第二天，河南省圖書館館長兼博物館館長何日章帶領一班人來到殷墟，聲稱自己是奉上頭的命令來發掘的。他手下的人對董作賓說：“你們快收攤吧，這是河南的地盤，禁止外省人越俎代庖，我們有省裏的公文，不能讓你們亂挖。”而董作賓則稱：“我們是中央研究院派來的，你們不要亂來！”結果雙方爭執不下，互不相讓。當時的安陽縣長知道後也隻能站在中間調和，不敢袒護得罪任何一方。董作賓再做工作，被認為是河南人不替河南說話，光圖個人名利，胳膊肘往外拐，受到諷刺攻擊。
問題起因還是在第二次發掘之後，李濟、董作賓等將部分文物運至北京，引起了河南一些人士的不滿，他們怪罪史語所不與地方政府會商，就私自將在本土挖出的文物運至省外，這是對地方政府的不尊重。何日章遂呈請省政府，提出殷墟發掘應由省政府主持，自己派人挖掘，嚴禁外省人再在本省範圍內進行一切發掘活動，以防止文物外流。在地方保護主義的影響下，河南省政府同意了何日章的請求並開始出麵幹涉。
在這種情況下，中央研究院史語所考古組隻好暫停了殷墟發掘。之後何日章帶領挖掘隊進行了兩次挖寶式的發掘，共挖到甲骨三千六百五十六片，其中字甲二千六百七十三片，字骨九百八十三片，此外還有一些其他遺物。這批甲骨後由關百益先生編入《殷墟文字存真》八集，收甲骨拓片八百片。１９３７年抗日戰爭爆發後，這些文物被選出五千多件，分裝六十八箱，運到重慶寄存，後來包括甲骨、銅器、玉器、陶器等在內的三十八箱精品被運至台灣。董作賓對這批甲骨文資料也非常重視，到台灣後曾準備進行係統整理，可惜常年顛簸勞累，身體欠佳，來不及著手就辭世了，後由其次子董玉京整理著錄出版了《河南省運台古物甲骨文專集》。
李濟和董作賓向北平發電報，把這一情況報告給所長傅斯年，傅馬上轉告研究院院長蔡元培並即刻來到安陽調解。蔡元培院長也呈請國民政府，發電報給河南省府，要求保護中研院的發掘工作。董作賓陪同傅斯年拜會河南政界學界有關人士，到河南大學禮堂作學術報告，宣講考古的意義和知識，並表示願意乘殷墟發掘的機會，幫助河南省高校建立研究機構，為河南培養考古人才，共同促進河南省考古事業的發展。幾經努力，河南省政府終於同中央研究院達成幾項協議，才使這次發掘工作得以恢複。事後，傅斯年指著自己的鼻子風趣地對李濟、董作賓等人說：“你們瞧，為你們的安陽發掘，我把鼻子都碰壞了。”
雙方初步達成協議，其要點是：
一、 為謀中央學術機關與地方政府之合作起見，河南省政府教育廳遴選學者一人、學生三人參加國立中央研究院安陽殷墟發掘團。
二、 發掘工作暨所獲古物，均由安陽殷墟發掘團繕內清冊，每月函送河南省教育廳存查。
三、 安陽殷墟發掘團為研究便利起見，可將所掘古物移送適當地點，但須函知河南省教育廳備查。
四、 殷墟古物重複者外，均於每批研究完結後暫存開封陳列，以便地方人士參觀。
五、 全部發掘完竣、研究結束後，再由中央研究院與河南省政府會商分配陳列辦法。石璋如：《河南大學與考古事業》，載陳寧寧編《河南大學憶往》，河南大學出版社，2002年9月，第85—86頁。之後，史語所考古組的第三次殷墟發掘得以繼續進行，但問題尚未徹底解決。
董作賓在北平中央研究院曆史語言研究所
駐地北海靜心齋留影
１９２９年冬，中央研究院曆史語言研究所由廣州遷往北京，入駐北海公園靜心齋，董作賓住在焙茶塢。董作賓在《“國立中央研究院”曆史語言研究所略史》中記載：“北平為數百年之古都，人文薈萃，學術環境，最為優良。本所工作，除人類學、方言、考古，須赴各地調查采集外，購置圖書，搜集史料及室內環境，均以北平為便。乃於十八年六月，全所遷至北平，假北海公園靜心齋為所址。”