教育部長兼代理中央研究院院長朱家驊、研究院總幹事兼曆史語言研究所所長傅斯年接電後，也甚為震驚，刻不容緩向國民政府行政院、國防軍事委員會和軍政部等有關部門報告，請求派兵增援。此時行政院院長孔祥熙被傅斯年毫不留情的“彈劾”搞得焦頭爛額、狼狽不堪，正欲伺機報複，接報告後不但不予理睬，反而幸災樂禍。軍政部長何應欽一向看不起文人知識團體，知識分子受到的威脅也不會放在心上。
朱家驊、傅斯年再三催促無果，知道事情不好辦，隻好驚動最高當局。遂通過國民政府軍事委員會委員、軍政部次長兼兵工署署長愈大維，成都行轅主任兼四川省主席張群和蔣介石侍從室主任陳布雷向蔣介石報告。畢竟委員長顧全大局，深感研究院史語所國寶一旦有失，不僅會造成中國文化財產無法彌補之損失，也會造成嚴重的國際影響。同時，同濟大學學生在兵工製造業方麵有著重要地位，後方各兵工廠技術骨幹大都出自於同濟大學，師生的安全關係到國防建設。蔣介石乃親自下達手諭，令軍政部和成都行轅立即出動一定規模的兵力，全力清剿川南劫匪，壓製土匪囂張氣焰，確保同濟大學與中央研究院各機構人員與財產之安全。
成都方麵立即電令駐紮宜賓的國民政府第七十六軍軍長郭汝槐和宜賓專署專員冷寅東，出動一個師的兵力，由地方軍警、民團配合，以李莊為中心，徹底剿滅川南頑匪。接電後郭汝槐派出十八師師長周成虎召集下屬旅團長、各地地方武裝首領和南溪、長寧、江安等臨近各縣大小官員在李莊成立剿匪大本營，製定了“先清剿，再招撫，後斬殺”的秘密剿匪計劃。
按照“先清剿”的計劃，戰鬥首先在長江北岸李莊至南溪一線展開，集中兵力消滅了一個中型的“廣棚”，此役消滅土匪千餘人，這裏聚集有二千多名土匪，桂輪山重創周勳團的就是其所為。又乘勝進擊，摧毀了宜賓至瀘州一線的所有廣棚、土棚，一時間匪眾消失得無影無蹤，但人人都知道，土匪是分散隱蔽起來了。接著按照預定方案進行招撫，本來自古就有“兵匪一家”，“要想官殺人放火受招安”之說，在四川軍閥混戰中，川匪也都習慣了招安，經各地的袍哥和頭麵人物的誘說，大小土匪們紛紛出山受招安。開始又是封官許願，又是好酒大肉招待，可是好景不長，一聲令下刀光劍影、血流成河。先是“高級培訓班”中二十多名匪首接到命令，說江北有敵情全體出動，隨部隊到江邊視察獻計殲敵。到江邊後一個個被捆了個結結實實，指揮官下令“行刑”，全部被勒死在河灘，綁上石頭拋入長江。而後，計有一百餘大小匪首，三百餘被群從指認參與搶劫的慣匪被槍殺。
至此，川南匪患基本平息，剿匪暫告停止。川軍撥出一個營的兵力駐紮板栗坳，長期防護守衛。栗峰張家大院外圍山坳裏的森林全部被砍光，暴露出空地以免土匪藏身埋伏。董作賓站在戲樓院看著四周光禿禿的山坳，惋惜地說：咱們北方的樹可長不了這麼好，一下子都砍光了，多可惜呀。一旁來戲樓院小樓上取自己東西的淩純聲聽見說：有什麼可惜，這下安全了。