1965年11月10日，姚文元在上海《文彙報》發表了《評新編曆史劇〈海瑞罷官〉》，拉開了那場毀滅文化、殘害文人學士的帷幔。後來《人民日報》轉載此文所加的“編者按語”，進一步明確了批判的性質，擴大了批判的範圍，鋒芒幾乎指向國內所有知名的學者、教授和文化界人士。郭沫若那時是被人們視為能夠自覺改造、善於自我調整去適應時代與領袖的需要，並取得了信任與重用的從政的文人，然而此時他同樣產生了一種失落感與恐怖感。批判吳晗、鄧拓、廖沫沙、田漢、夏衍、翦伯讚……不斷蔓延開來，他一方麵意識到了自己辛勤筆耕一生的學術文化已經失去了它的存在價值，另一方麵也預感到了自己遲早會被拋入那無情的、吞噬一切生靈的洪濤中去而沉沒。
1966年初，大批判進入高潮時，郭沫若給中國科學院中共黨委負責人張勁夫寫了一封信：
我很久以來的一個私願，今天向您用書麵陳述。
我耳聾，近來視力也很衰退，對於科學院的工作一直沒有盡職。我自己的心裏是很難過的。懷慚抱愧，每每坐立不安。
因此，我早就有意辭去有關科學院的一切職務（院長、哲學社會科學部主任、曆史研究所所長、科技大學校長等等），務請加以考慮，並轉呈領導上批準。
我的這個請求是經過長遠的考慮的，別無其他絲毫不純正的念頭，請鑒察。
落款時間是1966年1月27日。郭沫若在辭呈中檢討了自己對科學院的工作“一直沒有盡職”，同時聲明這一請求沒有絲毫不純正的念頭。我們不難看出，在政治風暴的強大威懾下，一個著作等身、成就斐然的詩人兼學者，竟如此自我貶抑，膽戰心驚，豈不令人不寒而栗！
這年4月14日，郭沫若出席全國人大常委會第30次（擴大）會議。他在發言中說：“幾十年來，一直拿著筆杆子在寫東西，也翻譯了一些東西。……但是，拿今天的標準來講，我以前所寫的東西，嚴格地說，應該全部把它燒掉，沒有一點價值。”他檢討自己“沒有把毛主席思想學好，沒有把自己改造好”；檢討自己作為全國文聯主席，對出現在“文藝界上的一些歪風邪氣，我不能說沒有責任”；表示“現在應該向工農兵好好學習，假如有可能的話，再好好地為工農兵服務”，郭沫若的這番講話，經毛澤東批示“發表”，在4月28日《光明日報》、5月5日《人民日報》揭載，隨即在國內外引起一場軒然大波。不少朋友對郭沫若表示了關懷和同情，也有相當多的知識分子不理解，對他進行種種非議和責難，甚至在他死後有人還把他視為“文化大革命”焚書的鼓吹者、“罪魁”。豈不冤哉！
法國作家維克多·雨果說得對：“從心中拔除對上帝的信仰，並不是那麼容易的。”［4］郭沫若在長期政治生涯中，把自己對共產黨對無產階級革命事業的忠誠，幻化成對個別領袖人物的順從，把領袖人物神聖化，偶像化，加以崇拜。如大家所熟悉的《題毛主席在飛機中工作的攝影》（1958年1月25日作）一詩，就稱機內、機外“有著兩個太陽”；讚譽毛澤東“不倦的精神”、“崇高的思想”，它“像靜穆的崇山峻嶺，像浩渺無際的重洋”。在《歌頌群英大會》（1959年10月24日作）一詩中，也有類似的頌詞：“在今天我們有兩個太陽同時出現，一個是在天上，一個是在天安門前。天上的太陽照暖我們的神州赤縣，地上的太陽照暖我們的六億心田。”郭沫若甚至說，“天上的太陽有下山的時候，人間的太陽永遠沒有下山的時候。看來，天上的太陽在比賽中是要落伍了。”［5］如此虔誠、恭順的心態，也難說給郭沫若增添了多少安全感。所以當舉國上下都在號召學習毛澤東著作（“紅寶書”、“雄文四卷”）時，郭沫若一方麵不斷檢討自己沒有學好毛主席著作，另一方麵提出燒掉自己的書，認為自己的書“沒有一點價值”，我們便可以理解他的難言的苦衷了。
