3.物流全過程環節與資源分割
中國糧食物流設施資源為糧食企業所有，不少企業追求“小而全”，不願使用別人的設施。設施重複建設和設施利用率不高的現象共存，導致物流設施投資效益低、物流成本高。參與糧食物流的各個企業，缺乏全局思維，很少從糧食物流全過程的角度考慮自己與上下遊企業的銜接。沒有一個企業或幾個企業的聯合體對糧食物流進行聯合規劃、一體化設計和協調運作。處於糧食物流某一環節的企業，其裝備、管理、作業、信息與其他企業銜接脫節或重複，運轉方式不能優化，常常會在某個環節受阻，難以實現糧食物流過程高效、暢通和利益最大化。
4.糧食運輸和中轉效率低，長途運輸海運比例不高
北糧南運的海上運輸發展較慢，海運比例偏低。跨省糧食運輸主要通過鐵路直達運輸和鐵水（海）聯運兩種方式。受中國鐵路運力“瓶頸”的製約，北糧南運的鐵路運輸一直非常緊張，“請車”相當困難。由於鐵路糧食運價為國家定價且價格水平偏低、海運糧食價格已經放開且價格水平偏高以及港口中轉設施不足等原因，北糧南運鐵路運量仍然很大，海上運輸發展較慢，海運比例仍然偏低，進一步加劇了中國鐵路運輸緊張的局麵。
跨省糧食運輸主要依靠鐵路運輸和鐵海聯運，據東北糧食部門估算，目前外運原糧約40%通過鐵路運出，約50%采用鐵海聯運方式。黃淮海地區原糧外運主要依靠鐵路。但糧食運輸不暢，嚴重影響了銷區訂購合同的兌現和銷區市場的糧食供應。
5.糧食運力與設施不足
鐵路運力嚴重不足，不能保證糧食及時足額運輸；糧食海運能力挖掘不夠，北糧南運海上運輸比例仍然不高。中國年鐵路運力約20億噸，隻能滿足全國實際運輸需求量的三分之一，糧食的鐵路運輸需求常常得不到滿足。東北有些糧庫請車兌現率僅能達到十分之一。山海關地區由於鐵路線路限製，東北經山海關入關的火車每天隻能通過60列，嚴重製約了東北物資通過鐵路入關的數量，同樣也製約了糧食南運數量。海運運輸（0.1～0.3元/噸？公裏）與鐵路運輸（0.06元/噸？公裏）比較，運費相對較高，鐵海聯運銜接不好，設施不配套，致使糧食海運能力發掘不夠，糧食鐵路運輸份額偏大。
運輸工具不足。鐵路運輸工具的配量不能適應糧食散裝化、集裝化運輸的需求。一般敞車、棚車裝卸散糧很不方便。原糧鐵路運輸使用L18專用車裝卸速度快，但數量少，不能滿足一年700億斤原糧運輸的需求。特別是東北地區以外的其他地區還不能使用L18車。公路運輸主要依靠社會通用車輛，專用、高效的散糧汽車很少，不能實現糧食散運。南方水係豐富，但是缺乏定型的功能完備的散糧駁船和相配套的裝卸設備，運輸效益低。
接發裝卸設施嚴重不足。一些庫點的鐵路專用線、鐵路罩棚及機械設備利用率低；散糧裝卸機械不足，隻有5%的糧庫配置了散糧卸車設施，大多數糧庫不能完成散糧裝卸作業；快速中轉節點設施不足，具備散糧機械化操作的立筒倉及淺圓倉占總倉容比例僅為13.1%，且主要集中在東北地區。華北主產區、長江三角洲、珠江三角洲等主銷區，立筒倉、淺圓倉的倉容比例偏低。東北主產區個別交通樞紐、港口中轉倉容和發放設施不能適應原糧外運的需要，各環節銜接不暢。東南沿海主銷區散糧接卸、中轉能力整體上嚴重不足，特別是中轉倉容極少，東南沿海七地（上海、江蘇、浙江、福建、廣東、廣西、海南）原糧流入量占全國流入量的48%，但是接收能力隻占全國總量的9.5%，機械化程度較高的立筒倉、淺圓倉隻占4.5%。中轉設施相對落後，致使港口壓船、糧庫壓車現象普遍發生。
