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傅斯年是知名學者，無黨無派，身份超然。感情上，他早年對社會主義也曾有過好感，與毛澤東有過密切接觸。１９４６年６月，傅斯年、褚輔成、冷遹、黃炎培、章伯鈞等作為國民參政會委員，為促成國共和談，正式提出訪問延安，致電毛澤東、周恩來。６月１８日，中共回電歡迎。１９４５年７月１日，傅斯年一行在王若飛陪同下飛抵延安，毛澤東、朱德、周恩來、鄧穎超、林祖涵、吳玉章、徐特立、謝覺哉、張聞天等中共中央領導親臨機場迎接。在延安，他們與中共領導人進行了會談並參觀訪問。傅斯年在一個晚上與毛澤東單獨交談，他們是北大舊識，當時毛澤東是圖書管理員，傅斯年是愛借書看的學生。談話時，毛澤東談到傅斯年在“五四”運動時期的活動，稱讚他在反封建主義方麵做出的貢獻。傅斯年回答說：“我們不過是陳勝、吳廣，不足以成事業；你們才是項羽、劉邦，可以爭天下。”當長談結束時，傅斯年向毛澤東提出想要一幅親筆題字。毛澤東欣然應允。７月５日，傅斯年等返回重慶，毛澤東、朱德、周恩來等到機場送行。臨行前，毛澤東托交際處王世英轉交給傅斯年一封信和一張條幅。飛機上，傅斯年展示毛澤東書寫的條幅，上書：竹帛煙銷帝業虛，關河空鎖祖龍居。
坑灰未盡山東亂，劉項原來不讀書。毛澤東在信中說：“遵囑寫了數字，不像樣子，聊作紀念。今日聞陳勝、吳廣之說，未免過謙，故述唐人詩以廣之。”焦潤明：《傅斯年傳》，人民出版社，2002年。
傅斯年對國民黨也沒有太多的好感，他隻想作為無黨派在野人士參政議政、指點江山，多次拒絕蔣介石讓他做官的要求，一心想的是他的史語所。據知情人士說，“上邊”曾有指示要史語所全體人員集體加入國民黨，文件被他扣下了。隻有一次，當政府號召組織“青年軍”時，他召集開會，動員所內青年人參軍。他說：“你們現在不參軍，將來抗戰結束後，你們的兒女要問你們：‘爸爸，你在抗日戰爭中做了些什麼？你們將怎麼回答呢？’”這番話很有鼓動性和說服力，但事後無一人參軍，他也未再過問。在台灣，當局指令各機關學校實行聯保製度，要求台大師生和史語所人員辦這種手續，被傅斯年斷然拒絕。
１９５０年１２月１９日晚上，是一個十分寒冷的冬夜，傅斯年身著一件厚棉袍在他的小書室中伏案寫作。他的妻子俞大綵來升炭火盆取暖，坐在他的對麵，因考慮到次日他要參加兩個會議，就勸他早點休息。可是他不聽勸，擱下筆對妻子說他正在給董作賓編的《大陸雜誌》趕寫文章，想急於拿到點稿費，做一條棉褲。他對妻子說：“你不對我哭窮，我也深知你的困苦，稿費到手後，你去買幾尺粗布，一捆棉花，為我縫一條棉褲，我的腿怕冷，西裝太薄，不足以禦寒。”俞大綵一陣心酸，欲哭無淚。盡管當時台灣的經濟狀況極度混亂糟糕，但比抗戰時期在昆明和李莊總要好一些，傅斯年作為當時台灣島內唯一一所大學的校長兼“中央研究院”史語所所長，一般人也許覺得他不該再像李莊時代那樣鬧窮了。實際上傅領的隻是台大的一份薪水，兒子傅仁軌仍在美國讀書，花費大，他和時任台大英語係副教授的夫人兩個人的收入，僅能維持最低限度的生活。此前傅斯年拿到一筆稿費，想托人出差到香港時買一套現成的西服，但把稿費和家裏的存款加起來一算，隻能買一件上衣。傅斯年隻好說：“幸虧我還有沒破的褲子，那就隻買件上衣吧。”
正當俞大綵黯然神傷時，傅斯年起身滿臉疲倦地打了個哈欠，看了看牆壁，書室的牆壁上掛著他親筆所書，“歸骨於田橫之島”，田橫島乃秦末田橫五百壯士殉難之地。突然指著壁上的書架說：“這些書，還有存於史語所一房間傅斯年題詞