郭沫若提出燒書而遭來眾多非議之後，他不願給自己編織一張張煩惱之網，而想尋求哪怕是暫時的心理的平衡。於是，1966年4月中旬，郭沫若和於立群來到成都，準備回到闊別二十餘年的故鄉——樂山沙灣。返歸故裏是郭沫若多年的願望。1962年暑間，他就想回一次四川，去攀登峨眉山——他在峨眉山下長大，卻不曾攀登過，頗覺遺憾。他們在成都過了“五一”節，打算節後即去樂山，不料這時北京來了緊急電話，把郭沫若召回了。不久，中共中央政治局召開擴大會議。通過了關於開展“文化大革命”的《五·一六通知》。6月1日，《人民日報》發表了《橫掃一切牛鬼蛇神》的社論。7月初，在亞非作家緊急會議上，郭沫若在發言涉及“燒書”一事說，“這是我的責任感的升華，完全是出自我內心深處的聲音”，“作為對人民負責的革命作家要不斷進行自我改造，不斷進行嚴格的自我批評，在我們這裏是極其正常的事”。［6］此後，某高等學校貼出了“打倒郭沫若”的大字報。隻因毛澤東親自下令給以保護，他才幸免被批鬥。不過他對眼前的這些暴虐——人格的侮辱和皮肉的鞭笞，迷惑不解。難道吳晗、老舍、翦伯讚這些史學界、文學界的老朋友，都是“反黨反社會主義分子”麼？為什麼要采用如此野蠻的酷刑呢？……他當然不敢直麵陳言，隻能對受難的朋友表示默默的同情和幫助。有一次他聽說已故畫家傅抱石家被抄，畫被洗劫一空，悲痛不已。他悄悄對自己的秘書說，“無論如何也要幫助解決抱石家的困難，拿不出錢，就把我的書籍字畫賣掉。”
1967年5月25日，《人民日報》重新發表毛澤東《看了〈逼上梁山〉以後寫給延安平劇院的信》，竟刪去了其中“郭沫若在曆史劇方麵做了很好的工作，你們則在舊劇方麵做了此種工作”這句重要的話。以江青為首的“中央文革小組”為什麼要用如此卑劣的手段來暗示郭沫若問題的性質呢？郭沫若揣摩不透這裏包藏的禍心，心神越發惴栗不安。這年6月5日，郭沫若朗誦自己創作的詩，表示願把詩“獻給在座的江青同誌”，稱頌“親愛的江青同誌，你是我們學習的榜樣”。這般討好，恐怕是文人脆弱但尚未枯槁的靈魂經受不住反複煎熬的曲折的表現罷！
因為此前兩個月，他的靈魂已經遭受了一次痛苦的煎熬。那是4月的一個早晨，他的在部隊當兵的兒子郭民英，因忍受不了病魔的折磨，悄悄地結束了自己年輕的生命。郭沫若和於立群承受不了如此突然而沉重的打擊，久久說不出話來，可還要向部隊寫信說明情況，並作自我批評：“沒有教育好子女。”他們把無限的悲哀寄托在一塊印著翠竹的方巾上，寫上愛子民英的名字和生卒年，讓蔥綠的竹葉陪伴著愛子的骨灰。然而這打擊並沒有結束。1968年4月19日晨，北京農業大學一夥人把該校學生、郭沫若的兒子郭世英綁架了去，並關押起來，這對七十七高齡的郭沫若及患病的於立群，又是凶猛的一擊，精神的築堤幾乎崩潰了。這天晚上，郭沫若參加了由周恩來總理主持的外事活動，他本可以請求總理過問此事，並對世英給以保護。然而他沒有這樣做，什麼也沒有對總理講。回到家後，於立群對他的緘口非常不滿，埋怨、責難、哭訴……他一直沉默著，過了好一陣子才說出一句話：“我也是為了中國好啊！……”聲音帶著顫抖，語氣含著悲哀。他再也說不下去，站起身走出房門。眼下的中國，沒有法製，沒有公理，聽任幾隻虎狼陷害忠良，屠戮無辜。但郭沫若不願在妻子麵前流露出自己這種憤懣的情緒。