運輸組織管理效率低。由於缺乏運輸信息管理係統和公共信息平台，糧食企業零星、無序的跨省運輸需求沒有形成規模化規律性需求，糧食鐵路運輸接發點分散，運輸批次多、批量小，沒有組成規模化運輸，效率低，成本高。糧食公路、內河運輸沒有形成網絡，空駛高，也增加了運輸費用，影響了運輸效率。
6.糧庫倉型及布局不盡合理，現有設施利用不充分
糧庫倉型比例不合理。平房倉雖然適於長期儲存（作為儲備之用），卻不利於糧食中轉調運，特別是不利於實現機械化和自動化作業。隨著北糧南運格局的進一步強化，為保證全國糧食安全，增強宏觀調控能力，糧食的快速調運功能需進一步加強。目前中國糧庫以平房倉為主，平房倉倉容量占總倉容量的87%。
糧庫布局不盡合理。現有糧庫受管理體製分割的影響，資源不能綜合利用。銷區糧庫倉房時有閑置，產區倉容不足，不少糧食露天存放；收納庫、中轉庫功能分工不清，儲備糧占用中轉庫容，導致中轉庫中轉次數少。目前形成的中央儲備糧食庫存以主產區為主的格局的最大缺陷是受鐵路、交通設施的製約，主產區儲存的大量儲備糧不能及時運到銷區，使主銷區的糧食需求不能得到及時滿足。糧食儲備與加工區域分布不協調，使主產區大量原糧運往銷區加工廠，不僅增加了主產區糧食收儲壓力，還浪費至少20%的運輸能力。
7.物流信息化、網絡化建設發展不平衡
中國糧食行業仍然是未經信息化改造的少數傳統行業之一，信息化、網絡化建設遠遠跟不上時代發展步伐。由於沒有可靠的信息網絡支持，涉糧企業經營和作業的信息，不能及時傳遞和共享，糧食物流體係運轉的組織化程度很低。
多年來形成的信息壟斷的觀念和意識導致信息資源開放共享與部門所有的矛盾較為突出。信息化建設落後於糧食行政部門職能轉變速度和流通體製改革的進度。企業沒有成為信息建設的主體，隻是信息的受體。信息化的應用隻停留在糧食檢測等方麵，糧食物流方麵幾乎沒有應用信息管理技術。糧食各環節的信息沒有可以采集和傳輸的載體。從全國範圍看，缺乏權威公正的、有影響的糧食物流公共信息平台。因此不可能實現信息共享，以至於失去了糧食物流無縫化連接的基礎。
8.糧食物流企業規模小，組織化程度低
糧食生產主體是糧食物流的起點。中國糧食的生產者高度分散。糧食生產單元小，位於農村腹地，交通、通訊等基礎設施較差，不易與規模化、現代化的物流接軌。糧食物流組織者和管理者是糧食貿易、收儲、加工企業和糧庫。成千上萬個企業各自承擔著糧食物流過程中的儲存和裝卸功能的某個環節，還要尋找運輸公司進行運輸。每次糧食交易的批量不大，年作業量少則幾千噸，多則幾萬噸。中央及省級糧食集團公司和十幾個大型糧油加工企業規模較大，但每個企業一年的糧食物流量也隻有幾十萬噸至二三百萬噸，並主要依靠社會的各種運輸公司完成公路、鐵路、水路中的某一種運輸。運輸方式不穩定，運輸關係不持續。不同運輸方式銜接不順暢。沒有大型糧食物流企業或兼營糧食物流的大型企業，將眾多糧食企業的物流需求集成規模，將多個環節進行有效銜接，完成全過程的專業化作業，提供全程社會化服務。從特定的一個物流過程看，同一批糧食的物流過程各個環節分割；從總體上看，不同批次、不同企業的物流需求零散、無序、量小，未經整合、集成和形成規模，導致糧食物流成本偏高，效率低下。