵政儲蓄係統隻存不貸，取走了農村本已有限的資金，實際是在“抽血”；（2）商業銀行在農村沒有分支機構，不可能為農村糧食生產“輸血”；（3）政策性銀行的資金投向受到嚴格限製，也不可能為直接糧食生產提供很多資金支持；（4）農業保險在農村基本是空白，糧食生產風險基本由農戶自己承擔；（5）現在真正為糧食生產提供直接金融服務的隻有農村信用社，但信用社同樣存在嚴重的“離農”傾向。其結果是農戶特別是種田大戶資金短缺。糧食生產社會化服務體係不健全。
2.生產領域的社會化服務體係亟待加強
（1）農技推廣網絡不完善，具體表現為村級沒有農技推廣網絡，縣、鄉級農技部門技術設備落後，農技部門之間的配合，聯係較少；（2）農技人員自身素質不高，具體表現為專業知識陳舊、老化，多年來一直未得到過培訓；（3）農技推廣經費不足，目前的經費隻能維持農技人員的基本工資、根本沒有資金用來進行農技推廣，導致許多試驗、示範無法開展。
3.流通領域的社會化服務體係不利於糧食生產
（1）糧食流通體製問題，糧食風險基金縣級財政配套，地方財政難以兌現；（2）糧食主產區和主銷區的倉儲平衡困難；（3）農業生產資料供應方麵，種子、化肥、農藥價格上漲，質量難以保證。