1.不利於提高農業競爭能力
在市場經濟條件下，效益是檢驗農業發展的最終標尺。農業效益的狀況，取決於農業競爭力的狀況。相對於發達國家，當前中國糧食價格高、成本高的問題，已經比較突出，這在相當程度上，導致了中國糧食的競爭力不強。加入WTO以後，隨著國際競爭國內化、國內競爭國際化的迅速發展，如何提高糧食的國際競爭力，成為當務之急。
2.農戶難以適應並進入市場
讓為數眾多的分散農戶直接進入市場，無法回避交易成本高的問題，而始終處於弱勢地位的農民，更顯得小農家庭經營局限性的突出。特別是中國糧食主產區的農戶，進入市場的成本更高。
3.不利於農業特別是資源性農業發展，限製了糧食等生產的盈利能力
農業現代化國家所走過的曆程表明，隻要擁有足夠數量的農業資源如耕地，發展糧食等資源性產品一樣可以通過降低生產成本、提高勞動生產率來獲得較高的經濟收益。因為糧食比較利益雖低，但規模效益高，同樣可盈利。如美國家庭農場，平均每戶家庭擁有的耕地大約數千公頃。如此數量的耕地，為農戶實施大規模機械化、電氣化，甚至衛星遙感測量技術，提供了必不可少的條件，大大降低了單位產品成本，提高了每戶每人的勞動生產率，從而增強了市場競爭力和市場強勢地位，為農戶獲取豐厚利潤提供了安全保障。
反觀中國家庭小農經營組織，無論是耕地數量，生產手段，經營方式，經營理念，市場應變能力，經濟收益等諸多方麵，都還處於傳統、落後的狀態。原因就在於它的小農經營方式。在此情況下，即使對所有的農產品都實行價格保護，或大幅度提高農產品收購價格，一個農民一年無非就是增加幾十元的收入，不可能帶來相對較高的收入水平，還會影響農戶發展糧食生產的積極性。
從區域角度分析看，東北地區是最有條件實現規模化經營的地區，也是中國現在和今後主要的糧食資源供給區。但是，由於受到家庭經營規模狹小的製約，盡管糧食總產量較大，分散到每個家庭的產量就顯得很小了。同樣的，在冀魯豫、長江流域、東南、西南西北，小規模經營依然是糧食生產的主要形式。而這恰恰是提高區域性糧食生產能力的致命因素。
所以，區域糧食生產能力提高的過程，實際上是在“政策變量”中增強“改革內涵”力度，徹底變革家庭小農經營組織方式的過程；是發展糧食規模經營、降低生產成本、提高勞動生產率、增強市場競爭力、獲取糧食收益的過程；也是一個發展商品農業的過程。要順利完成這一過程，必須克服來自小農家庭經營的“製度性障礙”製約。
（三）流通體製不完善
提高區域性糧食生產能力，在很大程度上取決於糧食的流通體製和糧食市場發育、交易活躍與否。因為，區域性糧食能力提高的結果，除了能夠獲得更多的糧食以外，更重要的是要能夠將產出的糧食運往需要的地區。這就需要具備完善通暢的流通渠道，充滿活力的市場交易。從中國目前來看，以糧食為主的農產品流通市場，無論是它的方向、主體、管理，還是規模、檔次、規則、布局、手段等都不適應區域性糧食生產能力提高的要求。
1.目前的糧食流通主體還不是市場化和競爭性的
從現在的情況來看，重要的收購環節和進出口環節，還沒有形成多元化和競爭性的主體。這就使得糧食主產區發展糧食的利益，在市場流通環節得不到保障。同時，缺乏糧食流通主體，也使農民難以直接進入市場，或進入市場後，利益不能保證。整個培育和發展新型糧食流通主體的工作滯後。
2.還沒有健全統一、開放、競爭、有序的糧食市場體係
糧食市場體係包括有形的市場，也包括相應的市場規則與製度。但從目前來看，中國糧食市場發育還比較落後，不能適應國家建立糧食安全戰略的需要，也不適應通過糧食市場交易進一步激發糧食主產區發展糧食的積極性。而完善的統一市場，正常發揮功能的開放經營，公平交易下的市場競爭，規範的製度化管理，以及國家宏觀調控的可靠依托，這些正是糧食市場體係所追求和應具備的。