郭沫若並非對郭世英沒有感情。在身邊的六個兒女中間，世英最喜歡文學，在他身上較多地繼承了父親作為詩人、戲劇家的氣質，多少具有父親青年時代的那種稟賦，喜愛寫詩、寫劇。他的性格熱情豪爽，對於世間的人事，喜歡思考，探究底蘊；但他不執拗，不褊狹，知錯能改。郭沫若因此格外喜歡他。但是，現在當郭世英的人身安全受到嚴重威脅的時候，他該怎麼辦呢？他的良知、品格以及前輩革命家的思維邏輯，總是“先天下之憂而憂”，他首先想到的不是自己的兒子、家庭，而是國家、民族。他深知周恩來自“文化大革命”以來艱難而微妙的處境，身邊的人都被迫停止工作，一人承擔著繁重的國務，日理萬機，所以他不願意、也不忍心此時給總理增添負擔，使他勞累，讓他分憂，他寧願自己背著十字架而接受妻兒的責備。
第二天，郭沫若設法去了解事情的真相，探聽兒子的下落，直到第四天（4月22日）早晨得知郭世英被關押的場所。女兒郭平英與秘書王廷芳連忙趕到農業大學。然而三小時以前，郭世英已經被迫害含冤離開人世了，私設公堂的暴徒們把郭世英打得遍體鱗傷，手腕、腳腕被繩子捆綁得血肉模糊。歹徒們為了掩蓋殺人的罪證，當夜就草草地將郭世英遺體火化了。然後他們就組織一些人羅織死者的所謂“罪行材料”，以“現行反革命”的罪名欺罔生者。周恩來總理得知郭世英被迫害致死的消息，一腔悲憤，急忙到前海西街18號大院來安慰郭沫若夫婦，後來他還兩次派聯絡員去調查此案，但在“四人幫”猖獗的日子裏，兩次調查都沒有結果。郭沫若深深理解總理當時的處境和心情，沒有向他提出任何要求，而是讓自己再次背起了受難的十字架……
兩個春天先後失去兩個兒子。讓一位耄耋之年的老者在精神上超負荷地承受這般痛苦，蒼天也未免過於殘酷了。但是郭沫若沒有被壓垮，他那頑強的意誌力和神奇的生命力，是令人歎服的。他將悲哀藏在心底裏，用顫抖的手握著毛筆，把郭世英生前的日記工整地謄抄一遍。日複一日，年複一年，多少心血，多少辛酸，一共抄寫了八本。直至郭沫若謝世，這八本日記謄抄本一直放在自己的書桌上。這裏不僅蘊藏著他的哀思與孤苦，而且作為曆史學家，他相信不公正的裁決總有一天會重新獲得公正的評判。
“為了國家好啊”，無論過去還是現在，郭沫若始終如一地實踐著這個信條。就在郭世英去世不到半個月，他照例出席了在天安門舉行的“五一”國際勞動節慶祝晚會，照例主持或參加頻繁的外事活動。這年6月他和中國科學院考古研究所人員赴河北滿城發掘漢墓；翌年夏兩次登北京西直門城樓，細察城樓南壁存留的元代至正年間的墨寫題記。此後他還陸續撰寫了《安陽新出土的牛胛骨及其刻辭》、《日本銀幣“和同開寶”的定年》、《新出土侯馬盟節釋文》、《扶桑木與廣寒宮》、《卜天壽〈論語〉抄本後的詩詞雜錄》、《新疆新出土的晉人寫本〈三國誌〉殘卷》等十餘篇屬於曆史學、古文字學的論文，並撰寫了《李白與杜甫》的學術專著（人民文學出版社1971年出版）。郭沫若壓抑著失子之隱痛，堅持外事工作、野外考古，堅持著述，這些都是他的難能可貴的超常意誌和文化品格。在文人學者們已經不得不擱筆的時候，郭沫若繼續用他的筆，為祖國科學文化事業作出自己力所能及的貢獻。