李濟認為董作賓頭腦機智靈活，富有實踐知識，令人敬佩。近半個世紀後，李濟在總結殷墟發掘所撰寫的《安陽》一書中，回憶與董作賓的第一次會麵，高度評價董作賓的為人和兩人的合作，說：回到北京後，我迫切的任務是赴開封與從未見過麵的董作賓協商。當然關於任命我的事，傅斯年所長已通知了他，在開封了解了所有董作賓能告訴我的關於小屯遺址的現時情況及他試掘的結果。直到現在，我與這位令人敬佩的同事第一次會麵時的情景仍曆曆在目。他的頭腦機智靈活，富有實踐知識。他的主要學術興趣和最近的成功似乎使他相信仍有埋藏的甲骨值得發掘……我們還達成協議：董研究文字的記載，而我負責其他遺物。實踐證明此協議對我們的個人關係與合作是重要的。因為考察這個遺址的第一位先鋒董作賓應該有機會研究這批最重要的科學發現物，而有字甲骨是安陽發掘的關鍵珍品。另外，董作賓的銘刻學研究能力是無容懷疑的。董作賓與李濟商定了兩人的分工，董重點負責出土的甲骨文，李濟負責其他出土文物，從此開始了兩人長達三十五年的合作共事。董作賓偕同李濟和助理員董光忠再赴安陽殷墟實地查勘，研究製定了下一步殷墟發掘的計劃，籌備來年春天的第二次發掘。下一步殷墟發掘計劃的要點是：
一、 對遺址進行測繪，準確繪出以小屯為中心的詳細地形圖；
二、 以挖探溝的方法進行試掘，了解地表下地層情況，找到未觸動過的甲骨堆積層的特征；
三、 係統的記錄和登記發掘出的每件遺物確切出土地點、時間、周圍堆積情況和層次；
四、 每個參加的主管人員堅持寫個人觀察到的及田野工作中發生情況的日記。董作賓、李濟的學生，著名考古學家美國耶魯大學教授、台灣“中央研究院”院士、美國國家科學院院士張光直認為，中國近代考古學的奠基，有賴於兩個條件：“一是傳統金石學的發達；二是西方考古學理論和方法的傳入”。金石學是近代考古學傳入中國前，以古代銅器和石刻為主要研究對象的學問，研究對象是未經科學發掘零星出土文物或傳世品，偏重於銘文的著錄和考證，以證經補史為研究目的。金石學家需要具備深厚的國學基礎，董作賓就是這樣的傳統學者。董作賓與李濟的合作，表明中國傳統學術文化與西方近代學術的進一步相結合，他們所製定的殷墟進一步發掘計劃及計劃的實施，表明中國傳統的金石學向近代考古學轉向的基本完成。
與此同時，中央研究院曆史語言研究所其他部門也都進行了調整，充實了海外歸來學有專長的人。正如原“中央研究院”曆史語言研究所研究員兼研究所長、台北“故宮博物院”院長杜正勝先生在介紹史語所時所述：史語所的創辦人傅斯年原是中山大學文學院院長，他的第一批同誌都是中山大學的，包括顧頡剛和董作賓，這批人基本上被稱為本土派，除了傅斯年之外都沒出過國。這時，傅斯年正準備從清華國學院吸收另外一批新興學者，包括曆史學的陳寅恪、語言學的趙元任、考古學的李濟。民國十七年（１９２８）的年底，這些學者確定要來。趙元任來得比較早，他已經開始在做語言學的調查。差不多半年的時間，史語所由本土派變成洋派，以後洋派當權，顧頡剛等人就離開了。李濟先生來後，負責指揮考古的工作，董作賓則專門研究考古發掘出來的甲骨，以後他就在這方麵功成名就。在這次董作賓與李濟會麵的長談中，兩人還初步形成了這樣的共識：地下出土文物都是公有的，發掘者不能個人保管收藏。這就逐步改變了我國傳統的金石銘刻學家收藏古玩的習慣。這一認識得到以後參加殷墟發掘的考古人員的普遍讚同和自覺遵守，後來成為我國文物考古界的一個優良傳統。李濟也曾記述道：“董作賓、梁思永和我對於現代考古學都有一個同樣的信仰、同樣的看法。