3.政府調控下的市場形成糧食價格機製不健全
糧食價格機製（包括價格形成機製和管理體製），是糧食流通體製和運行機製的基礎和核心。而目前中國糧食市場價格形成，很大程度上還存在著人為的痕跡，市場供求決定價格水平和高低，隻是在一定程度上適用，還沒有擴展到整個糧食市場領域。因此，不利於糧食主產區農民獲得正當的參與市場競爭和獲利的權利，影響到這部分農民的生產積極性。
中國糧食流通體製存在的諸多亟待解決的問題，造成糧食在全國範圍、地區範圍的流通不暢，在很大程度上製約了糧食市場的正常交易和糧食市場的發育完善，給我們進一步提高糧食生產能力增加了難度，特別是主產區糧食生產能力的提高，往往會因為流通環節的製約而受到限製。
（四）經濟效益不明顯
種種跡象表明，提高糧食生產能力所進行的生產活動，是非常具體和現實的。20多年來，為了提高中國的糧食安全，增強糧食生產能力，糧食生產已經從主要依靠活勞動投入，轉向依靠資金物質技術投入。生產方式的改變，大大提高了糧食總產出水平，但同時也增加了成本，且一直居高不降。與此同時，糧食市場價格又進入波動狀態。到目前為止，中國糧食市場價格已經在2004年的高位狀態中，顯現出回落的趨勢。這種趨勢還沒有顯示出止落的苗頭。
糧食生產成本增加價格下降最直接的結果是，糧食的成本利潤率強烈波動。根據一項統計測算：1990年中國三種糧食（稻穀、小麥、玉米）每畝成本利潤率為39.4%，1996年提高到40.1%，最高時的1994年達到79.7%，此後直線下降，2000年每畝成本利潤率為-0.9%，2001年為11.25%，2002年為1.3%，2003年為9.1%，到2004年躍升到49.7%。
從各年統計數字看，三種糧食中小麥每畝成本利潤率的波動幅度最為劇烈，在1994年達到峰值以後，連續的負值，直到2004年才回升到正值水平。玉米雖然出現負值的年份隻有一年，但是，從1990-2004年間，每畝成本利潤率基本保持不變，考慮到物價變動因素，實際投入產出效益是負數。稻穀每畝成本利潤率雖然沒有呈現負值，但是，增長幅度並不顯著，1990-2004年隻增加了11.6%。
顯然，對於糧食生產者來說，必須有高於成本費用的收益，才會從事糧食生產。當糧食生產利益下降無利可獲時，一方麵促使更多的糧食生產者到非糧食產業或非農產業領域謀生；另一方麵種糧勞動力就會減少耕作麵積或減少糧食投入，使糧食生產規模保持在僅僅能夠滿足家庭需要的水平上。
今後，中國糧食生產成本上升趨勢還將存在，糧食收益增長空間非常有限，這將非常不利於提高中國區域糧食生產能力。
（五）區域分工不協調
提高中國區域性糧食生產能力，主要是提高糧食主產區的生產能力。但是，按照資源稟賦差異、比較優勢與分工協調原則，劃分的糧食主產區和糧食主銷區，由於存在經濟利益獲取的不平衡，已使提高糧食主產區生產能力遇到重重阻力。
目前，糧食比較效益低是一個不爭的事實。糧食市場放開，流通環節的逐步理順和通暢，也在一定程度上增加了糧食主產區的經濟壓力。因為，主產區糧食生產外流越多越吃虧，這就把糧食流通貿易關係，轉為明顯的產銷雙方利益的得失關係。集中表現為糧食利益在主產區和主銷區的分配過於失衡，產區利益在生產與流通環節中流失嚴重。區域分工間的利益分配關係，成為比分工協作本身更為棘手的深層次問題，從而也成為提高中國區域糧食生產能力所要麵對的問題。